Основной составляющей большевиков было безжалостное насилие. Председатель Эстляндской трудовой коммуны (ЭТК) Яан Анвельт 3 декабря 1918 года в «Вестнике Эстонских красных стрелков» писал: «За каждый волос, который упадет с головы товарищей в результате насилия, своей жизнью и имуществом ответят десять белогвардейцев, а также их жены и дети».
Политику террора стали проводить комиссии по борьбе с контрреволюцией. Так, контрреволюционерами, тем самым и врагами пролетариата, были объявлены все церковнослужители, и им было запрещено находиться на территории Эстонии. Спустя два дня были запрещены церковные праздники. 30 декабря 1918 года Управление внутренних дел ЭТК издало указ о передаче церковных зданий в ведомство местных исполнительных комитетов.[21]
Первые церковнослужители к тому времени были уже казнены.
18 декабря 1918 года после тяжких пыток был казнен пастор Йыхвиской церкви Карл Иммануэль Хессе. Для тогдашних эстонских священников особенно трагическими были кровавые деяния, совершенные большевиками 14 января 1919 года в подвале Тартуской Кредитной кассы, из 19 жертв которых пятеро были священниками, в том числе пастор прихода Тартуского университета Трауготт Хан, епископ Эстонской православной церкви Платон и протоиерей Н. Бежаницкий.[22]
Английский историк Кэтрин Мерридэйл (Catherine Merridale), исследовавшая вопросы смерти и памяти в Советской России[23], констатирует, что война большевиков против ритуалов была осуществлена путем вандализма. Их неприятие церкви как устаревшего явления очень часто проявлялось в истерической грубости. Большевистский атеизм, который они стремились утвердить вместо религии, оказывал на людей противоречивое воздействие. Жестокость и была тем, что отталкивало от большевиков и самые бедные слои эстонского населения. Для многих из них стало разочарованием и то обстоятельство, что им не дали землю. Земли и поместья, отнятые у остзейских помещиков, были превращены в коллективные хозяйства, руководимые правлением, состоящим из горожан.
Эстляндская трудовая коммуна, занимавшая территорию Восточной и Южной Эстонии, захваченную Красной армией, просуществовала недолго. Однако на первых порах Красной армии удалось достичь больших успехов, ибо эстонская национальная армия только создавалась, Перелом наступил после того, как в декабре 1918 года вернулся домой генерал Йохан Лайдонер, назначенный на должность главнокомандующего войсками (был в эмиграции, спасаясь от немецкой оккупации). Лайдонер не считался с офицерскими чинами царской армии и назначал на руководящие должности молодых талантливых людей. В начале войны большая часть населения была в подавленном настроении, эстонцы уже не верили, что Эстония в состоянии противостоять огромной России. Исключение составляли офицеры и школьники. Офицеры лучше других понимали, что после опустошительных революций от России оставалась только жалкая тень. Школьники же особо не раздумывали – они взяли в руки оружие.[24] В числе ушедших на войну были и родители Хейно Ноора – 24-летний Карл Ноор, получивший военное образование в царской России в Иркутском военном училище, и 24-летняя Сальме Ноор (в то время е Кюйен). До этого девушка успела окончить немецкую женскую школу в Пайде и год проработать на Кавказе гувернанткой в эстонской семье генерала царской армии, а затем пройти и курсы сестер милосердия. По словам Хейно Ноора, будучи сестрой милосердия на фронте, Сальме Ноор сталкивалась с людьми разных национальностей, проживавших в Эстонии. Например, с главным хирургом времен Освободительной войны, прибалтийским немцем Максимилианом Фридрихом Вернером Цёге фон Мантейфелем, защитившим в 1886 году докторскую диссертацию при Тартуском университете и одним из основателей сердечно-сосудистой хирургии при Тартуской хирургической клинике на Тоомемяги. Перед войной он занимался операциями на сердце и первым ввел в практику резиновые перчатки, или «метод стерильных рук». Фон Мантейфель был также врачом при царском дворе и в 1906 году принимал участие при составлении Женевской конвенции российского Красного Креста в Лондоне. В 1918–1925 гг. он был генералом-консультантом эстонской армии.
В начале Освободительной войны эстонцам приходилось очень сложно, позднее на помощь эстонским полкам пришла и сама погода. Так как война велась зимой и дороги были занесены снегом, победителем мог стать тот, в чьих руках находилась железная дорога. Предугадав это, эстонское командование в срочном порядке построило бронепоезда, давшие преимущество на железной дороге.
В январе 1919 года в рядах Эстонской армии было 13 000, в феврале – 30 000 военнослужащих. 2 января, после завершения подготовительных операций, Лайдонер дал приказ к контрнаступлению.
9 января эстонские войска перерезали коммуникации Красной армии между Северной и Южной Эстонией. Бронепоезда были направлены теперь в сторону Тарту. Неожиданным ударом они прорвались в тыл Красной армии и привели в беспорядок все расположенные в Тарту и Тапа воинские части.