Прожив три года в Америке, Шелихов описал, как умел, и свое плавание, и аборигенов, и природу островов — всё сколько-нибудь значительное, что могло пригодиться в дальнейшем. Мореплаватель В. М. Головнин называл Шелихова «безграмотным», считал, что его записки написаны «варварским слогом», где «бестолковщина на каждой странице». Однако Шелихов не считал себя ни ученым, ни исследователем — он был купцом и знал толк в своем деле. И далеко не каждый из посетивших острова и Аляску купцов занимался их описанием — об этом тоже следует помнить.
«Острова, лежащие около американских берегов… более каменистые и преисполненные гор», — писал он. Лесов нашли мало, но они всё же были — ель, береза, рябина, много тальника и ольховника. Климат на острове не отличался от материкового: сырая, дождливая погода начиналась с конца лета и продолжалась иногда до декабря; зима наступала в январе, порой была снежная, с метелями и морозами до минус 20 градусов. Случалось, снег выпадал и весной — в марте и даже в апреле, а в горах лежал всё лето. Интересно наблюдение Головнина: при отплытии с Камчатки в Америку в конце мая на судне повесили говяжью тушу, а спустя месяц у Алеутских островов мясо всё еще оставалось свежим.
На Кадьяке и соседних островах росло много трав, вызревали ягоды: «малина, голубица, черница, морошка, брусника, калина, клюква и княженика»; их заготавливали на зиму, чтобы избежать цинги. Английские мореплаватели, кроме ягод, делали в тех же целях «еловое пиво».
Птицы встречались по большей части знакомые: гуси, утки, вороны, галки, «канарейки черные, называемые напойки», сороки, чайки, цапли, кулики, журавли, гагары. Были и такие, что «очень не худо поют, но весьма тихо и почти так, как снегири».
О размерах Кадьяка сам Шелихов ничего не сообщил, но в описании его путешествия, составленном уже не им и вышедшем в 1793 году, есть примечательная фраза: «Величина сего острова, за опасностью нападения островитян, точно не известна, но полагают в длину 200, а в ширину от 20 до 30 верст».
В декабре 1785 года Шелихов и мореходы «учинили» «Постановление», в котором подвели некоторые итоги своей деятельности. За год они исследовали остров и пролив до полуострова Кенай, «описали, на карту и план положили». Смогли наладить — «с великим трудом по битвам и по претерпению крайних многих нужд и опасностей» — торговлю с немирными конягами. Правда, она пока прибыли не давала, поскольку коняги хотели менять меха лишь на копья и ножи, «коих продавать мы удерживаемся» — по вполне понятным причинам. Обучили русскому языку и грамоте туземных мальчиков, и те стали служить толмачами.
Но за время, прошедшее с начала экспедиции, многие ее участники умерли от цинги, утонули или были убиты туземцами, так что проводить исследование территорий и искать новые земли стало некому. В 1785 году воинственные коняги, узнав, что в лагере Шелихова много ослабевших от цинги, снова попытались напасть, но верные люди предупредили об их планах. К этому времени стала остро ощущаться нехватка самых нужных вещей: «прядвы» для плетения неводов, котлов — привезенные с собой прогорели, потому что «с огня не сходят»: в них дни напролет варили пищу не только себе, но и аманатам и нанятым для хозяйственных работ туземцам. Потому приняли решение отправить в Охотск «Трех святителей» с командой из двенадцати моряков, чтобы компаньоны продали меха, закупили на вырученные деньги всё необходимое, набрали хотя бы человек тридцать и прислали на Кадьяк. Компаньонам также предписывалось приобрести такелаж, 100 лавтаков (шкур морского зверя), большие котлы и медь для их починки, соль, ружейные замки, а для меновой торговли с туземцами — «десять пуд бисеру, сто тысяч голубого цвета корольков, два пуда бисеру белого и красного». Члены экспедиции намеревались прожить на острове три года, после чего ждали смены из Охотска.
Так начинался новый этап истории Америки — русские заводили там оседлость и осваивали этот край, как когда-то Сибирь: рубили избы и бани, копали огороды, сеяли хлеб, строили корабли, начинали торговлю с местными и учили их тому, что умели и знали сами. Шелихов полагал, что общий образ жизни может стать основой спокойного сосуществования с «немирными» прежде соседями.
В январе 1786 года он отправил 11 человек на восток острова, в еловый лес в 160 верстах от гавани. Там они зазимовали и построили несколько шлюпок — так было положено начало Павловской гавани. В том же году посланный Шелиховым отряд построил укрепления на острове Афогнаке и на берегу Кенайской губы. В мае, готовясь к отплытию домой, Шелихов написал наставление енисейскому купцу К. А. Самойлову, которого оставлял вместо себя на хозяйстве. Оно не похоже на обычное распоряжение, которое следовало выполнить в ближайшее время; скорее это была программа на годы — так широко она охватывала едва ли не все стороны жизни русских в Америке.