Не позднее 1616 г. произошел обмен посольскими миссиями с московитами, а в 1618 г. был заключен договор с рядом северо-западных племен. Ойраты стремились заручиться поддержкой русских в борьбе с казахами и халха-монголами, а русские надеялись укрепить свои фланги во время продвижения в Сибирь. По мере того как джунгары восстанавливали свое могущество, взаимоотношения с русскими приобретали все большее значение. После заключения в 1635 г. первого официального соглашения с Русским государством джунгары получили в свое распоряжение золотых дел мастеров и других ремесленников, а также подарки для Батура. Единственной крупной проблемой в отношениях между джунгарами и русскими был статус некоторых пограничных племен, которых обе стороны объявляли своими данниками. Эти разногласия иногда приводили к вооруженным конфликтам (в 1649 г. джунгары атаковали русскую территорию), однако обычно улаживались в ходе переговоров[338].
Хотя сама по себе Сибирь не имела большого значения для джунгаров, исторически сложилось так, что у них были налажены с ней крепкие торговые отношения. До XVI в. Сибирь управлялась монгольскими ханами, собиравшими дань мехами и другими лесными богатствами, значительная часть которых экспортировалась на юг через джунгарские земли. Быстрая экспансия московитов в Сибирь привела к свержению этих ханов, и сбор дани в виде мехов перешел в руки русских. Хотя московиты и не встретили сильного сопротивления при покорении Сибири, им было бы трудно защищать занятые территории от согласованных и продолжительных атак, подобных тем, которые осуществляли джунгары против своих врагов-кочевников. Договор о дружеских отношениях с джунгарами был необходим московитам, особенно в связи с тем, что в XVII в. Россия не имела возможности покорить расположенные рядом казахские земли и Хивинское ханство. Учитывая интересы джунгаров, московиты избегали вторжений в высокогорные степные районы, пригодные для скотоводства. Джунгаров это вполне устраивало, поскольку их политические интересы были сосредоточены в другом направлении: они стремились в Тибет, восточные оазисы, на границу Китая и в казахские степи.
К 1630-м гг. расстановка сил в регионе изменилась в пользу джунгаров, поскольку их соседи были дезорганизованы. Минский Китай стоял на краю гибели и был занят борьбой с внутренними восстаниями. Большинство восточных монголов в Южной Монголии были присоединены к маньчжурам, что привело к изоляции халха-монголов. В то же время на западе нападения джунгаров заставили казахов перейти к обороне. Наладив политические отношения с Тибетом, джунгары получили возможность распространять свое влияние через сеть буддийских монастырей, которые связывали воедино весь монгольский мир.
Имперские амбиции Батура достигли своей высшей точки во время созыва им в Джунгарии межплеменного съезда, на котором в 1640 г. было провозглашено создание всемонгольской конфедерации. На съезде присутствовали представители всех монгольских племен, даже враждебных ранее халха-монголов и далеких калмыков, за исключением монголов, находившихся под контролем Цин. Они согласились сформировать объединенную монгольскую конфедерацию, которая противостояла бы вторжениям извне и мирным путем урегулировала бы внутренние споры. Тибетский буддизм был объявлен официальной религией монголов, а практика шаманизма осуждена. Хотя подобный союз и просуществовал недолго, он показал, что джунгары стали основной силой среди кочевников Внутренней Азии. Находясь далеко от китайской границы, они могли составить серьезную конкуренцию новым маньчжурским правителям Китая в борьбе за власть над центральной частью Монголии[339].
После смерти Батура в 1653 г. у джунгаров начался период политической нестабильности. Сын Батура, Сенге, унаследовал престол, однако ему активно противодействовали два его единокровных брата, Сэцэн-тайджи и Цзобта-батур. Они вступили в союз с недовольным вождем хошотов и чуть было не развязали в 1657 г. междоусобную войну. Сенге добился временного успеха в 1661 г., разгромив противостоящую ему группировку хошотов. Основной проблемой внешней политики Сенге был конфликт с русскими в Сибири и Алтан-ханами в Кобдо по поводу сбора дани мехами