При подготовке операции и в ходе нее партизаны оказали большую помощь командованию Красной Армии в добывании сведений об обороне противника, силах и средствах немецкой группы армий «Центр», ее резервах. Для установления и поддержания связи по инициативе советского военного командования в штабы партизанских формирований были направлены представители фронтового и армейского командования с радиостанциями. На встречах они передавали шифродокументы для радиосвязи, включали в группы своих радистов с радиостанциями. Проводились специальные совещания с участием партизанских представителей, где намечались совместные боевые операции, мероприятия по срыву перевозок противника по железной дороге, решались вопросы выделения партизанам оружия и боеприпасов и даже армейского пополнения.
Применялись и такие способы связи регулярных войск с партизанскими формированиями, как: совместное размещение командных пунктов армейского и партизанского командования; создание специальных органов управления; направление самолетов в штабы партизанских формирований; высылка партизан-разведчиков для встречи и сопровождения передовых частей армии; подача сигналов целеуказаний для авиации; непрерывная взаимная информация командиров и штабов партизанских и армейских сил.
Что касается специальных органов управления, то при военных советах фронтов были созданы представительства Белорусского ШПД – оперативные группы (ОГ БШПД), а при подпольных обкомах – военно-оперативные отделы.
Практика показала, что всего этого оказалось недостаточно. Для поддержания тесного взаимодействия требовалось, чтобы боевые действия партизан включались в общий план операций наступающих фронтов и армий. Требовалась не только систематическая связь, но и взаимодоговоренность о совместных ударах по врагу с фронта и с тыла.
К сожалению, недооценивая возможности партизан, многие армейские командиры пренебрегали вопросами организации взаимодействия с партизанскими формированиями, не велась разведка в интересах партизан силами и средствами фронтов. Так, весной 1944 г. немцы предприняли крупнейшую карательную акцию по ликвидации партизан Полоцко-Лепельской зоны, и только спешно предпринятые по указанию командующего 1-м Прибалтийским фронтом частные наступательные действия стрелковых соединений и удары бомбардировочной авиации по скоплениям фашистских войск спасли партизан от полного истребления. Этот факт характерен, ибо гитлеровское командование считало, что фронт в Белоруссии стабилизировался, на этом направлении Красная Армия будет проводить только вспомогательно-сковывающие операции, и стремилось использовать затишье на фронте для очистки своих тылов от партизан до начала активных боевых действий. Вплоть до июня 1944 г. борьбой с партизанами и обороной коммуникаций здесь в общей сложности занимались более 9 фашистских дивизий.
В группировку советских войск, привлекаемых к разгрому врага в Белоруссии, входили 1-й Прибалтийский, 3, 2 и 1-й Белорусские фронты, в составе которых было 20 общевойсковых, 2 танковые и 5 воздушных армий. Эта группировка имела 166 дивизий, 12 танковых и механизированных корпусов, 7 укрепленных районов и 21 бригаду. В полосе 1-го Прибалтийского фронта действовала 51 партизанская бригада и 6 самостоятельных отрядов в составе 41 тысячи человек. В полосе действий 3-го и 2-го Белорусского фронтов действовало 18 партизанских бригад и особый партизанский полк С.В.Гришина. Наиболее компактная группировка партизанских сил была в Северном Полесье, в полосе действий 1-го Белорусского фронта – 39 партизанских бригад и 155 отрядов общей численностью 28 440 человек.
Партизаны занимали очень удобное положение для нападения на все коммуникации немецко-фашистских войск. Детально зная обстановку, они могли выводить советские войска на фланги и тылы войск противника, удерживать переправы, оказывать поддержку в освобождении населенных пунктов, вести разведку противника и др. И такая задача Ставкой ВГК партизанам Белоруссии была поставлена. К концу мая 1944 г. БШПД были разработаны планы действий партизанских бригад и отрядов в период наступления советских войск в Белоруссии и массированного удара по вражеским железнодорожным коммуникациям. Последний был направлен на выполнение конкретных указаний Ставки ВГК. К его реализации приступили за 3 дня до начала операции «Багратион».
Началу действий партизан положила директива ЦК КП(б) №1972 от 8 июня 1944 г. всем подпольным органам и партизанским формированиям. В ней говорилось: «Нанести всеми силами мощные удары по железнодорожным коммуникациям противника согласно плану и парализовать его перевозки. Первый удар нанести в ночь на 20 июня 1944 г., в дальнейшем наносить непрерывные удары согласно планам оперативных групп БШПД, добиваясь полного срыва перевозок противника».