Не могло не возникнуть и предположения о диверсии. Уже в первые дни катастрофы представители военной прокуратуры опровергали предположения о якобы имевших место на борту «Курска» террористических актах. Прибывший 24 августа на Северный флот директор Федеральной службы безопасности Н.П. Патрушев заявил, что на борту «Курска» находились два человека из одного из самых тревожных регионов страны Дагестана — гражданские специалисты, сотрудники каспийского завода «Дагдизель», который выпускает двигатели для подводных лодок. Когда адмирал Куроедов навестил в Каспийске мать погибшего на «Курске» конструктора «Дагдизеля» Мамеда Гаджиева, она просила его только об одном: «Скажите всем, что мой сын ни в чем не виноват!» С первых дней аварии спецслужбы тщательно проверяли этих людей, но никаких доказательств их диверсионных действий не было обнаружено. Вероятность совершения теракта была минимальной уже по той причине, что посторонние люди никак не могут появиться на борту такого режимного объекта, как ракетный атомоход, а искать террористов среди членов экипажа — занятие изначально нелепое.
В первые дни катастрофы некоторые СМИ подхватили информацию о том, будто «Курск» вышел в море без аккумуляторных батарей — резервного источника питания. Якобы нищета Северного флота дошла до таких чудовищных пределов, что атомоходы не снабжаются даже самым необходимым для выживания экипажа в экстремальных условиях. А при отсутствии аккумуляторных батарей срабатывание аварийной защиты реактора приведет к полному параличу — обездвиженная субмарина останется без света, систем жизнеобеспечения экипажа, без контроля за состоянием реактора, что, в свою очередь, может привести к ядерной аварии. Словом, неукомплектованность аккумуляторными батареями — это настоящее преступление и первый шаг к потенциальной катастрофе. Эту информацию о полнейшем беспределе опроверг помощник командира второго экипажа лодки «Курск» капитан третьего ранга Сергей Кравцов, который сказал журналистам, что на борту лодки имелся полный комплект аккумуляторных батарей.
Немало споров вызвала версия, что «Курск» был потоплен торпедой, выпущенной с других корабля или лодки во время учений. Сначала было случайное поражение торпедой, а потом сдетонировал боекомплект. Высказывались предположения, что «Курск» был поражен противолодочным оружием с крейсера «Петр Великий». На это капитан первого ранга Виталий Доценко отвечает: «…на учениях применяется только практическое оружие, и если бы, допустим, крейсер по ошибке выпустил имеющуюся на вооружении практическую ракето-торпеду „Метель“ по „Курску“, то она лишь поцарапала бы легкий корпус, не более того».
Словно бы для того, чтобы пресечь всякие разговоры о столкновении, натовские эксперты начали настойчиво продвигать версию о внутреннем взрыве на борту «Курска», например о взрыве торпеды при ее пуске, то есть внутри торпедного аппарата. Получается, что субмарина сама себя взорвала.
Возможно, при стрельбе торпеда застряла в аппарате, не вышла из него, но пороховой стартовый заряд почему-то сработал. Произошел взрыв, выбивший заднюю крышку торпедного аппарата. Температура в отсеке поднялась на сотни градусов и вызвала детонацию боезапаса. Но, говорит капитан первого ранга Николай Черкашин, если бы все происходило так, «то при открытой передней крышке (а иначе стрелять нельзя) выброс порохового заряда произошел бы вперед, как из ствола обычной пушки. Задняя крышка, как и замок орудия, остались бы на месте. Даже если бы ее вышибло, хлынувшая под давлением вода не позволила бы распространиться объемному пожару». Другое предположение заключается в том, что специалисты «Дагдизеля» начали выяснять причину отказа техники, для чего пришлось осушить торпедный аппарат и открыть его заднюю крышку. И в этот момент произошел подрыв пиропатронов и взрыв емкости с горючим торпеды. Самый главный аргумент против этой версии — в том, что «Курск» оказался на дне с поднятым перископом, а под перископом лодки не производят пуски торпед.
Любая авария атомной подводной лодки — это реальная угроза «морского Чернобыля», поэтому после катастрофы «Курска» встал вопрос, что делать с реактором… О судьбе экипажа еще не было никаких конкретных данных, а западные эксперты уже выражали серьезную обеспокоенность относительно радиоактивного заражения Баренцева моря. Заявления командования Северного флота о невозможности утечки радиации из аварийной подлодки на Западе были встречены скептически.