Для губернатора Альмагро было установлено сиденье на склоне близлежащего холма, откуда он мог наблюдать за ходом разворачивающегося сражения. На других окаймляющих поле битвы холмах собрались толпы туземных зрителей, ожидающих зрелища, подобного которому они до сих пор не видели: две армии иноземных захватчиков приготовились сражаться друг с другом.
Маршал Оргонес объезжал свои войска, подбодряя их. Ветеран итальянских войн, Оргонес был уверен, что Эрнан не начнет атаку, даже имея под своим началом более многочисленное войско, поскольку дол жен представлять себе, какого масштаба мясорубка последует тогда. Оргонес сказал своим офицерам, что войска Эрнана наверняка уклонятся от битвы в последний момент и попытаются обогнуть войско Альмагро с флангов, надеясь быстро добраться до Куско и захватить его.
Изготовясь к сражению, всадники подняли свои пики, остальные обнажили свои мечи. Все ожидали сигнала к атаке.
Стрелки из аркебуз выстрелили, подняв над равниной облачка сине-серого дыма. Стрелки из арбалетов в войске Эрнана, в свою очередь, выпустили град стрел с металлическими наконечниками в направлении армии противника. Стоящие за ними ряды двинулись во фронтальную атаку.
Оргонес был ошеломлен тем, что Эрнан атакует, вместо того чтобы попытаться избежать сражения.
Две армии сошлись одна в другую; пехотинцы с мечами или копьями, кавалеристы с пиками, хрипло крича: «Сантьяго!» или «Да здравствует король!». Воздух наполнили звуки металлического лязга, крики людей, ржанье лошадей и выстрелы аркебуз. Сильно прореженные в результате массированного обстрела со стороны армии Эрнана, войска Альмагро поначалу отчаянно сражались, не сходя с места. Затем под напором превосходящего своей численностью противника они постепенно начали отступать. Вскоре пуля свалила и коня Оргонеса.
Вскочив на ноги, Оргонес продолжил сражаться, орудуя мечом. Но вскоре шесть человек из войска Писарро окружили его. Когда Оргонеса несколько раз проткнули мечом, он упал. Неграмотный сын еврейских сапожников, присвоивший себе чужую благородную родословную и надеявшийся стать однажды правителем своего королевства, успел увидеть, как сбывается самое худшее из его предсказаний, сделанных им в свое время относительно собственной судьбы. Вскоре один из солдат, поваливший его, потянул бороду маршала вверх и перерезал ему горло. Солдат поднял окровавленную голову на своем мече, так чтобы все враги Писарро смогли увидеть ее. Строй войск Альмагро нарушился, и солдаты бросились бежать врассыпную, отчаянно надеясь спасти свои жизни.
В какой-то момент во время всеобщей потасовки Паулью Инка — его войска сражались на стороне Альмагро — неожиданно решил поменять себе покровителей.
Он сориентировался, кому здесь суждено стать проигравшей стороной, и приказал своим воинам избивать дубинками людей Альмагро.
Понимая, что битва проиграна, Диего де Альмагро оседлал бесхозного мула, забредшего сюда, и подался на нем в Куско.
Альмагро направился прямо в Саксауаман. Добравшись до одной из трех башен, конкистадор вынул из ножен свой меч и приготовился к последней схватке. Остатки его разбитого войска бросились назад, в направлении Куско, люди Эрнана устремились в погоню за ними. В числе убитых оказался Руи Диас, который до недавнего времени находился в заключении у Манко Инки.
Битва в местечке, получившем впоследствии название Лас Салинас, вылилась в полный разгром войска Альмагро: 120 человек из его отряда было убито, тогда как войско Эрнана потеряло лишь 9 человек. Эрнан отрядил кавалерийский отряд в Саксауаман на поиски Альмагро. Не имея при себе ни еды, ни воды и понимая, что пушки могут разнести башню, в которой он укрывался, в щебень, Альмагро в итоге принял решение сдаться. Солдаты препроводили губернатора в город, в инкский храм Солнца. Там они поместили его в ту самую камеру, где он держал в заключении Эрнана.
Через несколько дней Эрнан Писарро прибыл навестить Альмагро — человека, с которым он всегда вел соперничество за власть и которого презирал. Находившийся в угнетенном состоянии духа, Альмагро спросил Эрнана, не собирается ли Франсиско Писарро прибыть в Куско, чтобы старые партнеры смогли уладить существовавшие между ними разногласия. Эрнан, прекрасно понимая, что ныне судьба Альмагро находится в его руках, — продемонстрировал несвойственное ему великодушие в отношении старого конкистадора; он заявил, что его старший брат наверняка прибудет и что даже если он по какой-то причине задержится, то Альмагро сам сможет навестить маркиза в Городе Царей. Но, выйдя из тюрьмы, Эрнан дал указание своим нотариусам начать судебное дело против Альмагро — первый шаг к подготовке будущей казни.
