Испанцы в самое короткое время захватили Виткос, город, который некогда разграбил Диего Оргонес и в котором едва не был схвачен Манко Инка. Они затем одолели проход Колпакасу, после чего двинулись вдоль реки Пампаконас, время от времени вступая в стычки с инкскими отрядами. Наконец во вторник, 24 июня 1572 г., в окрестностях столицы Вилькабамбы
«генерал Мартин Уртадо де Арбьето приказал всем испанским воинам разбиться на отряды с их военачальниками во главе, а индейским союзникам — на свои отряды… во главе со своими полководцами… [И] подняв знамена… они двинулись, взяв [с собой] артиллерию… В десять часов утра они вошли в город Вилькабамбу — все пешие, поскольку им пришлось передвигаться по очень труднопроходимой местности, где не было никакой возможности использовать лошадей».
Испанцы обнаружили, что сокрытая от чужих глаз столица ныне лежала в пепле, всеми покинутая. В отчете, позднее представленном испанским генералом вице-королю Толедо, Арбьето указывал, что он и его люди «обнаружили [Вилькабамбу] покинутой; около четырехсот стоявших в городе домов и святилищ находились в нетронутом состоянии. Мы обнаружили, что были сожжены только дома инкских [императоров]… и все… индейцы — воины, равно как и крестьяне, — бежали куда только можно». Летописец Муруа поражался тому, что когда испанцы явились в город, они увидели следующее:
«Весь город был разграблен [настолько тщательно], что если бы этим пришлось заняться испанцам и их индейским союзникам, то они бы едва достигли столь впечатляющих результатов… Все индейские мужчины и женщины бежали и спрятались в джунглях, взяв с собой все, что они только могли. Они предали огню оставшуюся часть кукурузы и прочего продовольствия… находившегося в хранилищах… так что, когда экспедиция прибыла, все еще дымилось. Был сожжен и храм [Солнца], где [находился] главный идол инков. [Инки] проделали в свое время то же самое, когда Гонсало Писарро… вошел в город, и тогда отсутствие продовольствия вынудило… [экспедицию Гонсало] покинуть страну, оставив ее во власти правившего тогда императора. [Инки] точно так же ожидали, что и сейчас, когда испанцы не обнаружат ни еды, ни иных жизненно необходимых припасов, они не останутся здесь и уйдут, — по этой причине индейцы бежали, предав огню все, что они не могли унести с собой».
К этому времени испанцы уже узнали, что Титу Куси скончался и что был коронован новый император, Тупак Амару. Но город покинули все, кто населял его: и новый император, и его слуги, и храмовые жрецы и жрицы, и рядовые его жители. Испанцы, совершавшие свои разыскания в тлеющем городе, в числе прочего обнаружили, что не все остроконечные крыши были покрыты традиционной соломой; некоторые крыши были выложены черепицей — наподобие крыш в Куско, которые, в свою очередь, имитировали испанский стиль. Муруа дает достаточно подробное описание того, что осталось в городе:
