Неудовлетворенная своими различными религиями душа японца влеклась ко Христу. В начале XVII в. число христиан в Японии было более миллиона 800 тыс., почти треть населения, при тысячах церквей. Первым проповедником Христа в Стране восходящего солнца был с 1549 г. католический монах св. Франциск Ксаверий. Он не имел дара к изучению языка, но успешно проповедовал через переводчика-японца, в крещении Павла. После смерти Франциска Ксаверия в 1551 г. проповедь разрослась, но эдиктом 1558 г. в 20-дневный срок изгонялись все миссионеры, запрещалась проповедь, однако, не остановившаяся. В 1637 г. другим эдиктом решительно изгонялись все проповедники новой религии. Разразилось страшное гонение на христиан, вызвавшее их восстание в гор. Шимабур и повлекшее за собой убиение в городе 37 тысяч христиан; много оказалось последователей Христа, пошедших на мучения и смерть, на крестах, от меча, в кипящих котлах, в море. Вереница крестов тянулась по краям дорог, с распятыми целыми христианскими семьями; всего было замучено и убито до 280 тысяч христиан. Создалась катакомбная церковь без священников, тайно просуществовавшая до XIX в., когда в 70-х гг. был объявлен закон свободы христианской проповеди. И ныне в Японии существует 30—40 тысяч потомков этих катакомбных первохристиан, невоссоединившихся с католичеством и возглавленных особой иерархией из мирян. Причина ужасного гонения, по мнению архиеп. Николая, после св. Франциска Ксаверия лежала преимущественно в самих христианских миссионерах. Архиепископ усматривал в истории Японии руку Промысла, спасшего ее от политически интригующих проповедников христианства, пришедших в Страну восходящего солнца в XVI веке. По своему принципу воздерживаться от публичных осуждений инославных вероисповеданий архиеп. Николай редко говорил об отношении японцев к католичеству и протестантизму. В том же 1869 г. он писал: “Японцы, кажется, обнаруживают наклонность к православию”. Причина распространения православия в Японии, по мнению архиеп. Николая, заключалась в подготовленности душ японцев к принятию христианства и полной свободе православия от связи с политикой.
О. Николаю трудно было подыскать помещение в Токио; наконец, его приютил знакомый англичанин, но только на ночь. Приходилось весь день блуждать по улицам, питаясь в японских столовых. Любезное и добродушное отношение японцев убедило миссионера лишь во временной и случайной вражде к иностранцам. Наконец, найдена была квартира из двух маленьких комнат на чердаке, где архим. Николай и начал тайно проповедь православия в столице Японии.
Нужда по пятам преследовала миссионера. Его жалование, как “капля в море”, почти все уходило на содержание уволенных за принятие православия чиновников, на жалование катехизаторов (проповедников) и вообще иа помощь беднейшим христианам. Сам он не мог отлучаться в провинцию и всем слушателям оказывал гостеприимство, часто за свой счет. Интересны письма миссионера в Россию, никогда не роптавшего на свою бедность. “Кричать о помощи — одно, что я могу, и я кричал. Представьте мою обстановку: Боже, какая жара! И утром, и до полудня, и вечером с 5 ч. 20—30 человек приходят на уроки Закона Божия в мое жилище. Одна комната на чердаке, 11 квадр. футов по точным измерениям. Высота ее такова, что человек моего роста едва может стать в ней во весь рост. Разочтите, сколько воздуха в таком жилище. Иностранные миссии затопили страну своей литературой, а у православных нет даже недорогого типографского шрифтика. На иностранных храмах блестят кресты, звонят колокола. “И нам бы нужно храм,— говорят наши бедные птенцы,— негде помолиться, излить душу перед Богом. А вот и у нас скоро будет: пришлют ведь из России! И не ждет так отрескавшаяся от засухи земля дождя, как мы ждем вашей помощи, оживите, ободрите нас поскорее, если не прямо помощью, то надеждой на нее”. Свое упование на светлое будущее в Японии о. Николай запечатлел печатно в том же 1869 г. “Загорается заря новой деятельности и для духовенства, та деятельность будет не отечественная только, она будет общемировая; буду, даст Бог, не заброшен и я здесь один, обреченный на бесплодный одинокий труд. С этой надеждой я ехал сюда еще 7 лет тому назад. Ею 7 лет живу здесь; об осуществлении ее самая усердная моя молитва”. Кроме личной уверенности архнм. Николая в успехе и торжестве православия, залогом его будущего в Японии были непоколебимая, мужественная, твердая вера японцев и их высоконравственная жизнь. Достоинства японцев и питали энергию деятельности начальника Миссии, которому приходилось не побуждать, а наоборот, сдерживать ревность православных японцев-первохристиан. Ревность могла еще быть наказуема тюрьмой и даже пытками.
