Вполне отрекшись от мира и всех его прелестей, преп. Исаакий относился к наградам и повышениям совершенно равнодушно, и даже иногда уклонялся от них. Так, когда в начале семидесятых годов ему предложили сан архимандрита, он, по своему смирению, отказался от него, и потому, вместо архимандритства, был награжден палицей 9 июня 1872 года.
В 1885 году преп. Исаакий был представлен и возведен в сан архимандрита уже без предварительного его согласия. В свое время он получал и ордена: св. Анны 3-й и 2-й степени и св. Владимира 4-й и 3-й степеней. Последняя награда была пожалована ему за несколько месяцев до его блаженной кончины.
31 мая 1890 года скончался неутомимый сотрудник преп. Исаакия, казначей обители иеромонах Флавиан, помогавший ему в управлении монастырем почти все время его настоятельства, и с тех пор престарелому настоятелю пришлось испытать много разных скорбей. Думая видеть достойного преемника почившему о. казначею и деятельного себе помощника в лице своего письмоводителя, иеромонаха о. Макария, преп. Исаакий желал поручить ему казначейскую должность, но братство избрало другого, чему не мог противоречить и старец Амвросий. Это было первым поводом к огорчению для престарелого начальника. Затем сильно подействовал на него отъезд старца Амвросия в Шамординскую общину. К этим скорбям преп. Исаакия присоединялись и еще следующие: по удалении старца из Оптиной, доходы ее тотчас же стали сокращаться, так что настоятель по необходимости стал входить в долги, которых к концу его жизни накопилось уже тысяч до десяти. В разговорах с некоторыми преп. Исаакий высказывался так: «Двадцать девять лет провел я настоятелем при старце, и скорбей не видал, теперь же, должно быть, угодно Господу посетить меня, грешного, скорбями».
Здоровье его начало понемногу надламываться. Он пожелал келейно принять пострижение в схиму, которое и совершил над ним братский духовник, скитоначальник преп. Анатолий.
Вскоре затем на преп. Исаакия последовали тайные доносы, что будто бы он, по преклонности лет, не способен управлять монастырем. Введенный этими доносами в заблуждение, преосвященный Виталий распорядился, чтобы составлен был собор из семи старших иеромонахов, который разделял бы с преп. Исаакием бремя правления. Огорченный таким недоверием владыки, преподобный хотел было совсем оставить начальство, и только усиленные просьбы братии удержали его от этого намерения. Собор этот в скором времени был упразднен. Следствие же, произведенное благочинным монастырей, настоятелем Тихоновой Пустыни архимандритом Моисеем, показало единодушное признание всего братства, что настоятель их, преп. Исаакий, всегда был и есть примерного поведения и к управлению монастырем способен. Почему преосвященный Виталий снова стал оказывать свое благоволение преподобному.
Искушаемый столь тяжкими скорбями, твердый подвижник, благодушным терпением их приготовлялся в последние годы к переселению в вечность, и лишь за год до кончины, вполне успокоенный, в мире доживал дни своего земного странствования.
В июне 1894 года началась у него предсмертная болезнь — дизентерия.
Утешение его составляли молитва и св. иконы, которые по временам приносили к нему из Козельска и из своей обители. Он был покоен духом, впрочем, готовился к исходу из сей жизни не без страха, который был постоянным спутником его жизни. «Страшно умирать. Как явлюсь пред лицом Божиим и на Страшный суд Его, а сего не минуешь», — говаривал он всегда. За месяц до кончины он передал управление монастырем отцу казначею.
Стекались для прощания с ним как братия, так и посторонние посетители. Последнее его наставление ко всем вообще братиям, из которых многие спрашивали его: «Как, батюшка, жить после вас?», — было следующее: «Живите по совести и просите помощи у Царицы Небесной, и все будет хорошо». Многие из прощавшихся с ним плакали.
20 августа с преп. Исаакием случился удар и с этих пор он уже не мог говорить. К вечеру 22 августа дыхание его сделалось реже, а в восемь часов вечера он мирно почил о Господе, в глубокой старости, восьмидесяти пяти лет от роду.
ЧУДЕСА
Чудесное избавление от гибели