Перед епископом и паствой встал вопрос о двух родах нравственной обязанности для православных японцев во время войны. У православных японцев патриотизм скрестился с естественной благодарностью России, принесшей им православие. Молодой Церкви было так легко уклониться на ложный путь. Крайний патриотизм потревожил бы совесть православных японцев, требующую мира с учителями православия; излишняя же к ним симпатия, наружно показанная, возбудила бы подозрение соотечественников. Положение епископа было еще тяжелее, при необходимости принимать личные решения и руководить взволнованной паствой. Он давно получал многочисленные письма с неизменным вопросом, должны ли православные японцы активно участвовать в войне? Должен ли был епископ благословить паству на войну с Россией? Еще на соборе 1903 г. Владыка дал положительно определенный ответ: “Воевать с врагами не значит ненавидеть их, а лишь защищать свое отечество”. С объявлением войны долг православных японцев, хотя и принявших веру от русской Церкви, сражаться с Россией. Настроение фанатической печати было крайне враждебно. ..Все православные японцы объявлены изменниками, требовали смерти епископа. Церковь обвинялась в политической связи с российским правительством. Другие газеты писали против самого Православия по существу, видя в некоторых таинствах Церкви даже уголовное преступление. Напр., в отречении при крещении от заблуждений буддизма, неуважение к обрядам которого каралось законом. Напротив, отношение правительства было вполне корректным. По стране был разослан циркуляр министерства, строго соблюдаемый местными властями, о несмешивании религии с политикой, свободе христианских богослужений и обрядов. Здание собора охранялось полицией, иногда войсками. Владыка Николай писал настоятелю церкви в Берлине о. Мальцеву, что христиане везде живут мирно, верны своей Церкви, беспрепятственно совершается богослужение, продолжается проповедь, хотя и с весьма скудным успехом. Однако и в военный 1904 г. было крещено 656 человек — яркое свидетельство твердых основ православия в Японии.
Следовало ли епископу оставаться в Японии, навлекая подозрение русских? Но как бросить паству в самое опасное время, при постоянной возможности отпадения от православия, уничтожения самой Миссии? Епископ, подвергая свою жизнь смертельной опасности, решил остаться. По объявлении войны, на собрании 7 февраля 1904 г., паства единодушно просила о. Николая, жизнь которого принадлежала Церкви, остаться с Нею, заверив, что с их стороны приняты меры для его и Миссии безопасности. Епископ ответил, что уже лично решил остаться на том же месте у собора, надеясь, что не нарушится деятельность Миссии, проповедники будут по-прежнему проповедовать Евангелие, учащиеся — ходить в школу и т. д. Сам же он, говорил Владыка, займется церковным управлением и переводами. Он подчеркнул обязанность православных японцев молиться о победах своего императора и благодарить Бога за дарование побед. “Сам Христос проливал слезы о судьбе Иерусалима, и мы должны идти по стопам Учителя”. О себе же Владыка сказал: “Я как русский подданный не могу молиться о победе Японии над своим Отечеством”. Поэтому все время войны он не принимал участия в общественных богослужениях, всецело отдавшись церковному делу. По словам Владыки, в эти годы он не читал газет с ликованием о победе, с насмешками над Россией; прервав переписку с Родиной, он был обречен на полное одиночество,
не с кем было обмолвиться словом о судьбе России. По свидетельству о. Восторгова, японцы не только не обвиняли его за горячий патриотизм, но прониклись еще большим уважением. Он заслужил такое доверие правительства, что и во время войны беспрепятственно разъезжал по всей стране.
