Серны обычно держатся смешанными стадами по 5—15 голов; осенью стада могут достигать нескольких десятков голов. Летом нередко бывают и отдельные группы только взрослых самцов или только самок с молодняком.
Гон начинается в конце октября и продолжается весь ноябрь. Через 5,5 месяца, в середине мая — начале июня, в труднодоступных местах в лесу самки приносят одного, редко двух ягнят. Новорожденные уже через два часа поднимаются на ноги, а на второй-третий день всюду ходят за матерью, продолжая сосать ее до конца лета. На зиму серны спускаются в лес, но, несмотря на сезонные кочевки, очень привязаны к привычным для стада местам, которые не покидают даже в случае их постоянных преследований. Эта особенность послужила одной из причин быстрого уменьшения серны на Кавказе.
Численность серн в заповеднике стабилизировалась: в альпийском поясе в последние годы обитает 3–4 тысячи голов. Вероятно, столько же серн в лесу, но учет их здесь крайне затруднен.
Летом на альпийских и субальпийских лугах нередко пасутся олени. Они поднимаются сюда из пояса широколиственных лесов, где проводили зиму. Большая часть оленей, особенно самки с оленятами, летом держатся группами по 10–15 голов в верхней части лесного пояса, выходя кормиться на опушки, поляны и луга; одиночные самцы часто поднимаются до самых альпийских лугов.
При организации заповедника олени были на грани истребления, общее число их не превышало 200–300 голов; в середине 30-х годов в заповеднике уже было около 1000 оленей, а в конце 60-х годов — более 9 тысяч, т. е. около 30 голов на каждую 1000 гектаров пригодных для них мест. В последние годы численность оленей несколько упала из-за обилия волков.
С сентября перед закатом солнца интересно слушать мощный рев и наблюдать свирепые бои быков. В середине сентября _ начале октября рев бывает настолько сильным, что в некоторых излюбленных зверями местах, например на Бурьянистой поляне или Челепсы, невозможно подсчитать число ревущих самцов. В голосе медленно двигающихся навстречу друг другу самцов слышится ярость, рев становится отрывистым, рявкающим. Когда между ними остается несколько метров, олени
В конце мая рождаются пятнистые оленята. Первую неделю они лежат, вставая лишь для того, чтобы пососать мать. Оленуха пасется поблизости, но не у самого малыша, а в нескольких сотнях метров, чтобы затруднить хищнику поиск олененка. Двухнедельные оленята уже хорошо бегают и прыгают, а еще через месяц не отстают в беге от взрослых. В густой листве деревьев и кустов редко удается видеть осторожных самок с оленятами, но иногда слышен короткий, мелодичный писк перекликающегося семейства.
На альпийские и субальпийские луга летом часто поднимаются кабаны. В поисках дождевых червей, корневищ, корней и луковиц они перепахивают большие площади лугов, особенно вблизи опушек. Большую часть года, начиная с августа и до июня, кабаны проводят в буковых и дубовых лесах или фруктарниках, где находят обильные корма: желуди, буковые орешки, фрукты, алычу, черешню.
Численность кабана в заповеднике не очень высока из-за суровых многоснежных зим, которую кабаны плохо переносят. Средняя плотность населения кабана в заповеднике — 4–8 голов на 1000 гектаров.
Одной из задач, выдвинутых при организации заповедника, было сохранение и восстановление кавказского зубра. Однако в 1927 году на реке Пшехе, вне границ заповедника, браконьерами были убиты два последних кавказских зубра. По другим данным, последний зубр был убит в 1923 году в урочище Тигеня. Так или иначе, кавказский зубр перестал существовать.
В 1940 году начались работы по восстановлению зубра на Кавказе, и с этой целью из Аскании-Нова привезли 5 зубробизонов. Производителем стада был Пущанин — беловежский зубр с примесью крови кавказского зубра. До 1952 года зубров содержали в загонах питомника Киша, где они получали подкормку в виде сена, овса и корнеплодов. В 1953 году часть стада была переведена в урочище Умпырь в долине Малой Лабы и выпущена на волю с зимней подкормкой. Зубры одичали. Они совершают сейчас широкие сезонные кочевки от альпийского пояса до широколиственных лесов и выходят за пределы заповедника. На 1 января 1973 года в заповеднике насчитывалось более 600 зубров.
И еще один вид диких копытных заповедника — косуля; она живет в окраинных частях, в нижнем поясе гор.