В 1789 г. христиане-корейцы решили создать у себя церковную иерархию и с этой целью обратились к католическому епископу, жившему в Пекине, с просьбой прислать им священников, присутствие которых в Корее было необходимо для жизни христианских общин. Но только через два года католический епископ в Китае смог отправить к христианам-корейцам молодого китайского священника Якова Цию. После долгих странствий и разных затруднений на корейской границе Цию лишь в начале 1795 г. удалось добраться до Сеула. Появление первого христианского священника в Корее было встречено христианами с радостью, но оно же послужило причиной новых гонений на корейских христиан. Главное обвинение, возводившееся на них, заключалось в том, что они якобы формируют тайное общество, разрушающее своим учением все основы государства, не признающее ни религии, ни обычаев предков.
Особенно тяжелым для корейских христиан был 1801 г. В это время в большинстве христианских семейств оставались в живых только престарелые женщины и дети, но и те подвергались различным гонениям. Миссионеры были вынуждены скрываться. Церковные службы совершались ночью, вполголоса, в бедной обстановке, причем нередко грубая скамейка с самодельным деревянным крестом над ней служила престолом, а убогая хижина – храмом.
С 1802 г. корейские христиане пользовались относительным спокойствием и, за исключением единичных случаев казней (в 1804 – 1805 гг.), массового преследования против них уже не осуществлялось. Число верующих опять стало постепенно возрастать, и за короткое время в Корее вновь образовались христианские общины.
В 1831 г. корейская церковная иерархия получила свое окончательное устройство. В этом году папа римский Григорий XVI учредил в Сеуле корейское апостольское викариатство, назначив первым корейским викарием епископа Брюгера, проповедовавшего в то время в Сиаме (Таиланд). Папой были посланы в Корею католические миссионеры. Но первому корейскому епископу не удалось проникнуть в Сеул. После трехлетних странствований, ожидания и различных лишений епископ Брюгер скончался в 1834 г. в Маньчжурии, на границе с Кореей, почти накануне своего вступления в эту страну. На его место был назначен епископ Имбер, прибывший в Корею лишь в 1837 г.
С 1840-х годов гонения на корейских христиан возобновились с новой силой и особенно были жестокими в конце 1860-х годов. В 1866 г. была совершена казнь епископа Девелуи и многих миссионеров. Что касается простых христиан, то их больше не судили, как прежде, а по одному только доносу бросали в тюрьмы, где многие умирали от болезней и голодной смерти. С этого времени и вплоть до 1870 г. мученической смерти было предано свыше 12 тысяч корейцев-христиан. Немало также их погибло за это время от голода и лишений.
В 1875 году Япония втянула Корею в серию вооруженных конфликтов. А в 1876 г. вынудила ее подписать договор, по которому признавала Корею независимым, т. е. свободным от китайской опеки государством. Это дало Японии доступ в корейские порты и право прохода через ее территориальные воды. Японское вмешательство положило конец изоляции Кореи: в последующие годы была заключена целая серия договоров с западными державами (в 1882 г. с США, в 1883 г. с Великобританией, в 1884 г. с Россией, в 1886 г. с Францией).
С этого времени иностранные миссионеры получили право проповедовать свою веру, что говорило о признании в Корее свободы вероисповедания. На полуострове появились протестанты, которые не только приобщали корейцев к своей вере, но и строили школы и больницы. Они привнесли достижения западной науки и цивилизации во многие области корейской жизни, начиная от гигиены и сельского хозяйства и заканчивая электрификацией. В Корее начался процесс модернизации, поощряемый королем Коджоном, пришедшим на смену регенту Тэвонгуну.
Для корейских христиан наступило более спокойное время. Правители постепенно прониклись веротерпимостью ко всем существовавшим в стране религиям. К концу XIX-го века уже насчитывалось более 30 тысяч корейцев-католиков; в Сеуле было воздвигнуто два больших собора. Католические миссионеры устраивали здесь школы, семинарии, больницы.
Своеобразной реакцией на христианское влияние Запада стало новое религиозное учение, зародившееся в Корее в начале 1860-х гг. Оно получило название «тон-хак» («восточное учение»); его создателем был кореец Чхве Чжеу (Чху Чже У, 1824–1864). «Восточное учение» стремилось эклектически сочетать издавна существовавший в Корее культ поклонения небу, различные мистические пророчества с основными элементами трех восточных религий: конфуцианства, буддизма и даосизма. Как показывает само название, движение тон-хак противопоставлялось христианству («западному учению») и, казалось, отрицало его, но в действительности испытало на себе его влияние.