В первое послевоенное время, видя доброжелательное отношение к христианским миссионерам со стороны американских военных властей в Корее, о. Поликарп, подобрав себе новых помощников, возобновил активную миссионерскую деятельность. В этом деле ему, по благословению Московского Патриарха, оказывал материальную помощь Восточно-Азиатский экзархат (с центром в Харбине). [9, л. 10] Кроме того, архимандрит предпринял попытку упорядочить деятельность Миссии и расширить помещения для ризницы, библиотеки, церковных собраний и т. д. Для этого необходимо было отказать в аренде миссийских зданий ряду лиц, проживавших в Миссии и даже незаконно сдавших в целях прибыли часть занимаемых квартир. Обиженные квартиранты старались оклеветать о. Поликарпа перед властями. В частности, пользуясь националистическими чувствами корейцев, эти люди распространяли слухи о том, что имущество Миссии принадлежит ненавистной Японии (при этом вспоминалось о регистрации собственности Миссии в 1925 г., проведенной архимандритом Феодосием). [19, с. 360] Архимандрит Поликарп так писал об этой ситуации в упоминавшемся письме архиепископу Нестору от 21 июля 1946 г.: «В Корее у нашей Миссии находятся «доброжелатели» из русских беженцев, которые по некоторым соображениям (главный образом, кажется, потому, что хотят удержаться в миссийских удобных для них квартирах) наговаривают американцам, что наша Миссия, мол, была японским имуществом (это базируют на том основании, что некоторое недвижимое имущество зарегистрировано на имя Имущественного Общества Японской Православной Церкви…) и поэтому-де теперь имущество должно перейти американцам». [8, л. 175]
Представление, что это было «японское имущество» оказалось широко распространенным и среди корейцев и сыграло существенную роль в дальнейших событиях. Конфликт тлел до 1947 г., когда для участия в конференции по вопросу объединения Кореи в Сеул приехала советская комиссия, снова разместившаяся в здании Российского консульства рядом с Миссией и превратившая эту часть Чонг-Донга в «центр коммунистической пропаганды» в Сеуле. Дом архимандрита Поликарпа находился по соседству, и советские делегаты посетили его, кроме того, произошел публичный скандал в церкви. До сих пор не вполне ясны отношения сотрудников комиссии с о. Поликарпом в это время – в середине 1950-х гг. некоторые православные корейцы говорили, что видели изображение Сталина в доме архимандрита Поликарпа, красный флажок на церковных воротах и шумные заседания, которые «комиссары» устраивали в Миссии. В тоже время местные русские эмигранты утверждали, что о. Поликарп никогда не был настроен коммунистически. [31, р. 487] 7 января 1947 г. в Токио для управления Японской православной епархией при содействии оккупационной администрации США прибыл находившийся в юрисдикции русской Северо-Американской митрополии архиепископ Питсбургский Вениамин (Басалыга), делегация же Московского Патриархата не была пропущена в Японию американскими властями. 5 июня того же года противники архимандрита Поликарпа из среды русских эмигрантов и корейцев, имевшие к нему претензии в личном плане и рассчитывавшие на получение миссийского имущества, объединились и направили два письма епископу Вениамину с просьбой решить вопрос об их «духовном окормлении», убрать о. Поликарпа и назначить нового священника (эти письма осталось без резолюции). [30, р. 20]
Не вполне ясно, как авторы писем поняли природу церковных преобразований, которые произошли в военной и послевоенной Японии, поскольку оба ходатайства просто называют Токио центром Японской Православной Церкви с довоенного периода, и просят, чтобы новый священник был послан оттуда или из США. Обвинения против начальника Миссии в основном касаются духовной дисциплины и этики; о. Поликарп подозревается в прелюбодеянии и обвиняется в увольнении сотрудников в связи с личными разногласиями, несоблюдение поста, организации группировок, игнорировании Корейского комитета и использовании церковного капитала по собственному усмотрению. Соответствующие ходатайства подписали 6 русских и 58 корейцев. Правдивость этих обвинений установить невозможно, однако следует отметить почти полное отсутствие политических мотивов; хотя русские и упоминали организацию о. Поликарпом вечера для советских офицеров и праздничное освещения здания церкви 1 мая, но не было никакого предположения о шпионаже.
Благодаря помощи западных миссионеров, знавших архимандрита Поликарпа долгие годы, ему удалось убедить власти воспрепятствовать приезду архиепископа Вениамина в Сеул и временно предотвратить поглощение им Корейской Миссии. [19, с. 361] В то время как в Японии в свете холодной войны борьба за Православную Церковь шла полным ходом, власти Южной Кореи все еще расценивали это как внутренний духовный вопрос. Конфликт, тем не менее, не был исчерпан. Летом 1948 г. группа «корейских дельцов» подала в Имущественное попечительство заявление о своих правах на имущество Миссии, но архим. Поликарпу, по его словам, удалось «отбиться». [9, л. 16]