В конце 1490-х гг. отношения между Московским государством и Великим княжеством Литовским настолько обострились, что новый военный конфликт становился неизбежным. Готовясь к нападению, Иоанн заключил военный союз с Крымским ханством, установил хорошие отношения с Турцией. Повод для войны также нашелся: в Москве усиленно распространялись слухи о гонениях на православное население в Литве, о притеснении тех, кто хочет перейти на службу к московскому князю, и тому подобное. В мае 1499 г. живший при дворе Елены подьячий Ф. Шестаков тайно передал письмо Иоанну, в котором сообщал, что княгиню и других православных силой заставляют принимать католичество, хотя сама Елена отцу об этом никогда не писала. Весной следующего, 1500, года посольство Александра во главе со смоленским наместником Станиславом Кишкой попыталось снять возникшее между государствами напряжение. При этом великий литовский князь впервые обратился к Иоанну как к «государю всея Руси». Правда, просил вернуть князей-перебежчиков, которых он назвал изменниками, и не чинить обид на границе. Но Иоанн, по обыкновению, во всех бедах обвинил литовского князя и двинул войска. После этого в Вильно поскакал гонец Иван Телешов с грамотой, что Иоанн «за христианство хочет постоять» и начинает войну. Московское войско выступило в поход незамедлительно. От крымского хана Менгли-Гирея Иоанн требовал осуществить нападение на Литву и ударить на Слуцк, Туров, Пинск, Минск.
Александр был застигнут врасплох объявлением войны: Великое княжество Литовское не было готово к противостоянию русским. Литва смогла начать ответные действия лишь, когда наступление Москвы приобрело значительный размах. В начале 1500 г. начались боевые действия в верховьях Оки. В феврале Москве сдалась Белая. В мае южнорусская войсковая группировка двинулась на Брянск. На Смоленск — центральная. Брянский замок был сожжен, в плен к русским попал наместник Бартошевич и епископ Иона. Затем Якову Кошкину сдались Рыльский и Можайский, покорились Хотетовские и Масальские князья. В августе русские заняли Путивль, в плену оказался наместник Богдан Глинский. Открытой оказалась дорога на Киев, но татары настолько разорили окрестные земли, что московские войска, боясь не прокормиться, остереглись следовать к древней столице Руси.
Эти военные действия показали, что Москва хорошо к ним подготовилась, Литва же, наоборот, оказалась не готовой. Польша, хоть и имела с ней договор о взаимной обороне, не собиралась защищать восточные области своей союзницы. Для крымских татар появилась новая возможность расширения набегов. Весной и летом 1500 г. Менгли-Гирей разорил Киевскую, Подольскую и Волынскую земли. У Литвы не было другого выхода как согласиться платить Крыму по три деньги с человека. Александр рассчитывал с весенним потеплением 1501 г. направить удар хана Большой Орды Шиг-Ахмата на крымских татар. И это удалось: летом этого года. Шиг-Ахмат отбросил войско Менгли-Гирея в Крым.
В поисках выхода из тяжелого положения Александр прибегнул к дипломатии. Летом и осенью послы Великого княжества пытались отговорить Менгли-Гирея от военного союза с Москвой. Они побывали также в Молдавии, Заволжской орде, Ливонском ордене, у братьев Александра — польского короля Яна Альбрехта и короля венгров и чехов Владислава.
Необходимость защищаться вынудила Александра и к более решительным действиям: 8 июня выступил во главе войска из Вильно, а 9 июля разбил лагерь у Борисова. Себя он считал неспособным к ратному делу, поэтому стал искать полководца между своими вельможами. Петр Белый, состарившийся гетман литовский, уважаемый двором и любимый народом, находился на смертном одре. Он сказал горестному Александру:
— Князь Константин Острожский может заменить меня отечеству, будучи наделен достоинствами редкими… Он муж опытный, разумный и храбрый…
Многие считали князя, потомка славного Романа Галицкого, человека весьма скромной наружности, именно таким, как его представил Белый: способным полководцем, человеком великой души, истинно верующим. Все отдавали ему справедливость в добродетелях государственных, гражданских и семейных. Легат римский писал папе, что он ослеплен излишним усердием к греческой вере и не хочет отступить ни на волос от ее догматов. Князь Константин строго исполнял все посты по уставу православной церкви, когда многие считали это совсем необязательным. А в праздничные и воскресные дни посещал все богослужения.
Александр возвел Острожского в должность гетмана литовского и назначил его главным воеводой в начинавшейся войне против Москвы. При этом Острожский пообещал Александру, что за Днепр ни один московит не перейдет.
