К старцу же Амвросию и после того, как он был сделан скитоначальником, продолжал относиться с прежним почтением и, в частности, как и прочие, когда бывал у старца, становился на колени. Однажды старец Амвросий побеседовал с ним, стоявшим на коленях, позвал туда же одну особу и, показывая на преп. Анатолия, сказал: «Рекомендую: мой начальник», преподав этим поучительный урок смирения.
По должности духовника, скитоначальника, преп. Анатолий был великим и самоотверженным тружеником, и в этих должностях был поистине достойным преемником своих присноблаженных предшественников. Ничто не ускользало от его взора, и он ревностно заботился как о духовном преуспеянии братии, так и покоил их, устраивая получше их жизнь с ее несложными и строгими порядками скитской жизни.
Когда же к преп. Амвросию обращались с просьбами по делам скита, то он всегда отсылал их к своему начальнику, как называл он преп. Анатолия. Преп. Анатолий своих духовных детей по всем важным делам за советом направлял к старцу Амвросию, но старец Амвросий при таких случаях всегда спрашивал: «А что сказал Анатолий?». И когда узнавал, что тот не советовал так делать, как просили, и сам не давал своего благословения.
Наступило время основания Шамординской обители. Преп. Амвросий, прикованный болезненным состоянием к одру и к своей келье, особенно стал нуждаться в своем помощнике — преп. Анатолий, который и стал ему самым верным и преданным сотрудником. Его труды охватывали все стороны жизни обители и ее насельниц.
Когда в Шамордине была устроена церковь, то старец Анатолий сам учил сестер уставу Богослужения и привез «Типикон». Когда же храм был уже освящен, то он две недели жил и служил, приучая сестер к порядкам службы, учил их петь. Ежедневно он присутствовал при каждой службе, сам же учил сестер совершать пятисотницу3 и, стоя на правом клиросе, наблюдал за ее совершением.
Игуменья Шамординской Пустыни мать София о старце Анатолии всегда отзывалась с глубоким почтением. Она не раз говаривала, что хороший монах ничем не отличается в приемах обращения от самого благовоспитанного аристократа. Но разница между ними есть, и большая: аристократ держит себя с тактом из приличия, а примерный монах — из убеждения и любви к ближним. И как на образец для подражания указывала в этом случае на преп. Анатолия.
Преп. Амвросия она называла великим, а преп. Анатолия большим, и еще «нашим апостолом».
К преп. Амвросию инокини обращались как к старцу, а к преп. Анатолию — как к отцу, который входил всегда во все их нужды и редко кому при встрече не задавал вопроса: «А у тебя все есть?». Старец Амвросий не раз говаривал Шамординским насельницам: «Я редко вас беру к себе не беседу потому, что я за вас спокоен: вы с о. Анатолием».
Преподобный имел характер необыкновенно добрый, был очень милостив. Двадцать один год служил старец своим чадам — насельницам юной обители. Он же, верный сподвижник великого старца — основателя обители, весь был предан святому делу водительства душ ко спасению, и на это дело положил все силы свои.
Видя изнеможение и близость смерти игумении Софии, преп. Анатолий в успокоение сестер указывал на то, что если Господь ее возьмет, то, значит, она созрела для вечности, ибо Господь, когда человек созреет для блаженной доли, не медлит ни минуты взять его к Себе, как бы он ни был нужен здесь. И в пример указывал на св. Василия Великого, которого Господь, несмотря на нужду для Церкви, взял очень молодым, всего сорока девяти лет.
По благословению преп. Амвросия к старцу Анатолию обращались монашествующие сестры, подвизавшиеся в целом ряде епархий: Калужской, Московской, Смоленской, Тульской, Орловской, Курской и, может быть, других.
Сам пламенный молитвенник, делатель молитвы Иисусовой, преп. Анатолий всегда внушал сестрам непрестанно творить эту молитву и при этом напоминал им о необходимости соблюдать чистоту сердца.
Ни смирения, ни терпения нельзя достигнуть без молитвенного обращения к Богу. Молитву Иисусову он почитал главным средством ко спасению.
Во дни говения, поучал старец Анатолий, особенно прилежно нужно читать эту молитву, а в обедню, когда приобщаешься, смотреть за собой, ни с кем не говорить и никуда не обращать своих помыслов. «Лучше всего, — писал он, — вырисовывать на мягком юном сердце сладчайшее имя — светозарную молитву: Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя, грешную. Вот тогда-то будет верх радостей, безконечное веселие! Тогда, т.е. когда утвердится в сердце Иисус, не захочешь ни Рима, ни Иерусалима. Ибо Сам Царь, со всепетою Своею Матерью и всеми ангелами и святыми, придут к тебе и будут жить у тебя. Аз и Отец к нему приидема и обитель у него сотворима».