25 октября U 565 вышла в море из Ла Специи. Её выход совпал с операцией британского флота, целью которой было усиление авиации на Мальте. 28 октября группа кораблей в составе авианосца «Фьюриес» (HMS Furious), шедшего с самолётами для Мальты, двух лёгких крейсеров и шести эсминцев вышла из Гибралтара. Военно-морское командование Оси решило перехватить эскадру и развернуло в западном Средиземноморье завесу из 14 субмарин (семь немецких и семь итальянских лодок), в которую вошла и U 565.
29 октября Франкену выпал шанс повторить знаменитую атаку Розенбаума, в ходе которой был потоплен авианосец «Игл». U 565 дала залп по «Фьюриесу», выпустив четыре торпеды, но ни одна из них в цель не попала. Английская эскадра пронеслась мимо на высокой скорости в 21 узел, преследовать ее было невозможно. Свой промах Франкен объяснил неисправностью торпед. Повторная попытка перехватить эскадру при возвращении её в Гибралтар ни к чему не привела.
1 ноября к югу от Балеарских островов Франкен попал в серьезный переплет. В 12:50, во время погружения, U 565 была атакована британским самолетом Локхид «Хадсон» из 233-й эскадрильи Королевских ВВС, который сбросил четыре глубинные бомбы. Взрывы бомб рядом с носом лодки причинили U 565 повреждения и выбросили её обратно на поверхность. Франкен, понявший, что придется драться, приказал зенитчикам немедленно занять свои места и открыть огонь. Нападение было отбито, и самолет, поврежденный зенитным огнем, улетел. Но практически сразу после его ухода лодку атаковал другой «Хадсон», дорого заплативший за эту попытку: он был сбит во время первой же атаки и упал в море в 500 метрах от лодки.
8 ноября началась высадка союзников в северной Африке. Для противодействия ей командующий подводными силами на Средиземном море Лео Крайш бросил в бой имеющиеся лодки. U 565 вошла в группу «Дельфин», которая должна была действовать у Орана (Алжир). Однако уже 10 ноября штаб получил сообщения от Франкена с запросом о возвращении на базу: субмарина получила повреждения от взрывов глубинных бомб, которыми её «угостил» корвет союзников, и U 565 потеряла возможность быстрого погружения. К тому же на лодке вышел из строя перископ. 13 ноября Франкен привёл свою лодку в Ла Специю.
После десяти дней ремонта U 565 вышла в море. Её путь снова лежал к алжирскому побережью, где продолжала наблюдаться высокая активность противника, проводившего конвои с войсками и амуницией в рамках операции «Тори». Целей было много, но действия подлодок были осложнены мощной ПЛО союзников. За время этого похода Франкену удалось потопить только британский эсминец «Партридж» 18 декабря 1942 года. Кроме этого, ряд западных историков считает, что Франкен отличился 22 декабря во время атаки конвоя KMF-5, торпедировав и повредив войсковой транспорт «Камерония» (16 297 брт). Однако на данный момент эта версия подвергается критике, и успех в повреждении лайнера часто отдается люфтваффе.
Франкен завершил этот поход 1 января 1943 года, после чего не был в море полтора месяца: U 565 нуждалась в ремонте, а экипаж в отдыхе. Следующие походы в феврале и в апреле Франкен провел отлично, в агрессивной манере атакуя неприятельские конвои у Орана. В феврале он заявил потопление двух судов на 18 000 брт и повреждение одного судна на 8000 брт[51]. В апреле им было заявлено потопление двух судов на 18 000 брт[52]. 30 апреля Вильгельм Франкен стал кавалером Рыцарского креста.
В июне-июле и в сентябре U 565 под командованием Франкена совершила еще два похода, во время которых произвела несколько торпедных атак, но успеха не добилась. К этому моменту союзники высадились сначала на Сицилии, а затем на Апеннинском полуострове, поэтому 29-я подводная флотилия, в которую входила U 565, в августе стала базироваться в Тулоне. Именно туда и привел свою лодку 1 октября Франкен, завершив свою службу на ней. С 8 октября он находился в распоряжении командира флотилии, а в декабре 1943 года отправился в Германию, где получил должность в штабе командующего подводными силами.
Неизвестно, были ли Франкен и Людден лично знакомы до того момента, как стали служить в штабе адмирала фон Фридебурга, но вечер 13 января 1945 года связал их имена в истории воедино. В тот роковой для них день они находились на борту плавучей казармы «Дар-эс-Ссалам» в Киле. Как гласят многие исторические работы, оба подводных аса погибли на этом судне во время пожара, без упоминаний каких-либо подробностей. Логично было бы предположить, что судно могло загореться во время очередной бомбёжки Киля или что огонь возник по каким-либо бытовым причинам. Но ничего подобного на «Дар-эс-Саламе» в тот вечер не произошло, и как бы удивительно это ни прозвучало, причиной гибели людей стало кино или, если быть более точным, киноплёнка.
Стоит отметить, что в то время просмотр кинофильмов представлял собой достаточно опасный процесс и вот почему:
