В декабре 1940 года генерал-майора Колпакчи утвердили начальником штаба Харьковского военного округа. Войну он начал в должности начальника штаба только что сформированной 18-й армии. Штаб армии составили офицеры органов управления Харьковского округа. В ее состав из Киевского особого военного округа передали 17-й стрелковый и 16-й механизированный корпуса, 64-ю истребительную и 45-ю смешанную авиационную дивизии.
В первые недели и месяцы войны 18-я армия вела тяжелые оборонительные бои с превосходящими силами противника. Вот когда Колпакчи освоил науку жесткого сопротивления, умение наносить чувствительные контрудары, уничтожать живую силу и технику врага. 18-й армией командовал генерал-лейтенант Андрей Кириллович Смирнов, который служил офицером еще в царской России. Но силы были неравны. Основные силы армии оказались в окружении. В начале октября в Запорожской области генерал Смирнов, прорываясь из окружения, погиб. Начальник штаба 18-й армии генерал Колпакчи доложил командованию: «Оперативная группа Штаба армии с частями 274-й стрелковой дивизии прорвалась на восток. Командарм Смирнов убит».
Вся ответственность за бойцов и командиров армии легла на Колпакчи.
В те тяжелые дни пересеклись судьбы генерала Колпакчи и одного из самых знаменитых летчиков – будущего трижды Героя Советского Союза маршала авиации Александра Ивановича Покрышкина. 4 октября 1941 года его истребитель был подбит в воздушном бою. Покрышкин сумел посадить машину прямо в поле – недалеко от линии фронта. Он хотел вывезти свой самолет на грузовике, но оказавшиеся в окружении части 18-й армии отходили. И ему пришлось сжечь самолет. Он запомнил командующего 18-й армией: «Высокий, статный… Генерал вопросительно смотрит на меня красными, воспаленными от пыли и недосыпания глазами».
Вместе с Колпакчи и 18-й армией будущий маршал авиации пробивался к своим. Владимир Яковлевич вывел из окружения штаб армии и личный состав с боевой техникой». И в декабре 1941 года был утвержден начальником штаба Брянского фронта.
Маршал Покрышкин потом говорил: «Тот, кто не воевал в 1941–1942, не знает настоящей войны». В 18-ю армию начальником политотдела назначили полковника Леонида Ильича Брежнева, поэтому эта армия вошла в историю.
В мае 1942 года генерал Колпакчи принял под командование 62-ю армию, которой предстояло сыграть решающую роль в Сталинградской битве.
К Волге рвалась 6-я немецкая армия, которой командовал генерал Фридрих Паулюс. Он прошел Первую мировую и вошел в число тех офицеров, которых после поражения Германии оставили служить в рейхсвере, численность которого была ограничена Версальским договором. Паулюс командовал ротой и батальоном, служил начальником штаба в корпусе генерала-танкиста Гейнца Гудериана. Так Паулюс оказался в кругу молодых офицеров, которые делали ставку на наступление и видели в танковых и моторизованных частях универсальный инструмент успеха на поле боя.
Немецких танкистов поддерживал фюрер.
Адольф Гитлер, увидев танки на маневрах, восхищенно произнес:
– Вот то, что мне нужно! Вот то, что я хочу иметь!
Фридриха Паулюса генерал Гудериан считал добросовестным и трудолюбивым, но полагал, что в боевых условиях ему не хватит решительности, жесткости и командирского опыта. «Быстрый Гейнц», как называли Гудериана в армии, оказался прав. Паулюс будет разгромлен.
Но пока что Паулюсу покровительствовал генерал-фельдмаршал Вальтер фон Рейхенау, назначенный командующим группой армий «Юг». В результате тот, не командовавший ничем крупнее батальона, был произведен в генералы танковых войск и поставлен командовать 6-й армией.
Паулюс начал наступление на Сталинград. Перед войсками Сталинградского фронта стояла одна задача: не пропустить немцев к Волге. 62-я армия Колпакчи оказалась на направлении главного удара вермахта. И поначалу преимущество было на стороне Паулюса. Сталин был крайне недоволен. 28 июля 1942 года он подписал Приказ № 227, в котором говорилось:
«Чего же у нас не хватает? Не хватает порядка и дисциплины в ротах, батальонах, в полках, в дивизиях, в танковых частях, в авиаэскадрильях. В этом теперь наш главный недостаток. Мы должны установить в нашей армии строжайший порядок и железную дисциплину, если мы хотим спасти положение и отстоять нашу Родину…
Отныне железным законом дисциплины для каждого командира, красноармейца, политработника должно являться требование – ни шагу назад без приказа высшего командования».
Ситуация вокруг Сталинграда в ту пору – предмет особого беспокойства. Сталин отправил под Сталинград вместе с Жуковым члена Оргбюро ЦК и секретаря ЦК партии Георгия Максимилиановича Маленкова. Потом вызвал обоих для доклада. Когда Жуков закончил свой доклад, Сталин строго спросил Маленкова:
– А почему вы, товарищ Маленков, в течение трех недель не информировали нас о делах в районе Сталинграда?
– Товарищ Сталин, я ежедневно подписывал донесения, которые посылал вам Жуков, – удивленно ответил Маленков.