К периоду 1936–1939 гг. относятся попытки возрождения миссионерской деятельности на территории Кореи. В 1936 г. Миссия организовала строительство часовни-церкви в Омпо (Северная Корея). Фактически деятельность отца Поликарпа в тот период распространялась на весь Корейский полуостров. Его паства проживала в 17 городах, таких как Пхеньян, Хопучин, Кайсю, Каругай, Кёхе, Ресин и др. В основном эти общины состояли из русских, корейцев же, находящихся в постоянном контакте с ним, по данным заведующего Миссии, насчитывалось около 150 человек. По этой причине и из-за политики японских властей богослужения и проповеди совершались на церковнославянском и русском языках и только ектении – на корейском. [3, с. 58] Таким образом, успех миссионерства не был значительным – по-прежнему не хватало средств на открытие школ и на содержание катехизаторов. Деятельность Миссии оставалась преимущественно церковно-приходской.
В 1936–1938 гг. о. Поликарп несколько раз ненадолго приезжал в Японию. Следует отметить, что Корейская Миссия не рассматривалась, как часть Японской Православной Церкви, на Соборах последней никогда не было представителей Миссии и не разбирались ее дела. Таким образом, Японскую Церковь и Корейскую Миссию объединяло только личное возглавление их митрополитом Сергием. Параллельное существование православных японцев на полуострове продолжалось в течение всего колониального периода, так в 1935 и 1936 гг. Соборы Японской Православной Церкви, регистрировали 135 их представителей в Корее. Последующее небольшое увеличение числа православных японцев – до 162 в 1940 г., вероятно объясняется ростом количества японских военнослужащих. На первом послевоенном Соборе в июле 1946 г. еще говорилось о необходимости удаления из списков членов Церкви «приблизительно 130 прихожан, живущих в Корее». [30, р. 37] К этим православным японцам в 1930-е гг. по-прежнему один раз в год приезжал из Нагасаки священник, хотя позднее отец Поликарп писал, что и ему периодически приходилось духовно окормлять их. 8 октября 1939 г. митрополит Сергий в Воскресенском соборе Токио возвел иеромонаха Поликарпа в сан игумена и назначил его председателем Хозяйственного комитета при Миссии. [9, л. 9]
13 июля 1940 г. Собор православных японцев под давлением властей страны, стремившихся по военным и политическим обстоятельствам отстранить иностранцев от руководства религиозными организациями, объявил о прекращении церковного общения с Московским Патриархатом, и митрополит Токийский Сергий был отстранен от управления Японской Церковью. Оставив кафедру, он, однако, не сложил с себя обязанностей начальника Русской Духовной Миссии в Японии. Не отказался он и от архипастырского окормления Русской Миссии в Корее. Более того, митрополит Сергий, лишенный помощи со стороны православных японцев, при помощи Корейской Миссии обустроил на окраине Токио домовый храм, в котором совершал богослужения, до своей смерти 11 августа 1945 г. [22]
Таким образом, эта Миссия, единственной из всех зарубежных Русских Православных Миссий фактически осталась под юрисдикцией Московского Патриархата. По мнению некоторых историков с началом Второй мировой войны Русская Православная Церковь за границей была близка к подчинению Корейской Миссии путем поглощения всей Японской епархии, от которой Миссия зависела. [30, р. 18] Однако, хотя русские иерархи в Харбине и хиротонисали 6 апреля 1941 г. во епископа Токийского японского протоиерея Иоанна Оно Киичи, это не означало включение Японской Православной Церкви в состав РПЦЗ.
Под давлением японских властей по военным и политическим обстоятельствам Владыка Сергий 8 октября 1941 г. был вынужден формально отказаться от попечения о Корейской Духовной Миссии. Всю полноту власти и ответственность за сохранность имущества он передал о. Поликарпу (последний раз они виделись лично в ноябре 1941 г.), назначив его начальником Миссии, и, подчеркнув слово «Российской» в своей резолюции от 8 октября (это было связано с требованием японских властей ограничить деятельность Миссии окормлением русских эмигрантов, и Владыка пытался избежать противодействия японцам и сохранять ее правовой статус). [3, с. 58] 23 ноября того же года митрополит возвел отца Поликарпа в сан архимандрита. Однако митр. Сергий еще около трех лет продолжал фактически возглавлять Корейскую Миссию, последнее письмо с указаниями архимандриту Поликарпу было послано 19 октября 1944 г. [8, л. 175] В дальнейшем японские власти сделали эту связь невозможной.