В первые две недели пребывания в Москве Наполеон утверждал, что будет здесь зимовать и заставит русское правительство подписать выгодный для него мир. По его приказанию Кремль, окружавшие Москву монастыри и часть сохранившихся зданий были укреплены.
Спешно создавались запасы продовольствия и фуража. По словам адъютанта императора А. де Коленкура, «была произведена тщательная уборка овощей, в частности капусты, на огромных огородах вокруг города. В районе двух-трех лье от города убрали также картофель и сено, сложенное в многочисленных стогах; транспорт был непрерывно занят перевозкой этих продуктов». Маршал Л. — Н. Даву писал жене 18 (30) сентября: «Несмотря на пожар, мы находим огромные ресурсы для продовольствия». Вступившие в Москву русские войска обнаружили огромные запасы, которых вполне хватило бы французской армии на всю зиму. Таким образом, распространенная версия, будто французская армия в Москве испытывала недостаток провианта и поэтому вынуждена была оставить город, не соответствует действительности. Наполеон шел на Калугу отнюдь не для того, чтобы «овладеть запасами русской армии».
Что же заставило завоевателя покинуть Москву? На такое его решение повлияли многие факторы. И упорное нежелание русского правительства вступать в переговоры, и начавшееся разложение французской армии, и действия русских партизан и ополченцев (за пять недель войска Наполеона потеряли свыше 30 тыс. солдат и офицеров), и тревожные сообщения из Франции, где поднимала голову оппозиция, и нараставшая мощь русской армии, из Тарутина угрожавшей главной коммуникации Наполеона. В том или ином сочетании эти обстоятельства приводятся историками, когда они объясняют оставление французами Москвы.
Была и еще одна, может быть, наиболее веская причина. В середине сентября активизировались русские войска, находившиеся на флангах, Отдельный корпус под командованием П. Х. Витгенштейна перешел в наступление и овладел Полоцком. На Волынь прибыла Дунайская армия под командованием адмирала П. В. Чичагова. Французское командование внимательно следило за перемещением этой армии и пыталось определить ее предназначение. Наполеон считал ее немногочисленной и думал, что она будет направлена для подкрепления войск Кутузова. Командующий австрийским корпусом фельдмаршал К. Шварценберг, наступавший на Украину с северо-запада, считал, что Дунайская армия будет действовать против его войск. 12 сентября он доносил начальнику Генерального штаба маршалу Л. А. Бертье, «положение и сейчас затруднительно, но может сделаться еще более серьезным». Донесение Шварценберга поступило в наполеоновскую ставку 24 сентября и вызвало беспокойство. Первая мысль французского императора была об измене вассалов: «Австрийцы и пруссаки — враги, находящиеся у нас в тылу», — заявил он. Но особое опасение вызвало прибытие на Волынь Дунайской армии. Наполеон разгадал намерение русского командования встречным наступлением войск с севера и юга перерезать коммуникации французов, отрезать их от тылов. Бертье посоветовал императору «как можно скорее осуществить его первый проект: покинуть Москву и отойти поближе к Польше, так как это поставит преграду всяческим злым умыслам и удвоит наши силы».
С 24 сентября началась подготовка отступления. Наполеон отдал ряд приказов, отражающих его стратегический план ведения войны на новом этапе. Шварценбергу, под командованием которого находился еще и саксонский корпус генерала Ж. Ренье, Наполеон приказал удерживать занимаемые позиции и не допустить продвижения Дунайской армии на северо-восток. Два послания он направил своему тестю — австрийскому императору Францу I. В первом он просил «усилить князя Шварценберга, чтобы он не уронил чести австрийского оружия». Во втором, направленном через два часа после первого, потребовал двинуть в тыл русских войск корпус генерала Г. Рейсса, стоявший в Лемберге (Львове), и направить Шварценбергу 10-тысячное пополнение. «Я сам наметил послать 3 тыс. пехоты, чтобы возместить его потери», — заканчивал свое послание Наполеон. Следовательно, 30-тысячный австрийский корпус должен был получить пополнение в 13 тыс. человек. Своему «старому соратнику», как уважительно называл Наполеон маршала К. — П. Виктора, он подчинил все войска (свыше 40 тыс. солдат и офицеров), расположенные в Смоленской губернии и Южной Белоруссии. Они должны были поддерживать, в зависимости от обстановки, либо группировку Шварценберга, либо корпус маршала Л. Гувиона Сен-Сира, противостоявший войскам Витгенштейна.
