12 декабря 1501 г. Александр приехал в Краков и был коронован своим братом кардиналом Фридрихом. За свое избрание Александру пришлось дорого заплатить польским магнатам. Перед коронацией он подтвердил Мельникский привилей 1501 г., уничтожив, таким образом, плоды усилий реформ своего покойного брата. Александр вынужден был пойти на уступку польской магнатской олигархии и выдать этот привилей, чтобы получить помощь Польши в войне Великого княжества с Московским государством. Магнаты подняли голову. Согласно привилею, паны — члены сената Польши — держали в руках всю власть в государстве: король был только президентом этого всесильного сената. Без согласия сената действия короля не имели юридической силы. При нарушении королем государственных актов, сенат имел право детронизировать его и избрать нового. Король не имел права арестовывать или преследовать кого-либо из сенаторов. Правда, широкое сопротивление зажиточной и средней шляхты установлению магнатской олигархии позволило королю не выполнять положение этого привилея. А в 1504 году Петрковский сейм принял законы, которые фактически отменяли статьи привилея о верховенстве сената над королем. Не вступили в силу и статьи о верховенстве польского сената над Великим княжеством Литовским, как и подписанный при избрании Александра на королевский трон акт об унии между Польшей и Великим княжеством. Его подписали сам Александр и 27 представителей княжества, но с условием, что сейм Великого княжества подтвердит его. Это позволило затем отказаться от унии, так как значительное большинство шляхты, как и Александр, были против ликвидации суверенитета княжества. Сейм не утвердил Мельникский акт.
Супруга короля, Елена Ивановна, отсутствовала на коронации. Накануне к ней приезжал канцлер Польши Лаский. Он несколько дней уговаривал Елену перейти в католичество, говорил о большой пользе этого шага не только для государства, но и для укрепления семейных уз. Елена внимательно слушала пана Лаского, но всегда отвечала:
— Пращуры наши выбрали веру византийскую. Она укрепилась во всей Руси… И другой веры нам не надобно…
Не помогло и письмо брата Александра, польского кардинала. Великая княгиня литовская Елена Ивановна предпочла отказаться короноваться на Польское королевство, предпочитая сохранить веру своих предков и большинства населения Великого княжества. Польское католическое духовенство, слишком враждебно настроенное к православной Елене, также всячески мешало ее коронации. Имя ее не было упомянуто ни в описании коронации Александра, ни в молитвах. Елена не добивалась своей коронации, но в начале февраля 1502 г., когда коронационные торжества были еще в разгаре, она приехала в Краков со всем своим двором и православным духовенством. Александра задело нежелание поляков короновать его жену. И он решил устроить Елене королевский прием, который удивил бы даже столичный Краков. Ранним вечером к резиденции короля по широкой аллее дворцового парка подъезжала процессия Елены. Сто восковых факелов в руках ста всадников бросали яркий свет на главную группу процессии, в центре которой находилась Елена. Она сидела на белом, как молоко, коне, украшенном красным бархатным ковром с золотой бахромой. С грациозной уверенностью и достоинством держала она поводья; ее цветущее, с благородными чертами лицо было обрамлено вьющейся волной черных волос; голубой шелк с серебряными узорами обтягивал ее необыкновенно стройную, полноватую фигуру. Рядом с Еленой ехал король на черном, как ночь, коне. Шляпу с белыми перьями он держал в руке; непокрытые каштаново-золотистые волосы порхали по высокому лбу; в больших сине-зеленых глазах сиял восторг…
В церкви, построенной в Кракове четвертой женой Ягайло, киевской княжной Софьей Андреевной, беспрепятственно состоялось богослужение. Этим актом, здесь, в столице Польши, на виду всей страны, отстояла великая княгиня литовская свое право на свободное вероисповедание. Такая позиция с одной стороны обострила ненависть к ней, как к схизматичке, части католиков. Но и вызвала восхищение и уважение. С этого времени она стала фактически королевой польской. Все ее стали так и называть, хотя приезд Елены в Краков переполнил чашу терпения высших католических иерархов и возбудил ропот и негодование во всем клерикальном мире Польши. В Кракове открыто и громко выражали недовольство Александром. Заявляли, что договор о бракосочетании великого князя литовского с московской княжной это результат легкомыслия Александра и что он плохой христианин и само присутствие его оскорбляет Бога.
