Из всех наук в период позднего средневековья наиболее заметные успехи делают математика и механика. Механико-математическая модель познания стала прикладываться для уяснения законов «мировой» механики. Кеплер, Ньютон, Галилей разрабатывают «небесную механику» (которую справедливее будет назвать механикой Солнечной системы; но авторы рассматривали обнаруженные ими законы движения планет Солнечной системы как отражение движения всего мироздания, что вскоре привело к господству механико-метафизического мировоззрения). Сами первооткрыватели в основном разделяли религиозные убеждения, но своими открытиями они «отодвигали» Бога все дальше и дальше от естественных законов природы, оставляя за ним лишь акт «божественного творения». Научные знания, вопреки стремлениям церкви, завоевывают все больший авторитет в глазах образованной общественности, хотя в Европе пылают костры инквизиции, когда «без пролития крови» спасались души заблудших грешников. Обвинение в безбожии висело над Кеплером; за книгу «О бесконечности, Вселенной и мирах» сжигается Дж. Бруно (хотя сам приговор о предании его сожжению был вынесен Бруно ещё в годы его монашеской юности, когда он вслух выразил сомнение в возможности «непорочного зачатия» Христа. Инквизиция стряхнула пыль с приговора 1564 года, когда Бруно в течение восьмилетней пытки отказался прилюдно признать, что его рукой при написании работы «О бесконечности...» водил диавол). Вскоре такая же судьба постигла врача и философа Дж. Ванини, открыто утверждавшего смертность души и тезис единства человека со всей остальной живой природой. Потому, смело доказывал Ванини, делается бессмысленным стремление к посмертной райской жизни или боязнь «адских мук». Бог совершенно не причастен к нашей земной жизни, а потому смыслом нашего существования делаются не богоугодные дела, а утверждение своего личностного достоинства при полной сопричастности ко всем граням человеческого бытия.
В-четвертых, многое сделала для падения влияния религии в глазах верующих и сама католическая Церковь. Папский двор в Ватикане (а во время «авиньонского пленения» и в Авиньоне) своими пышностью и богатством мог затмить королевские дворы многих европейских правителей. Церковь утопала в роскоши. Клирики на местах (кардиналы, архиепископы, епископы) в меру возможностей стремились подражать папскому двору. Принятый католицизмом догмат «о запасе сверхдобрых дел» (их совершили мифические основатели христианства), которыми распоряжается по своему усмотрению католическая церковь, явился формальной основой для торговли индульгенциями, дающими отпущение уже совершенных или возможных в будущем грехов, а также обладание священниками властью самим отпускать грехи во время исповеди.
Догмат о наличии сверхдобрых дел, когда церковь может многое, если не все, простить, привел к тому, что первой погрязла в грехах сама римско-католическая церковь: алчность, блуд, роскошь, карьеризм и интриги стали обычными атрибутами в среде церковников высшей иерархии. Народ обвинял церковь в распутстве, забвении истинных заветов Христа, а сама единоспасающая церковь считалась вертепом разбойников, отступницей от чистого христианства. Лишь протестантизм, как полагали народные массы, вернул церковь в «лоно Христово».
В действительности возврата к прошлому не получилось ни в религиозной, ни в общественной жизни, хотя по форме и своим догматическим нормам протестантизм имел ярко выраженную антикатолическую направленность. Крестьянские массы Центральной Европы, ведомые идеологами очищения христианства от католической «заразы», на самом деле оказались носителями нового общественного уклада: феодализм изживал себя не только в религиозно-догматической, но и, что оказалось самым главным, в сфере социально-экономической. Протестантизм только показал, что к активной общественной жизни поднимается новый общественный класс – буржуазия. Религиозное мировоззрение не было преодолено (подобная цель вождями движения даже не ставилась), но оно стало внутренним делом человека. «Спасает вера, но не церковь!» – центральная идея протестантизма. Человек в своей религиозности освободился от внешнего диктата, но появился диктат внутренний – страх божий и постоянный голос совести. Подобная смелость по отношению к когда-то всесильной церкви была подготовлена предыдущими столетиями, вошедшими в историю как эпоха Возрождения.