Но воевода был уже стар, служить становилось все труднее. Юрий Алексеевич просится на покой. Сохранилась запись в дворцовых разрядах: «Того же году бил челом Великому Государю князь боярин Юрья Алексеевич Долгоруково, чтоб Великий Государь пожаловал, велел ему жить в Подмосковной своей деревне в селе Архангельском». Разрешение было дано, но совсем от «двора» царь своего ближнего боярина отпускать не захотел, «по присылке, и по праздникам, и на свои государские ангелы велел приезжать из деревни к себе, к Великому Государю». Были и не предусмотренные этой грамотой вызовы. Так, только в 1675 году Долгорукова дважды звали в Москву для участия в переговорах с польскими и немецкими послами.
26 января 1676 года умер Алексей Михайлович, поручив Долгорукову — своему самому доверенному человеку, — опекунство над новым царем Федором, неопытным в государственных делах. Но старый воевода передоверил опекунство своему сыну, князю Михаилу Юрьевичу. Сын исполнял и многочисленные должности, оставленные «из чести» за Юрием Алексеевичем Долгоруковым: новгородского наместника, первого судьи Смоленского, Хлебного и Стрелецкого приказов. Так бы и дожил свои дни старший Долгоруков — в почете и покое. Однако после смерти царя Федора Алексеевича в Москве вспыхнуло восстание стрельцов.
15 мая 1682 года стрельцы с оружием и развернутыми знаменами, с барабанным боем ворвались в Кремль. Первой жертвой восставших был младший Долгоруков, глава Стрелецкого приказа. Затем стрельцы изрубили саблями и старого боярина Юрия Алексеевича.
Так, через много лет, догнала его месть замученных в Арзамасе разинцев…
Уход из жизни Алексея Трубецкого и Юрия Долгорукова как бы подвел черту под затянувшимся на многие десятилетия военным противоборством России и Речи Посполитой. Новый враг угрожал теперь России — султанская Турция. Далеко за пределы Великороссии ушли на юг русские полки, и вели их уже другие воеводы.
