Благодаря авторитету Елены в княжестве усиливалось русское влияние. Молдавский поход, когда русские поддержали Александра и спасли от гибели Яна Альбрехта, мужественная оборона Смоленска, борьба с польским можновладством меняли отношение Александра к русским. Благодаря королеве русские люди становились приближенными Александра, как это было с Глинским, и получали возможность оказывать на него влияние. Умный и способный, европейски образованный и бывалый князь Михаил участвовал в избрании Александра на литовский престол, но вес и авторитет приобрел при дворе, стал «собинным другом» короля только к концу его царствования.
Александр щедро жаловал братьев Глинских, и на одной из грамот была подпись охмистра Елены. Авторитетом и уважением у Александра стал пользоваться и смоленский епископ Иосиф Солтан, отличившийся во время осады московскими войсками Смоленска и известный своей благотворительностью. Епископ отличался умом и красноречием. По его просьбе Александр даровал Смоленску особую грамоту, в которой прописывалось: «нам христианство греческого закона не рушити, налога им на веру не чинити, в церковные земли и воды и в монастыри не вступатися». Александр изменил и отношение к русским городам. В 1502 и 1503 гг. он выдал дарственные грамоты гродненским мещанам, киевским, витебским. О многом говорит то, что они подписывались в присутствии охмистра и канцлера Елены. И, конечно же, Елена водила рукой мужа, даровавшего витебским жителям чрезвычайные права: великий князь не должен был вмешиваться в дела церковные, семейные и наследственные; каждый житель Витебска волен отъехать из земли своей, но только в Литву; каждый лях или русин, перешедший в православие, не должен терпеть притеснений от правительства.
В это время Елена Ивановна смогла прислать дар своей родине — колокол для одной из московских церквей, который привез ее канцлер Иван Сапега.
Елена поддерживала тесные отношения с митрополитом Ионой. Вместе они замышляли церковную реформу. С этой целью она обратилась к митрополиту московскому Симону с просьбой прислать «Устав церковный», переданный ей отцом. То есть имела место явная попытка расширить, углубить отношения с московской церковью, обменяться мыслями о церковном управлении. Это проявилось и в просьбе Ионы к московскому владыке освободить находившегося в плену в Москве его сына.
Несмотря на беспрестанные взаимные упреки и жалобы, война между тестем и зятем едва ли могла начаться, если бы предметом распри не стала вера. Учитывая все это Иоанн сказал приближенным боярам:
— Я долго сношу грубости зятя, но сейчас необходимо защищать православие от латинских фанатиков…
И направил в Вильно гонца Афанасия Вязмитина, который вручил Александру складную грамоту: Иоанн складывал с себя крестное целование и объявлял войну Литве за принуждение княгини Елены и всех ее единоверцев к латинству. Грамота заканчивалась словами: хочу стоять за христианство, сколько мне Бог поможет. Раздраженные этим, враги московского государя утопили в Вилии, возле Нижнего замка, русского гонца, привезшего складную грамоту.
Одновременно, прибывший из Москвы, боярский сын Мамонов наедине сказал Елене:
— Отец твой желает, чтобы ты сохранила чистоту своей веры, презирая льстивые слова коварного отступника Иосифа смоленского и даже муки, если они выпадут на твою долю…
Как ни скрытно вела себя Елена, утаивая от отца свои неприятности и беды, как ни уверяла его, что любима мужем и свободна в исполнении обрядов греческой веры, однако Иоанн постоянно беспокоился. Посылал ей душеспасительные книги, твердил о необходимости соблюдения Закона.
Узнав, что духовника Елены, священника Фому, собираются выслать из Вильно, Иоанн спрашивал о его вине. Ответ Елены: он мне не угоден, буду искать другого — еще больше убеждал Иоанна, что дочь терпит притеснения. В 1499 г. его уведомили, что в Литве началось гонение на восточную церковь, что смоленский епископ Иосиф взялся обратить всех православных в латинство. Вместе с ним виленский епископ Войтех Табор, бернардинские монахи ездили из города в город, склоняя духовенство, панов и народ к соединению с римской церковью: «Да будет едино стадо и един пастырь!» Иосиф доказывал, что римский папа действительно является главой христианства. В красноречивой булле римский первосвятитель выражал свою радость, что еретики озаряются светом истины, присылал в Литву подарки.
