Проблема защиты тех, кто согласился на подданство, встала перед казаками и в Анадырском крае. На объясаченных юкагиров, ходынцев и оноулов периодически совершали набеги чукчи, коряки, да и другие юкагирские племена. Очередное нападение совершил вождь Мекерка, пограбил стойбища и захватил пленных, обратив их в рабство. Ходынцы и оноулы обратились к русским. И был предпринят поход на обидчиков. Их разгромили и разогнали, вернув награбленное и освободив невольников. Но в бою 3 русских были ранены и погиб Мотора. За старшего в Анадырском остроге снова остался Дежнёв. Прикинув, что пушнины и моржовой кости добыто уже много, казаки хотели строить корабль для возвращения на Колыму. Но, расспросив местных жителей, узнали, что тут нет надежных материалов для судовых снастей, а плавания в здешних водах опасны. Тогда сухим путем, налегке, отправили казака Данилу Филиппова с проводниками-юкагирами.
Оставшиеся землепроходцы в 1653 г. предприняли экспедицию по берегам Анадырского залива, открыли большие лежбища моржей, охотились на них. Пришлось и воевать. Юкагиры-чуванцы заключили союз с коряками, нападали на дружественные племена. Первый поход организовали на чуванцев, они сопротивлялись отчаянно, в схватке полегло 5 русских, 3 получили ранения. Но противника одолели и объясачили. Позже ходили и на коряков. В бою был ранен Дежнев, тем не менее снова победили. И как раз в этом столкновении у коряков «отгромили» пленницу, «якутскую бабу» — жену Федота Попова. Единственную уцелевшую из экипажа корабля, унесенного на Камчатку, и поведавшую о судьбе своих спутников.
А посланец Дежнева Филиппов тем временем добрался до Колымы, на попутном коче доехал до Лены и в 1654 г. прибыл в Якутск. Привез пуд моржовой кости в качестве образца и челобитные, в которых описывалось плавание через Берингов пролив, сделанные открытия, рассказывалось о природе Анадырского края, населяющих его народах, прилагались карты. Дежнев докладывал, что казаки обносились, много претерпели в тяжелых трудах, боях и лишениях. Просил выплатить жалованье и прислать на Анадырь нового приказчика ему на смену. Воевода Михаил Лодыженский, назначенный вместо Францбекова, счел полученные сведения крайне важными. И Филиппова, приложив собственное донесение, сразу же отправил в Москву. В столице высоко оценили информацию землепроходцев. Плаванием и открытиями Дежнева заинтересовался сам царь, лично принял, расспрашивал и наградил гонца, а Сибирский приказ послал в Якутск указание развивать дело на Анадыри. Свершения Хабарова в Москве тоже заслужили высокую оценку. Из крестьян он был пожалован в дети боярские.
В исторической литературе можно встретить утверждения, что Москва вела себя нерешительно, слишком долго тянула с решением о принятии Украины. При этом забывается или игнорируется, что шаг-то был нешуточный, и прежде следовало подготовить вооруженные силы. Что же они представляли в середине XVII в.? Русская армия отчасти уже перешла на регулярную основу, а отчасти еще организовывалась по старинке. Дворяне и дети боярские (мелкопоместные дворяне) составляли поместную конницу. Они получали в походах жалованье, наделялись поместьями, но не в вечное владение, как вотчинники-бояре, а только на время службы (после смерти дворянина часть его имения могли оставить вдове и подрастающим детям). По призыву они должны были явиться «конно, людно и оружно» и привести вооруженных слуг — 1 пешего и 1 конного со 100 четвертей пашни. В Москве раз в 2–3 года проводились смотры дворянской конницы и переверстка поместий. Часть дворян разных городов поочередно отряжалась в столицу и жила тут по 3 года, это были «жильцы». Они, как и московские дворяне, пользовались преимуществом перед «городовыми», жалование получали выше, но эти категории составляли «корпус быстрого реагирования», всегда находились под рукой царя для выполнения его распоряжений.
