Вторая стадия, матриархат, установилась после борьбы, длившейся тысячи лет. Женщины создали семью в ее современном значении и сельское хозяйство. В их руках находилась социальная и политическая власть. Они оказывали предпочтение социальной системе, которая подразумевала полную свободу, равенство и мирные взаимоотношения между гражданами. Основной добродетелью провозгласили любовь к матери, а ее убийство считалось самым тяжким преступлением. Матриархат представлял собой также материалистическую цивилизацию, где превыше всего ставилось воспитание тела, а не разума и превалировали практические ценности, что нашло свое выражение в развитии сельского хозяйства и строительстве огромных городских стен. Самой почитаемой была богиня Деметра (Церера). Одной из символических характерных особенностей стало главенство ночи. Время исчислялось по количеству ночей. Ведение боевых действий, совещания, акты правосудия и культовые церемонии - все происходило в ночное время. Другими особенностями были особое почитание луны, земли и смерти, предпочтение отдавалось сестрам перед братьями, более поздно рожденным перед старшими детьми, и наконец, левой стороне перед правой.
Бахофен считал, что переход от матриархата к патриархату был шагом к более прогрессивной стадии цивилизации. Это произошло после ожесточенных войн, доказательства которых он обнаружил в греческой мифологии. После патриархата наблюдался временный возврат к матриархату (как прежде к гетеризму после матриархата). С этой точки зрения Бахофен интерпретировал такие явления как амазонки и культ Диониса.
Амазонизм, в том виде, как его описывали в древних легендах об амазонках, являлся видом женского империализма (по словам Тарела), который существовал во время древней битвы между гетеризмом и матриархатом, а впоследствии принял форму вырождающегося матриархата в период его борьбы против возникающего патриархата.
Культ Диониса, бывший эпизодом в битве между гетеризмом и матриархатом, представлял собой восстание женщин против патриархата. Система Диониса благоволила развитию изящных искусств, но в отличие от целомудренных порядков матриархата Деметры, привнесла моральное разложение. Стремление к освобождению женщин в действительности привело к тому, что они стали эксплуатироваться мужчинами. Это была система, благоприятная для деспотов.
Когда патриархальная система установилась полностью, воспоминание о матриархате стало настолько невыносимым для мужчин, что о нем «забыли». (Вспомним, что подобный случая коллективного забывания приводил Буланье в теории о разрушении предыдущей цивилизации водами Всемирного потопа.) Но память о матриархате возродилась в виде символов и, мифов и согласно Бахофену, косвенно послужила стимулом к созданию великих шедевров греческой литературы. Трилогия Эсхила, «Орестея», в интерпретации Бахофена является символическим изображением победы матриархата, местью патриархата и окончательным триумфом последнего. В мифе об Эдипе Бахофен считает, что сфинкс является символом древней стадии гетеризма. Убив сфинкса, Эдип тем самым способствовал установлению в Фивах матриархата под скипетром Королевы Иокасты, однако последовавшее вслед за этим несчастье означало падение матриархата и его замену патриархатом.107
Бахофен описывал патриархат как полное изменение матриархальной политики и социальной организации и отказ от его религии и философских принципов. Патриархат способствовал индивидуальной независимости и отделил людей друг от друга, но поставил их на более высокий интеллектуальный уровень. Люди первоначально любили лишь матерей, а любовь к отцам пришла только на последней стадии. Материнство предполагает более открытые и материальные взаимоотношения с детьми из-за беременности и грудного вскармливания. Отцовская любовь выше подобных отношений и является более абстрактным понятием. Это нашло выражение в законе с помощью процедуры усыновления и концепции «духовного рождения». Символическими характеристиками патриархата явился переход от ночи к дню, от луны к солнцу, от земли к небесам, от левой стороны к правой. Самым почитаемым божеством стал Аполлон, бог света и изящных искусств.
