Оказывая особенную любовь и заботливость к преп. Анатолию, старец Макарий суровою тропою иноческого подвига вел его, и тому немало пришлось перенести скорбей и тягостей пустынного жития. Во всякой доле есть свои скорби, есть они и в иноческой жизни, и мудрый наставник не отнимал этих скорбей от усердного ученика, напротив, он обогащал его ими. Делалось же это с благой целью, чтобы создать в нем доброе иноческое устроение и закалить его на будущее время. В монастыре преп. Анатолию пришлось в первые годы очень скорбно. Скит особенно строг по уставу жизни иноческой. К этому суровому строю самой жизни прибавилась другая тягота. Первым послушанием его была кухня, где ему, после непривычных трудов тяжелых, и спать-то приходилось мало, да и то прямо на дровах. Его часто затем переводили из кельи в келью. Он был очень аккуратный и любил чистоту. Куда его назначат жить, он, как только перейдет, вымоет, вычистит свою келью, начнет жить, ходить на ежедневное откровение помыслов, читать аскетические книги, его опять переводят в другую келью. Чуть там устроится — опять в новую; опять чистка, опять мытье, опять и уход. Он же, ничего не возражая, брал свои пожитки: иконочки, войлок, бумагу и чернила — и шел, куда велят.
Однажды приехал в Оптину преосвященный Игнатий (Брянчанинов). Он пожелал видеть и беседовать с тем из иноков, кто опытно проходит святоотеческое учение о молитве Иисусовой. Ему указали на преп. Анатолия. Епископ долго беседовал с ним. Беседа эта очень ему понравилась. Прощаясь с преп. Анатолием, преосвященный не мог не выразить своего удивления и говорил, что рад был встретить такого образованного инока: и опытного в духовных предметах, и знакомого со светскими науками.
Возвращаясь к себе после беседы с епископом Игнатием (а пошел к нему только после двукратного приглашения, и то по приказанию старцев), преп. Анатолий встретился со старцем Макарием, который шел к скиту, окруженный инокинями и другими лицами. Старец спросил преподобного: «Ну, что тебе сказал преосвященный?». Преп. Анатолий в простоте все передал ему. Тогда преп. Макарий стал его при всех бить палкой и говорить: «Ах ты, негодяй, вообразил о себе, что он такой хороший! Ведь преосвященный — аристократ, на комплиментах вырос, он из любезности и сказал тебе так, а ты и уши развесил, думая, что это правда!». Со стыдом пошел потом к себе инок. А старец Макарий, как только преп. Анатолий отошел от него, сказал бывшим с ним: «Ведь как вот не пробрать? Он монах внимательный, умный, образованный, и вот — уважаемый такими людьми. Долго ли загордиться». В это время преп. Анатолий был уже иеродиаконом.
Когда умер старец Макарий, преп. Анатолий и преп. Амвросий особенно сблизились между собой, потеряв любимого ими обоими старца и руководителя. Старец Амвросий, увидев, что преп. Анатолий стал уже достигать меры высокого духовного устроения и созрел, чтобы наставлять других, постепенно стал вводить его в свой старческий труд, делая своим сотрудником, подобно тому, как его вел в свое время о. Макарий.
В 1870 году преп. Анатолий был посвящен в иеромонахи. В следующем году он был назначен указом Синода от 3 августа 1871 года настоятелем Спасо- Орловского монастыря, Вятской губернии, с возведением в сан архимандрита, но, ради трудов старчества и послушания старцу Амвросию, преп. Анатолий отказался от служебной карьеры.
Почивший старец о. Макарий иногда называл преп. Анатолия «высочайшим», с одной стороны, обращая как бы внимание на его высокий рост, с другой же, — указывая на высоту его духовного устроения. Ввиду-то этого устроения преп. Амвросий скоро и выпросил преп. Анатолия себе сначала в помощники, потом в благочинные, наконец, — в скитоначальника Благочинным преп. Анатолий был назначен вскоре после посвящения в иеромонахи. В помощники себе преп. Амвросий преп. Анатолия выпросил у преосвященного архиепископа Григория в один из его приездов в Оптину, а назначение скитоначальником состоялось 13 февраля 1874 года, после смерти преп. Илариона; по желанию преп. Амвросия, его представил к утверждению в этой должности о. архимандрит. Преп. Анатолий все эти назначения принимал из послушания своему старцу и нес их смиренно и трудолюбиво. Сам он впоследствии рассказывал, что про его назначение благочинным многие и не знали долгое время. Однажды он увидал, что братия делают что-то неладное. Преп. Анатолий сделал выговор, ему же в ответ вопрос: «А вам какое дело?», — и очень смутились, когда кто-то подошедший сказал им, что это благочинный. Те стали просить прощения, просили, чтобы не говорил архимандриту. Преп. Анатолий отцу архимандриту не сказал, да и вообще он, прежде чем доложить начальнику что-либо из проступков братий, спрашивал совета у преп. Амвросия; он не любил выставляться, не требовал себе почета.