Тридцатилетний император, который за свой короткий, шестнадцатимесячный период правления сделал все возможное, чтобы усилить влияние инкской религии в Вилькабамбе, в итоге согласился перейти в христианство. Вне всякого сомнения, сильной мотивацией для него стало то, что ему сообщили, что против него готовится судебный процесс, где на кону окажется его жизнь. Тупака Амару обвиняли, в первую очередь, в том, что он является лидером мятежного государства, которое организовывало набеги на подконтрольное Испании Перу, а также за то, что он дозволял в своем королевстве языческие религиозные практики. Эти набеги устраивал, конечно, не Тупак Амару, а его старший брат Титу Куси и его отец Манко Инка. Но оба императора начали организовывать эти акции лишь в ответ на то, что испанцы напали на Тавантинсуйю и оккупировали ее, на что, с инкской точки зрения, испанцы не имели никакого права. «Языческие же религиозные практики», в которых обвинялся император, являлись составной частью собственной инкской религии, которую они исповедовали с незапамятных времен, задолго до прибытия испанцев.
Сам Тупак Амару не владел испанским и не был знаком с испанской юриспруденцией, также у него не было предусматриваемого законом адвоката, который защищал бы его. Таким образом, все это являлось просто пародией на суд. Но даже если бы инкскому императору предоставили самых лучших адвокатов из Испании и если бы они стали заявлять, что у испанцев не было никакого законного права вторгаться в инкскую империю, вряд ли результаты суда были бы иными. Сторона обвинения, вне всякого сомнения, выдвинула бы тот тезис, что сам Бог дал папе право передать Тавантинсуйю королю и королеве Испании и что испанцы, таким образом, просто выполняли Божью волю. Соответственно со стороны инков сопротивление подобному указанию свыше представляло собой одновременно богохульство и предательство — это были действия, очевидным образом направленные против Божьей воли. И даже хотя Тупак Амару ныне обратился в христианство, он тем не менее до сих пор являлся духовным лидером языческой религии, в которой поклонялись ложным идолам, да и он сам почитался наряду с этими лжебогами.
Таким образом, вердикт был предрешен. Никогда ни испанцы, ни инки не дозволили бы существования на завоеванной ими территории независимого, враждебного анклава, также они не потерпели бы присутствия на политическом горизонте влиятельного лидера сил сопротивления, который внушал бы гражданам завоеванной страны нелояльность к властям. Законы империи всегда жестоки и неумолимы, — и инки, и испанцы это всецело понимали. Да и вообще две империи не могут сосуществовать одновременно в одном регионе; более сильная всегда разгромит более слабую, так что в итоге она одна останется править в регионе.
И неудивительно, что после длившегося три дня судебного процесса судья, назначенный вице-королем, приговорил Тупака Амару к смерти. И хотя несколько религиозных лидеров в Куско обратились к вице-королю с просьбой пощадить жизнь императора, Толедо настоял на том, чтобы приговор был немедленно приведен в исполнение. Вице-король был намерен очистить новую колонию Испании от последних следов инкской автономии и навеки вечные пресечь возможность новых туземных мятежей. Соответственно он настаивал на том, что нельзя допустить, чтобы Тупак Амару остался в живых.
24 сентября 1572 г. конвойный отряд вывел императора из тюрьмы и провел по улицам к главной площади. Это была та самая площадь, где тридцать семь лет назад Франсиско Писарро и его конкистадоры разбили лагерь в первый день их прибытия в Куско. Теперь в центре площади был выстроен обычный эшафот. Один летописец писал:
«Такое множество туземцев желало увидеть казнь их короля и повелителя, что, по словам присутствовавших, протолкнуться на улицах можно было лишь с огромным трудом. И поскольку стоячих мест уже не осталось, индейцы взбирались на стены и крыши домов. Индейцы собрались даже на тех больших холмах, что окружали город».
На виду у собравшихся испанцев, африканских рабов и туземцев Тупак Амару ехал на «муле, обернутом в черную бархатную ткань; сам император был одет в траурные одежды». Руки императора были связаны веревкой, другая веревка была обвязана вокруг его шеи.
