В 1946 году я узнал о готовящемся открытии ленинградских духовных академии и семинарии. Появилась надежда вернуться к научной деятельности. Поехал в Ленинград к митрополиту Григорию. Я рассказал ему о всех этапах прошлой своей деятельности: о статьях, стихах, лекциях, работе в РСХД, книгах. Спросил, могу ли надеяться быть принятым на работу в духовные школы. Он сказал, что должен обо всем подумать. Через день я был принят вновь и услышал, к радости и смущению моему, что назначен не только профессором священного писания Ветхого завета и вспомогательной кафедры истории религий, но и инспектором, то есть проректором академии и семинарии.
За годы работы в церкви я возненавидел косность, ограниченность, тупость кастового духовенства и хотел воспитывать будущих служителей церкви всесторонне развитыми, глубоко советскими людьми, далекими от суеверного фанатизма. Не понимая всей наивности этих идеалов, я старался создать условия для более всестороннего развития воспитанников духовных учебных заведений.
Внушая стремление к умножению знаний студентам академии, лелеял я и другую мечту: возбуждать их живую мысль, расширять кругозор, побуждать искать, как и сам тогда искал, путей научного обоснования высоких истин религии, в которые еще верил. Но скоро мне пришлось убедиться в тщетности этих стараний, в невозможности осуществления моих идеалов… Меня стали упрекать в том, что я-де веду слишком светскую линию, мало отдаю времени бдениям и постам.
Сам патриарх в своей речи в храме Ленинградской духовной академии 6 декабря 1949 года сказал: «Горе тому пастырю, который и сам ищет мирских развлечений и семью свою увлекает на путь мирских соблазнов. Подвиг пастыря должен заключаться в том, чтобы отрешаться от прелестей и утех мира, и, если пастырь несвободен от этого соблазна, это признак, что у него нет истинного пастырского духа… И здесь, в духовной школе, все должно быть направлено к тому, чтобы создать цельный образ истинного, боголюбивого, благоговейного пастыря. И потому, когда мы слышим, что в духовной школе тоже бывают попытки ввести мирские обычаи и развлечения, мы не одобряем этого, потому что это постепенно отвлекает готовящихся к пастырству от того пути и от той цели, к которой они должны стремиться…»
Из этой речи и из других указаний, которые я начал получать, явствовало, что руководство церкви хочет, чтобы воспитанники жили, по существу, одной святоотеческой литературой и были, вместе с пресловутыми «отцами церкви», людьми, стоящими на уровне культурного развития и научного понимания первых пяти веков нашей эры. Я, однако, не хотел изменять идеалам «пастыря», которые еще жили во мне в то время и в которые я верил, и подал в отставку с поста инспектора.
Много позже, продолжая наблюдать жизнь студентов и семинаристов, понял я, как трудно молодым людям, поступающим в духовные школы, было в данной обстановке отзываться на мои призывы.
Как уже было сказано, я получил наряду с основной работой над Ветхим заветом еще и вспомогательную кафедру истории религий. Существовала эта кафедра только два года, но в жизни моей сыграла поистине решающую роль… Но случилось это не тогда, когда я читал этот курс, а несколько позже, когда начатое в те годы изучение многочисленных материалов было мной завершено и наступила пора разобраться в них, сделать выводы. Сложен был проделанный путь, прежде чем я увидел, к какому разгрому я пришел…
Рассмотрение не только религий Древнего Востока, но и религий народов нашей Сибири, жителей островов Тихого океана, Средней Азии и Дальнего Востока, Африки и Америки показало мне, что самые, казалось бы, священные обряды и ритуалы религий, считающихся наиболее возвышенными, как, например, христианство, буддизм, ислам, корнями своими уходят в эпоху дикости человеческого рода, что они являются перекрашенными, переосмысленными соответственно новой стадии развития людей обрядами и суевериями древнекаменного и новокаменного веков.
От «причастия святых тайн» корни протянулись к диким и кровавым обрядам ряда первобытных народов, к поеданию священного тотемного животного-первопредка и к богоядению более поздних сравнительно с тотемизмом религий…
Звонцы на архиерейском облачении и на кадиле перекликнулись своими голосами с шаманскими бубнами и позвонцами, которыми отгонялись демоны и призывались духи-помощники (как бы эти архиерейские звонцы ни толковались потом богословами-литургистами).
Ладан и кадило слились дымком своим с теми окуриваниями и жжением особых «духоотгнательных» и «духопривлекающих» трав, которые мы встречаем во всех культурах древности и которые восходят к почитанию огня пещерными людьми, когда окуривание дымом выходивших из пещеры действительно отпугивало зверей, боявшихся огня, и как бы охраняло человека от внешних опасностей.