Еще в 1936 г. новый генерал-губернатор Кореи Минами Хиро начал проводить политику активной японизации и ассимиляции путем запрещения употребления корейского языка в средствах массовой информации, преподавании и общественной жизни. До этого времени японские власти относились к Корее, как к внешней территории, а затем она стала рассматриваться в качестве части «большой Японии» – базы для экспансии в Китае. Однако если большинству религиозных организаций Кореи разрешили оставить богослужение на корейском языке, в отношении Православной Миссии была выбрана иная тактика. В то время как японцы стремились национализировать другие религиозные организации Кореи, высылая иностранцев, Православную Миссию они решили «загнать в гетто», жестко ограничивая ее деятельность духовным окормлением русских эмигрантах.
В 1941 г. японские военные власти выслали из Кореи всех иностранных миссионеров, как «проводников чужого влияния», кроме архимандрита Поликарпа. Это исключение было сделано в связи с тем, что русские были важны для японских планов в Маньчжурии и России, и их решили не трогать. После начала Второй мировой войны, под предлогом мер по обеспечению безопасности, власти запретили поездки архимандрита в миссионерские станы и пытались ограничить общение русских с корейцами, которых всячески старались отсечь от Миссии. Отцу Поликарпу фактически запретили покидать Сеул, а православным корейцам – приезжать из провинции в Миссию и посещать богослужения в ее храме. Только проживавшие в Сеуле корейцы могли это полулегально делать. [3, 59]
Также были полностью запрещены православные богослужения на корейском языке, и они в соответствии с указанием митрополита Сергия от октября 1941 г. проводились только на церковно-славянском. В 1951 г. архимандрит Поликарп писал в своей автобиографии: «Из-за невозможности тогда миссионерствовать по политической ситуации митрополит Сергий ограничил мою деятельность духовным окормлением только русских в Корее с охранением имущества Миссии». [9, л. 10] Контакты начальника Миссии с большинством его паствы оказались разорванными, и в годы войны он окормлял менее 30 православных корейцев. Впрочем, в военный период Миссия почти не подвергалась прямым попыткам захвата имущества. [8, л. 176] Однако японские власти потребовали пожертвовать на нужды войны колокола из миссионерских станов, о. Поликарп не дал своего согласия, и, в конце концов, они были взяты без разрешения архимандрита; колокола же самой Миссии в Сеуле удалось сохранить. Всего за 1935–1945 гг. в Никольском храме Сеула было совершено 37 крещений, два венчания и 35 отпеваний. [17, с. 293]
В конце войны, поскольку русские иерархи в Маньчжурии тайно отправили ходатайство о присоединении к Московскому Патриаршеству, Корейская Миссия, возможно, была передана под их власть уже в 1944 г., хотя сама Харбинская епархия РПЦЗ формально перешла в юрисдикцию Московского Патриарха только 27 декабря 1945 г. В соответствии с датированным этим же числом указом Патриарха Алексия I управляемая о. Поликарпом Корейская Миссия, «временно самостоятельная», была принята в ведении Московского Патриарха, а сам архимандрит утвержден ее настоятелем. [3, с. 59] 1 апреля 1946 г. архиепископ Харбинский Нестор (Анисимов) написал архимандриту Поликарпу, что Корейская Миссия включена в состав новообразованного Восточно-Азиатского экзархата. Это известие было получено в Сеуле 29 мая и признано в ответном письме о. Поликарпа от 21 июня 1946 г., приложившем к нему отчет о своей деятельности и состоянии Миссии. [8, л. 174] Таким образом, несмотря на временное прерывание связей, Корейская Духовная Миссия неизменно оставалась преданной Московскому Патриархату.