«Куско, 27 февраля, 1539 г.
Ваше Императорское Величество!
…После того как я совершил переход по Инкской дороге, до меня дошли письма из этого города о том, что Манко Инка переместился на расстояние в 25 лье и предпринял разграбление ряда городов, он направил гонцов во все уголки той области с призывами подниматься на восстание… Мы отрядили людей с миссией наказать его… [но], поскольку он располагает докладывающими ему обо всем шпионами… он избегает открытых мест и прячется в лесах. Когда наступит лето, у него не будет возможности противостоять мне… Я заполучу его живым или мертвым».
Манко Инка между тем уже направил дополнительные послания своим последователям на юге Перу, в частности своему верховному жрецу Вильяку Уму, скрывавшемуся в труднодоступных горах в области Кунтисуйю, к юго-западу от Куско. Получив приказ Манко, Вильяк Уму со своими последователями немедленно начал предпринимать атаки против испанцев в своей области и побуждать местных туземцев к поднятию мятежа. Еще дальше к югу, на возвышенности, примыкающей с западной стороны к озеру Титикака, послания Манко возымели такой же эффект на местные племена Лупака, которые решили поднять восстание. За относительно короткий период времени пространство, протянувшееся более чем на 1000 миль, от Кахамарки на севере до берегов озера Титикака на юге, вновь оказалось охвачено туземным восстанием. Напуганные испанские торговцы и энкомендеро были вынуждены перемещаться по магистральным инкским дорогам в сопровождении вооруженного конвоя.
Когда испанцы осознали тяжесть сложившейся ситуации, они немедленно пустили в ход карательные акции против повстанческого движения, готовые до конца отстаивать свои привилегированные позиции на вершине сформированной социальной пирамиды Перу. Эрнан и Гонсало Писарро немедленно выступили из Куско во главе большого кавалерийского отряда, направившись в область обитания мятежного племени Лупака. Переправившись на плотах вместе с лошадьми через озеро Титикака, испанцы наголову разгромили туземцев, взяли в плен и затем убили вождя племени Лупака, а его деревню сожгли дотла.
Испанцы также двинулись в северном направлении — Гонсало Писарро возглавил кавалерийский отряд из 70 человек, направившийся в сторону Кольяо. В результате яростного сражения против союза племен консора, покона и чича испанский кавалерийский отряд вновь вышел победителем, убив тысячи индейцев. Неожиданным успехом этой кампании явилась сдача инкского генерала Тисо, самого блестящего полководца в войсках Манко.
Для того чтобы подавить очаг восстания в Кунтисуйю, лежащей к юго-западу от Куско, Франсиско Писарро направил еще один испанский отряд, дополнительно укомплектованный туземными союзниками. Целью этой экспедиции было выявить местонахождение и уничтожить Вильяка Уму и его армию. Несмотря на то что этой кампании суждено было продлиться восемь долгих месяцев и у нее были свои взлеты и падения, в конечном итоге испанцам удалось вынудить Вильяка Уму сдаться.
Хотя подчиненный Манко генерал Илла Тупак продолжал контролировать большую область на севере вблизи Хаухи, и его сил сражаться хватило бы еще на долгий период, испанцы не замедлили направить на север мощную волну террора, посылая один за другим карательные отряды в мятежные провинции. Например, в плодородной долине, примыкающей к Кордильере-Бланкае, в ущелье Уайласе, примерно в 400 милях к северо-западу от Куско, местные туземцы убили двух энкомендеро. Городской совет Лимы направил кавалерийский отряд под командованием капитана Франсиско де Чавеса, чтобы потребовать возмещения. Чавес со своим отрядом провел в этом районе три месяца, совершая рейды на туземные деревни, кроша на куски их жителей и предавая огню их дома и поля.
Проводящие свои карательные рейды испанцы не делали различий между мужчинами, женщинами и детьми. «Война была настолько жестокой, что, опасаясь, что все они будут убиты, индейцы запросили мира», — писал Сьеса де Леон. Но прежде чем объявить свою карательную кампанию завершенной, Чавес — классический эстремадурец из родного города Писарро, Трухильо, — убил более 600 младенцев в возрасте до трех лет.