Некоторые украинцев обратились к царю с просьбой назначить им «князем» Федора Ртищева — тут тоже были наслышаны о его кристальной честности и бескорыстии. Идею поддержал и Самко — пусть, мол, будет номинальный «князь» Ртищев, а при нем реальная власть будет принадлежать гетману. На роль коего Самко, естественно, прочил себя. Он вообще вел активнейшую предвыборную кампанию, копал под соперников, слал на них доносы в Москву. Но перестарался. Увлекшись интригами, он терял авторитет по сравнению с более «боевыми» претендентами.
В июне 1663 г. в Нежине собралась рада и неожиданно для Самко гетманом избрала не его, а Ивана Брюховецкого. На раде был утвержден и вопрос о размещении русских гарнизонов и воевод в нескольких крупных городах — Киеве, Чернигове, Нежине, Полтаве. А в Москве был учрежден Малороссийский приказ. То есть Украина уже признавалась неразрывной составной частью России — такой же, как, например, Сибирь. Однако выборы гетмана успокоения украинцам не принесли. Правобережные полковники даже делегатов на раду не прислали, объявляли законным гетманом Тетерю. А он подтвердил Гадячский договор о подданстве Яну Казимиру. Раскол Украины стал реальностью. Из Варшавы еще с весны слали призывы к хану выступить против русских, заверяя, что и поляки, «успокоивши войско, на них придут быстро». Но «успокоить войско» (т. е. конфедератов), никак не удавалось. И боевые действия велись вяло, ограничиваясь отдельными стычками.
Россия тоже не спешила начинать крупных операций, восстанавливая и наращивая свою мощь. Несмотря на военное время, продолжала развиваться ее промышленность. В дополнение к прежним «железоделательным» заводам строились и вступали в строй новые — два завода в Малоярославецком уезде, металлургические предприятия в Олонецком крае, у Воронежа. На Урале стал действовать Невьянский завод (тот самый, который Петр подарит Демидову). В прошлые века дефицитным сырьем для России была медь. Ее искали свои и иностранные «рудознатцы», но месторождений, пригодных для разработок, обнаружить не удавалось, и русские купцы получали задания скупать за рубежом даже медный лом. Теперь наконец-то нашли медную руду вблизи Соли Камской, тут был основан казенный Пыскорский завод (впоследствии на его базе был развернут завод Тумашевых).
Разрабатывались новейшие системы вооружения. Появились «винтовальные» (нарезные) и «органные» (многоствольные) пушки. Их изобретение с какой-то стати ставят в заслугу то Вобану, то Ломоносову — хотя Павел Алеппский и Таннер детально описывают такие орудия в своих рассказах о посещении России в XVII в. Московский Пушечный двор являлся не только заводом, но и первым конструкторским бюро отечественной «оборонки». Разработки держал под контролем и лично занимался ими Алексей Михайлович. Датские послы в 1659 г. смогли получить доступ на Пушечный двор, и им показывали орудия, которое изобрел сам царь. Видели они и модель огромной мортиры, вес которой должен был достигать 8750 пудов (140 т), вес гранаты — 14 050 фунтов (5,6 т), для заряда требовалось 2000 фунтов пороха (800 кг), а для воспламенения гранаты и заряда — 200 фунтов (80 кг). Порох в камеру засыпался с казенной части, которая закрывалась на винтах. Словом, для осады городов главное — как-то доставить такое чудовище. А там одну бомбу кинул — и хватит.
Вряд ли эта мортира была изготовлена в реальности, описывалась лишь модель, которая «доходила до подбородка». Зато, по воспоминаниям датчан, уже были запущены в серийное производство легкие полевые пушки на лафетах — их везла 1 лошадь, а расчет состоял из 2 человек. Заряжались они «сзади», с казенной части, и снабжались зарядными ящиками. При Пушечном дворе имелся полигон для испытания вооружения. (Кстати, обратите внимание — тогдашние разработки уже велись по нормальным методическим правилам, проходили все обычные конструкторские этапы: чертеж — макет — опытный образец — испытания — серия.) Для степной войны на московских мануфактурах штатно изготовлялись «гуляй-города» — разборные укрепления на телегах.
Несмотря на «медные бунты», в 1663 г. снова был объявлен сбор «пятой деньги». Второй год подряд! Но в результате этих мер Златоглавая Русь обрела заново переформированную могучую армию. Теперь в ее составе было 75 полков «нового строя»: 42 солдатских, 8 драгунских, 22 рейтарских, 2 полка копейщиков и 1 гусарский, общей численностью 54,5 тыс. воинов. У всех частей было единообразное вооружение, имелась уже и форма. Военнослужащие полков «нового строя» носили «немецкие» кафтаны (точнее — покрой оставался русским, но они были короче стрелецких, до колена), шапки, похожие на стрелецкие, но без меховой оторочки. Форма разных полков и родов войск отличалась цветом воротников, шапок и сапог, а военные чины определялись по цвету нагрудной шнуровки и «разговоров» на кафтанах.