Система стрел и знамен позволяла Цин контролировать Южную Монголию без особых затрат и свести к минимуму прямое вмешательство в ее внутренние дела. Однако династия сознавала, что слишком большая военно-административная раздробленность монголов затрудняет использование их военной силы. Поэтому, когда в 1674 г. в Южном Китае разразилось восстание, Цины реорганизовали 49 монгольских знамен в 6 дивизий. Это облегчило проведение военных кампаний, поскольку каждая дивизия была обязана сама поддерживать себя в состоянии боевой готовности. Поскольку династия строго контролировала руководителей дивизий, они никогда не превращались в независимые политические организации. Цин извлекала максимальную политическую выгоду из этой системы, так как деление на знамена ослабляло южных монголов, а система дивизий в то же самое время обеспечивала династию военными резервами.
Присоединение Южной Монголии было завершено за 10 лет до того, как маньчжуры захватили Пекин. Северная Монголия оставалась вне контроля Цинов. Разделенная между несколькими воюющими между собой халха-монгольскими ханствами, она не представляла угрозы для династии, однако стала объектом пристального интереса со стороны Цин в связи со своей слабостью. Цин рассматривала Северную Монголию как ключевой для защиты северных рубежей империи регион и строила свою пограничную политику на удержании халха-монголов в маньчжурской сфере влияния.
Существовали четыре основные угрозы власти Цин во Внутренней Азии, которые стали причиной серии войн, продолжавшихся с перерывами на протяжении всего последующего столетия и закончившихся присоединением к Китаю обширных территорий Внутренней Азии в целях обеспечения безопасности цинских границ:
1) непрекращающиеся конфликты среди халха-монголов обрекали их на междоусобную рознь и насильственные смены власти;
2) русская экспансия в Сибирь и Маньчжурию начала оказывать давление на границы Монголии;
3) тибетский буддизм с его церковной иерархией и монастырями, рассеянными по всей территории Монголии, вооружил в целом лояльных монголов альтернативной политической структурой и лозунгами для восстаний;
4) джунгарские племена, чьи территории граничили с Монголией, представляли непосредственную военную угрозу для халха-монголов. У джунгаров имелись сила и желание включить Северную Монголию в состав новой степной империи, которая бросила бы вызов власти Цин над Южной Монголией и продвинулась бы к границам самого Китая.
Все эти четыре угрозы сплелись воедино во время долгой борьбы за власть во Внутренней Азии между Цинами и джунгарами, продолжавшейся вплоть до 1755 г. Поскольку Китай и Россия в итоге стали двумя господствующими силами в сердце Азии, основное внимание исследователей всегда было уделено их первым конфликтам и договорам. Это создало впечатление, что джунгары были лишь небольшим раздражителем на фоне взаимоотношений двух великих держав. Однако с точки зрения внутриазиатской границы главным соперником Цин были джунгары. Продвижение маньчжуров во Внутреннюю Азию и их политика в отношении России во многом определялись необходимостью отвечать на угрозы со стороны джунгаров. Только после разгрома этой последней степной империи политическая активность во Внутренней Азии стала исключительно русско-китайским делом.
После смерти Эсэна в середине XV в., когда Южная Монголия оказалась под властью восточных монголов, ойраты почти сошли со сцены истории китайского пограничья. Однако неудача Эсэна не привела к немедленному распаду ойратской конфедерации в других регионах. Ойраты продолжали удерживать контроль над Северной Монголией, а сын Эсэна даже восполнил некоторые территориальные потери конфедерации, атаковав на западе казахов и установив контроль над стратегически важной долиной реки Или. Отсюда ойраты осуществляли управление городами-оазисами Восточного Туркестана и контролировали торговые пути, проходившие через регион. Эта отдаленная, но удивительно крепкая империя, чье существование продолжалось около столетия, правила Северной Монголией до 1552 г., когда после нескольких поражений от восточных монголов уступила Каракорум Алтан-хану. Это заставило ойратов отойти на Тарбагатай, который являлся их родиной. Отступление ойратских племен привело к распаду конфедерации и в дальнейшем к ее реорганизации.