Не надо думать, что с гибелью флотилии Монтгомери унионистам стало намного легче. В многочисленных реках, которыми изобилует Средний Запад США, скрывалось немало наспех перестроенных в военные суда пароходов под флагом Конфедерации; партизанские отряды южан устраивали по берегам засады, ставили замаскированные батареи, в густых прибрежных зарослях скрывались снайперы и вездесущие разведчики. Так что ни один из членов экипажей унионистских кораблей, бороздивших в ту пору реки Среднего Запада, ни мог знать, в какой момент из-за густых зарослей очередной излучины выплывет клубок порохового дыма и в корабль не понесется метко пущенное ядро или смертоносная пуля. Кстати, в одной из таких стычек янки потеряли свой знаменитый таран «Королева Запада». 14 февраля 1863г. корабль этот, поднимаясь вверх по Красной реке (Red River) был обстрелян батареей южан и вынужден был выброситься на берег. Экипаж спасся на захваченном им ранее призовом судне, а «Королеву Запада» захватили южане. 10 дней спустя она, уже под флагом Конфедерации участвовала возле Нового Карфагена (New Carthage) вместе с кораблями южан «Уэбб» и «Доктор Бэйти» в уничтожения нового речного броненосца северян «Индианола» (во второй половине 1862г. речная флотилия Дэвиса пополнилась целой серией довольно крупных вооруженных пароходов, защищенных броней толщиной от 1 до 3 дюймов – «Индианола», «Чилликоут», «Чоктоу», «Лафайет», «Таскамбия» – они отчасти облегчили нагрузку на истрёпанные броненосцы постройки Идса).
«Уэбб», двигаясь вниз по течению, нанес встречный удар в нос «Индианоле», но без особых последствий. Зато «Королева Запада», воспользовавшись сумятицей на корабле северян, дважды таранила его, и с фатальными последствиями. Вдобавок «Уэбб», разошедшийся с «Индианолой» на встречных курсах, успел развернуться и ударить теряющий ход броненосец в корму. «Индианола» выбросила белый флаг, но затонула раньше, чем южане сумели высадить ей на борт абордажную партию. Впоследствии они подняли это судно и даже пытались починить и ввести в состав своей флотилии, но тут северяне пустились на военную хитрость: соорудили из старой баржи или понтона при помощи дюжины пустых бочек ложный монитор и пустили его вниз по течению к месту спасательных работ. Испугавшись этого корабля, южане сами уничтожили «Индианолу».
«Королева Запада» не долго плавала под флагом мятежа. 14 апреля 1863 г. на реке Ачафалайя, куда «венценосная персона» отправилась громить армейские склады федералов, она столкнулась сразу с тремя крупными канонерками северян – «Эстреллой», «Кэлхоуном» и «Аризоной». Снаряд с «Кэлхоуна» поджег тюки с хлопком, которыми была прикрыта машина тарана. Пожар потушить не удалось и «Королева Запада» взлетела на воздух…
А «Уэбб» был одним из тех немногих кораблей южан, которые сражались, можно сказать, до конца. Уже в 1865 году, 23 апреля, когда стала очевидная неминуемость поражения, он попытался вырваться из вод Миссисипи в открытое море. Ему даже удалось миновать форты Нового Орлеана. Но блокадные корабли все-таки заметили его начали погоню. Так как на открытом пространстве этот бывший буксир, вооруженный всего тремя орудиями, не мог соперничать с боевыми кораблями северян, то он выбросился на берег.
О напряженности схваток в тот период говорит хотя бы тот факт, что именно тогда на Миссисипи появилось первое в истории военных флотов, или, во всяком случае, в истории флота США специализированное госпитальное судно. Оно носила название «Ред Ровер» («Red Rover» – «Красный бродяга») и первоначально служило южанам плавучим бараком. 7 апреля 1862 года оно было захвачено северянами, и началось переоборудование его в плавучий госпиталь. На корабле тоннажем около 800 тонн была устроена отдельная операционная палата, прачечная с подачей пара от парового котла, кухня, и установлена 32-фунтовая пушка – никаких тогда еще правил по неприкосновенности госпитальных судов не существовало, так что орудие, возможно, было нелишним. Команда «Красного бродяги» насчитывала 47 человек, медицинский персонал – 30 человек; этот корабль мог развивать ход до 8 узлов. 10 июня судно было принято в состав флотилии на Миссисипи, а уже 17 июня его лазареты приняли 135 ошпаренных и раненных моряков с броненосца «Моунд Сити», пораженного снарядом береговой батареи в машинное отделение…
Тогда же северяне развернули программу строительства и переоборудования из гражданских судов так называемых «жестяных канонерок» («tinclad gunboats»), о которых говорилось выше. Эти небольшие суда сыграли серьёзную роль в боях на многочисленных притоках, в особенности там, куда не могли пройти более глубокосидящие корабли.