Но на первых порах в деятельности миссии встретились большие трудности. Дело в том, что в эти годы русское влияние в Корее стало уменьшаться, уступая место японскому. И в то время, как члены миссии приближались к месту своего служения, в Корее произошел ряд политических событий, неблагоприятных для России. В силу этих обстоятельств русские подданные, жившие в Корее, стали уезжать из этой страны. Финансовый советник, дирекция и служащие русско-корейского банка также покинули Сеул. По предложению российского поверенного в делах в Корее, члены Русской Духовной миссии должны были на время поселиться в Уссурийском крае, в ожидании более благоприятных обстоятельств.
Архимандрит Амвросий поселился на некоторое время в г. Новокиевске, но вскоре был отозван в европейскую часть России, где получил новое назначение. Псаломщик Красин временно поступил на государственную службу, и только иеродиакон Николай продолжал терпеливо ждать перемены к лучшему. Наконец в начале 1899 г. корейское правительство разрешило иеродиакону Николаю обосноваться в Сеуле. Прибыв в столицу Кореи, о. Николай устроился при Русской дипломатической миссии и, в ожидании приезда из России своих будущих соработников, стал присматриваться к корейцам и наставлять их истинам православной веры.
Указом Святейшего Синода от 7 сентября 1899 г. начальником Русской Духовной миссии был назначен архимандрит Хрисанф (Щетковский), выпускник Казанской Духовной академии, в течение пяти лет трудившийся миссионером среди донских калмыков. Вот что сообщалось в церковной печати по поводу его нового назначения: «14 сентября (1899 г.) в день Воздвижения Честного и Животворящего Креста, за литургией в соборе Александро-Невской лавры, Высокопреосвященнейшим Антонием, митрополитом Санкт-Петербургским, посвящен в сан архимандрита вновь назначенный начальник Корейской миссии о. иеромонах Хрисанф. Отец архимандрит Хрисанф, в миру Христофор Петрович Щетковский, уроженец Донской епархии, 31 года от роду. Первоначальное и среднее образование получил в Донском духовном училище и семинарии, по окончании курса которой в 1890 году, был определен священником походной церкви станицы Великокняжеской (для калмыцких степей). Овдовев, он поступил в число студентов Казанской Духовной академии в 1895 году, по окончании которой в настоящем году и получил назначение начальника Корейской миссии. В непродолжительном времени, через Одессу, о. архимандрит выезжает к месту своего служения».
Отец Хрисанф подыскал себе помощника на должность псаломщика – это был миссионер Иона Левченко, как и его начальник, трудившийся среди донских калмыков. В декабре 1899 г. оба миссионера выехали из России в Корею. К этому времени в Сеуле находился не только иеродиакон Николай, но и вернувшийся в состав миссии А. Красин. В ожидании приезда начальника миссии они занялись подготовкой к катехизаторской службе: изучали корейский язык, знакомились с корейцами. В одной из комнат дома российского посланника был установлен иконостас; по воскресным и праздничным дням они устраивали молитвенные собрания, на которых под управлением А. Красина пел хор из крещеных корейцев и казаков местной охраны.
12 февраля 1900 г. архимандрит Хрисанф и псаломщик Иона прибыли в Сеул. Собственного помещения новая миссия еще не имела, и русский посланник в Сеуле А. И Павлов предоставил в ее распоряжение здание бывшего русско-корейского банка. О цели прибытия миссии было напечатано во многих корейских газетах.
Русская колония радостно встретила приехавших миссионеров. На следующий день, в присутствии всех русских, во главе с посланником Александром Ивановичем Павловым, и некоторых крещеных корейцев, был совершен благодарственный молебен. Сообщение об этом было опубликовано в русской церковной печати. В корреспонденции из Сеула сообщалось: «Прибывший архимандрит новой церкви при миссии после молебствия сказал членам миссии и всем русским в Сеуле приветствие: «… Мы, православные русские, привыкли, где соберемся, там первым делом позаботиться о храме Божием. Благодаря стараниям нашего поверенного в делах, церковь устроена…» Потом архимандрит вынес крест и провозгласил: «Этот крест нам особенно дорог потому, что подарен отцом Иоанном Кронштадтским, который обещал молиться за нас».
17 февраля состоялось освящение домовой церкви и совершена Божественная литургия. Так в 1900 году было положено основание Русской Духовной миссии в Корее. С этого времени архимандрит Хрисанф стал периодически совершать литургию в домовой церкви русского консульства в Чонг Донге.