И вдруг с некоторых пор царевна преобразилась: вновь зачастила на церковные службы и смотрела на солдат таким яростно-огненным взглядом, что им становилось не по себе. Кой-кто, может, и подмечал, что настроение у царевны обыкновенно поднималось после того, как приходила к ней от сестры, царевны Марфы Алексеевны, карлица Авдотья с различными подарками — рукоделием, кушаньем, сластями; но никто не догадывался, что в этой стряпне спрятаны были сестрины цидулки, а в тех цидулках шли к Софье сообщения, что в стрелецких полках неспокойно. Сама царевна Марфа также получала сведения тайным образом. У себя на дворе она по обычаю угощала нищих: в мясоед и скоромные дни — студнем, языками говяжьими, гусями жареными, ветчиной, курами в кашах, караваями, пирогами с говядиной и яйцами; в посты — икрой армянской, соленой белужиной, снетками, караваями с рыбой, пирогами с кашей; выкатывала вдоволь вина двойного, меду цеженого и пива явного. Некоторых убогих пускали наверх, в царевнины хоромы, и потому не было ничего необычного в том, что туда часто хаживали две нищие стрельчихи — Чубарого полка Анютка Никитина и Анненкова полка Офимка Кондратьева, прозванием Артарская, бойкая баба, бывшая замужем сразу за тремя стрельцами. На деле обе стрельчихи мотались между дворцом и полками своих мужей, снабжая царевну Марфу сведениями о настроениях в стрелецких кругах.
А настроения там были невеселые. Стрелецкие полки были расквартированы в Азове, на южных окраинах и у литовского рубежа. Вот уже третью зиму они вспоминали Москву, тоскуя по привольной семейной жизни, теплых избах и сытой трапезе, проклиная корабли, гавани, фортеции и злобясь на бояр и иноземцев, таскавших их по службам. Громче других роптали стрельцы четырех полков, стоявших в Великих Луках, которыми командовали полковники Федор Колзаков, Иван Черный, Афанасий Чубаров и Тихон Гундертмарк; толковали, что царь явно сложился с немцами и уехал жить к ним за границу, а вместо него правят неправедно бояре, отягощая народ.
В Великий пост 1698 года объявились на Москве полтораста беглецов из этих четырех полков — жаловались, что ушли от бескормицы. Встретили они на Ивановской площади своих старых знакомых, московских подьячих, и первым словом услышали: «Государь наш залетел на чужую сторону! Боярин Тихон Стрешнев хочет быть царем на Москве, а вам уже на Москве не бывать!» Страшные слова, да и вообще время какое-то лихое, небывалое — не последнее ли? Всюду толки о старой и новой вере. Где ни сойдутся двое — сразу заспорят о божественном, и первый вопрос: как ты в перстном сложении крестное знамение на себя кладешь? А иноземные еретики ходят по Москве и сеют смуту. Подойдет такой папежник к прохожему попу: «Почему русские крестятся не так, как католики?» Поп покачает головой и хочет дальше идти, а тот пристанет — протянет карандаш и бумагу и попросит нарисовать крест. Ну, батюшка при начертании и проведет поперечную линию слева направо. А еретику только того и нужно. «Почему же, — кричит, — русские не крестятся так же, как пишут кресты, — слева направо?» Поп и не знает, что сказать, только плюнет и бежит, подобрав полы, от соблазна.
Целых два дня укрывались стрельцы в слободах, и бояре про то ничего не знали. А Софья знала. В тот же день, как они появились, царевна Марфа прислала ей записочку в стряпне: «Стрельцы к Москве пришли». — «Что будет им?» — спросила Софья запиской же через карлицу. «Велено рубить». — «Жаль их, бедных!» — написала Софья, и вечером стрельчихи рассказывали беглым стрельцам, что неправедно заточенная государыня царевна за них Богу молится. А на другой день в стрелецком кругу на Арбате, у церкви Николы Явленного, двое главных заводчиков, Борис Проскуряков и Василий Тума, читали собственноручное послание государыни царевны к православному стрелецкому воинству. «Ведомо мне учинилось, — писала Софья, — что ваших полков приходило к Москве малое число, и вам бы быть к Москве всем четырем полкам и стать под Девичьим монастырем табором, и бить челом мне идти к Москве на державство; а если бы солдаты, кои стоят у монастыря, к Москве отпускать не стали, то вам бы чинить с ними бой, их побить и к Москве быть».
При следующем посещении карлицы Софья велела ей шепнуть Артарской: «У нас в Верху позамялось: хотели было бояре государя царевича удушить, а царицу по щекам били. Хорошо, кабы подошли стрельцы. А государь неведомо жив, неведомо мертв».
Наконец о присутствии в Москве беглецов, равно как и о гулявших по городу слухах, прознало правительство. Рубить их никто не собирался. Нарышкин, Голицын, Ромодановский и Виниус, не получив от царя за распутицей нескольких писем, растерялись; Виниус даже отписал Лефорту, прося сообщить, как здоровье его величества. Сохранил хладнокровие один Гордон. Приведя в порядок свой Бутырский полк, он наутро перехватал стрельцов по слободам, вытащив их из теплых жениных постелей, и отправил под конвоем в Великие Луки дослуживать. Стрельцы покорились. Буянили только двое: одного солдаты тут же и прибили до смерти, другого сослали в Сибирь.