Как только Блейлер защитил диплом, он получил должность интерна в больнице Вальдау, недалеко от Берна, где продемонстрировал необычайную преданность по отношению к своим пациентам. Затем он направился в Париж продолжить свое образование, обучаясь у Шарко и Маньяка, посетил Лондон и Мюнхен и по возвращении домой стал врачом в психиатрической больнице Бургхольцли, которую в то время возглавлял Форель. В 1886 году Блейлер был назначен главным врачом психиатрической лечебницы в Рейнау, огромного приюта, населенного утратившими рассудок стариками, считавшегося одним из самых отсталых медицинских заведений Швейцарии. Блейлер взял на себя нелегкую задачу по восстановлению репутации этой больницы и заботился о своих пациентах в высшей степени самоотверженно. Будучи холостым, Блейлер жил на территории больницы и все свое время, с утра до вечера, уделял пациентам, принимая участие в физическом лечении, организации трудовой терапии и устанавливая близкий эмоциональный контакт с каждым из пациентов. Таким образом он добился уникального понимания психических больных и наиболее интимных сторон их внутренней жизни. Опираясь на этот опыт, Блейлер собрал сведения, которые в дальнейшем вошли в его работу по шизофрении и в созданный им учебник психиатрии.
В 1898 году Блейлера избрали на должность директора психиатрической больницы Бургхольцли, на которой он сменил Фореля. В его обязанности теперь входило также и преподавание, что позволило ему передавать молодому поколению опыт, приобретенный им в Рейнау, и эти лекции стали основой его знаменитой работы по шизофрении, опубликованной им с большим опозданием, лишь в 1911 году.96 В то же время Блейлер продолжал свои исследования, в чем ему помогали сотрудники его больницы, в число которых после 1900 года входил К.Г. Юнг.
Поскольку учение Блейлера о шизофрении часто понимают неправильно, я думаю, не будет лишним привести здесь ее основополагающие принципы. Отправной точкой для Блейлера послужило его стремление понять ту категорию людей, которых никто ранее не понимал, то есть шизофреников. В течение двенадцати лет, проведенных в Рейнау, постоянно находясь среди множества пациентов, он не только разговаривал с ними на родном диалекте, но и делал все возможное для того, чтобы выяснить значение их якобы «бессмысленных» восклицаний и бреда. Таким образом, Блейлер оказался в состоянии установить раппорт или «эмоциональный контакт» (affektiver Rapport) с каждым из своих пациентов. Этот метод клинической практики позднее заменили в Бургхольцли исследованием с помощью теста словесных ассоциаций, которое проводилось под руководством Юнга, а еще позднее - методом, в котором применялись психоаналитические понятия Фрейда.
На базе своих клинических исследований Блейлер разработал новую концепцию шизофрении. В противоположность превалировавшим в то время органическим теориям он разработал подход, который в наши дни называли бы органо-динамическим. Блейлер полагал, что шизофрения возникает вследствие неизвестной причины (например, в результате воздействия токсических веществ на мозг) и что в этом важную роль играет наследственность. Среди хаоса разнообразных симптомов шизофрении он выделял первичные, или физиогенные симптомы, вызванные неизвестным органическим процессом, и вторичные, или психогенные, являющиеся результатом первичных. Это различие, возможно, было подсказано понятием психастении Жане, определившего главное нарушение при психастении в форме понижения психологического напряжения. Блейлер также предположил, что главным нарушением при шизофрении является понижение напряженности ассоциаций - процесс, подобный тому, что происходит во время сна или дремы. Он считал, что все многообразие вторичных симптомов проистекает именно из первичных, особенно из Spaltungen или расщеплений между различными психическими функциями, например, между эффективностью и интеллектом или между эффективностью и волей. Аутизм, представляющий собой потерю контакта с реальностью в первоначальном варианте концепции Блейлера присутствовал лишь как последствие внутреннего разрыва (только позднее его ученики увидели в этом главный симптом шизофрении). На ум приходит курьезное сравнение подхода к шизофрении Блейлера и философском теории Шлегеля97, заключавшейся в том, что человек лишен связи с Богом, природой и Вселенной вследствие того, что внутри он разрывается между разумом, волей и фантазией, при этом задача философии состоит в том, чтобы восстановить в нем первоначальную гармонию. Однако несмотря на некоторую схожесть в рассуждениях представляется весьма сомнительным, что именно идеи Шлегеля повлияли на концепцию Блейлера.