Многие беглые направлялись и на Дон. Алексей Михайлович строго соблюдал договоренности о сохранении казачьего самоуправления и «войскового права». Например, к концу войны с Польшей издал указ — если чьи-то крестьяне ушли на Украину и вступили в казаки, возвращать их уже было нельзя даже по челобитным хозяев. По-прежнему признавался царем и закон «С Дона выдачи нет». Но Войско Донское отнюдь не было заинтересовано и в том, чтобы его ряды разбавлялись всяким сомнительным сбродом, да и жалованье, присылаемое из Москвы, было фиксированным. Поэтому, как уже отмечалось, в казаки принимали только на войсковом кругу и с большим разбором — лишь тех, кто сумел проявить доблесть, зарекомендовать себя среди казачества, имел поручителей. А подавляющее большинство пришлых селилось при казачьих городках или отдельно, по донским притокам, и казаками не считалось — их называли бурлаками. Они занимались промыслами, ремеслами, ловили рыбу, кое-где начали развивать земледелие, которое по старинному донскому закону было запрещено для казаков.
Однако «экстерриториальностью» пользовался и преступный элемент. От Большой излучины Дона до Волги было рукой подать, а после грабежей можно было уйти обратно на Дон. И между р. И ловлей и Качалой возник разбойничий городок «Рига», откуда осуществлялись такие вылазки. Царь обратился к донцам, потребовав уничтожить это гнездо и наказать бандитов «по вашему войсковому праву». Казаки приказ выполнили, Ригу разорили и доложили, что «многих казнили смертию, чтоб другим было неповадно приходить на Дон с таким воровством». Но возникали новые шайки грабителей, по-прежнему тяготевшие к волжскому торговому пути.
И по договору с Армянской компанией Россия взяла на себя транспортировку шелка через свою территорию и охрану. За очень высокую плату, 1 руб. с пуда, но с гарантией сохранности. А у Ордина-Нащокина возникла идея создать для этого регулярный флот на Волге и Каспийском море. Государь новым делом тоже увлёкся, и 19 июля 1667 г. вышел указ об учреждении судоверфи в дворцовом селе Дединове Коломенского уезда (у впадения Москвы-реки в Оку). Были приглашены голландские специалисты Ван Сведен, Гелт, Ван Буковен. Плотников, «бичевных и парусных дел мастеров» набирали русских. По особому указанию Алексея Михайловича были выделены царские живописцы, резчики по дереву — он хотел, чтобы его корабли были красивыми. И началась постройка трехмачтового 22-пушечного корабля «Орел», одномачтовой 6-пушечной яхты, 2 шнек, 1 бота и 1 струга.
А со всеми этими делами шло дальнейшее возвышение Ордина-Нащокина. Он завоевал полное доверие царя. Думный дьяк Алмаз Иванов уже состарился, часто болел. И к тому же был противником политики Ордина-Нащокина. Поняв, что конкурент одолевает, он ушел в отставку, и государь поставил нового любимца во главе Посольского приказа, дав ему титул «Царственной большой печати и государственных великих посольских дел оберегатель», что европейцы переводили как «канцлер». Постепенно под его начало был передан еще ряд ведомств: Малороссийский, Полоняничный приказы, Новгородская, Галицкая, Владимирская чети, он курировал металлургические заводы. И стал фактическим главой правительства.
Между тем уже наметились новые очаги конфликтов. Заключение Андрусовского перемирия понравилось далеко не всем. Уступкой Левобережья возмущались многие польские паны, плели среди казаков интриги насчет «объединения». А гетман Брюховецкий готовил поход против Дорошенко. Но из Москвы его осадили — на Правобережье, мол, идти нельзя, и он обиделся. Да и часть старшины и казаков была недовольна. Одни — разделом Украины, другие — прекращением боевых действий, поскольку уже привыкли подрабатывать трофеями и грабежами. И чтобы спровоцировать возобновление войны, они организовали убийство русского посла в Крыму Лодыженского. Правительство спешно послало на Украину стольников Телепнева и Кикина для расследования и изучения жалоб местного населения, по всему Левобережью распространялось царское послание, в котором осуждались убийцы, разъяснялась необходимость и польза Андрусовского перемирия.
Другой опасный узел завязался на Дону. С окончанием войны здешние казаки тоже остались без дела, лишились выплат, которые получали в период пребывания на службе. А дальнейшие набеги на Крым царь им запретил, чтобы не подтолкнуть Турцию к столкновению с Россией. И на ежегодном весеннем кругу, созываемом в Черкасске для выборов атамана, за этот пост разгорелась борьба между Корнелием Яковлевым и Степаном Разиным. Программой Разина было плюнуть на запрет и продолжать походы, поддержали его самые буйные. Но взяла верх умеренная линия, атаманом стал Яковлев. А Разин обозлился и с немногими сторонниками ушел на Иловлю, «о чем старые казаки гораздо тужили». Он восстановил разрушенную Ригу, стал собирать всяких бродяг, принимая их в «казаки», а они его избрали атаманом — как бы в противовес Яковлеву.
