Сначала пленных обслуживали три молодых священника, особенно деятельных и знающих язык. Духовная помощь Миссии расширилась, когда число пленных превысило 73 тысячи, обслуживаемых 17 японскими священниками, в их числе прот. Павлом Савабе, 7 дьяконами; даже катехизаторы отрывались от проповеди в местах сосредоточения пленных. Владыка говорил, что японские христиане не сетовали на это, радуясь хоть тем засвидетельствовать свою благодарность за попечение своей матери Церкви Российской. Трогательны письма-воззвания еп. Николая о помощи пленным кто чем может:: копейкой, иконой, газетой и т. д. Особенно просил Владыка о нательных серебряных крестиках, стоящих с прочным шелковым шнурком 15 коп., а денег у Миссии обычно не было. Просил он и книг. Среди пленных солдат было много неграмотных, нужны были буквари, грамматики, хрестоматии, а также литературно-научные книги для офицеров, организовавших при лагерях школы грамотности и прекрасный хор. Владыка считал, что этот хор даже лучше их соборного хора в Токио. Он снабжал священников всем необходимым для богослужения, а помещения военнопленных украшал иконами. В 1904 г. запасная библиотека Миссии раздала военнопленным 2211 религиозных книг, 5272 брошюры и 1172 научных и других книг.
Свидетельством любви пленных к японским священникам были поднесенные им иконы, облачения, ходатайства о награждении. Пленные офицеры писали на Родину с любовью об еп. Николае, а его ободряющие письма военнопленным, как святыня, передавались из рук в руки. Об японском священнике, о. Сергии, пленный офицер писал еп. Николаю, что редко так благоговейно служат в России, как он, а проповеди его пленяют сердца. Со своей стороны, русские пленные смиренной безропотностью, благочестием, благоговейным отношением к таинствам Церкви, своим товариществом послужили хорошим примером юным японским христианам. Особенно трогательно было Пасхальное приветствие православных японцев русским пленным: “Во свете сего праздника мы обращаемся к вам. В этом свете, свыше сияющем, исчезает различие народности. Вошедшие в круг сего сияния уже не суть иудей или еллин, русский или японец, но все одно во Христе, все составляют одну семью Единаго Отца Небеснаго. Добрый след останется за вами, он будет неизгладим для нашей Церкви. Вернувшись в ваше милое отечество, скажите там, что встретили на далекой чужбине малую Церковь, братьев и сестер по вере”. Еп. Николай сделал все, чтобы дать возможность пленным провести Страстную и встретить Пасху в православной обстановке. Пожертвования из России позволили дать каждому по 2 яйца и свечи; за свечи лично уплатил Обер-Прокурор Св. Синода К. П. Победоносцев.
Высочайший рескрипт 9 октября 1905 г. дал такую высокую оценку апостола Православия в Японии: “От юности посвятив служение ■ свое благовестию Христову, Вы избрали себе поприще в чуждом и вере, и духу, и языку нашему народе японском. Здесь благословением Божиим из приходивших к Вам и искавших света нашей веры собралось около Вас малое церковное стадо, и Вы явили пред всеми, что Православная Церковь Христова, чуждая мирского владычества и всякой племенной вражды, равно объемлет любовью все племена и все языки. В тяжелое время войны, когда оружие брани разрывает дружныя отношения народов и их правителей, Вы, по завету Христову, не оставили ввереннаго Вам стада, и благодать любви и веры дала Вам силу выдержать огненное испытание брани и посреди вражды бранной удержать мир веры и молитвы в созданной Вашими трудами Церкви. Сим привлекли Вы к себе уважение не только русского православнаго народа, но иноверцев и иноплеменников”. 24 марта 1906 г. преосвященный Николай, ввиду его выдающихся трудов по насаждению и распространению православия в Японии и его христианских подвигов во время минувшей войны с Японией, возведен в сан архиепископа с присвоением ему наименования “Японский”.
Не забыл Владыка и убиенных и умерших в далекой Японии русских воинов, воздвигая на их братских могилах храмы-памятники на пожертвования, собранные в Японии и России. На храм-памятник близ гор. Осака Императрица Александра Феодоровна прислала 5 тысяч рублей.
