Глубоко сознавал тяжкую ответственность настоятеля пред судом Божиим за каждого брата, оставленного им без вразумления. Если в ком-либо замечалось ослабление усердия к иноческим подвигам, преп. Исаакий призывал его к себе, напоминал ему обязанность инока и цель, с которой каждый оставляет мирскую жизнь, а равно обеты, данные им при пострижении, и возбуждал в нем усердие к дальнейшему прохождению принятого на себя подвига.
Особенное внимание обращал преп. Исаакий на неопустительное посещение братиями храма Божия. Еще живя в скиту, в разговорах с насельниками, тех, кои без нужды выходили из храма не дождавшись окончания службы, он уподоблял предателю Иуде.
Возгревая же ревность братии к общественной молитве, преп. Исаакий говорил: «За это вас Царица Небесная не оставит и пошлет Свою милость», причем собственным исправным посещением церковных служб сам первый подавал всем добрый пример.
За неопустительным соблюдением церковного устава, а равно за благоговейным отправлением служб церковных, неспешным чтением и чинным стоянием братий в храме преп. Исаакий наблюдал и сам непосредственно, и чрез уставщика и благочинного. Считая праздность матерью пороков, он ревностных поощрял, а ленивым угрожал праведным судом Божиим. «Бог накажет за леность», — говорил он, возбуждая их усердие. Если кто-либо изъявлял свое неудовольствие тяжестью или неудобством порученного ему послушания и роптал на монастырские порядки, преп. Исаакий обыкновенно отвечал: «Брат! Возьми мои ключи и начальствуй, а я пойду исполнять твое послушание», — и таким образом усовещивал и вразумлял непокорного. Вообще преподобный требовал от братии безпрекословного повиновения воле начальства, считая послушание высшею добродетелью инока.
Стяжав долгим навыком благодатное смирение и считая это необходимым для спасения, преп. Исаакий не благоволил к тем из братий, в ком замечал гордость или тщеславие: желание выказать свои таланты пред ним или пред братией.
Особенно преследовал преп. Исаакий дерзость и упрямство, причем, если брат после старческих внушений и наложенного на него наказания не исправлялся, то он высылал его из обители.
Заботясь о нравственном преуспеянии братства, преподобный Исаакий не любил отпускать кого-либо из стен обители даже на богомолье, особенно на долгий срок.
Обращая, таким образом, главное внимание на внутреннюю жизнь инока, преп. Исаакий требовал исполнения и наружного благочиния.
Излишнего винопития терпеть не мог.
Не любя свободного обращения братии с мирянами, а равно празднословных бесед, он строго воспрещал, особенно молодым послушникам, ходить без нужды в гостиницу, принимать по кельям мирских посетителей.
Для лучшего наблюдения за поведением братии, преп. Исаакий посещал иногда кельи, преследуя при этом всякое излишество. Так раз, войдя к одному монаху и увидев постланный у его кровати половик из серого сукна, он сказал: «Это излишество, достаточно постлать рядно».
Простота обращения преп. Исаакия с братиями была поразительна. Вне начальственных отношений он считал всех как бы равными себе; не стеснялся сажать своих монахов рядом с собою пить чай или беседовать. Если во время своих неоднократных поездок на монастырские дачи встречал там кого-либо из иноков, приехавших туда же по делу, иногда с ними шутил. «Что, разве со мною конфузно?», — бывало, скажет он монаху, если тот из почтения к настоятелю хочет удалиться в отдельное помещение. Отличаясь же в отношении к братии простотой и смирением, преп. Исаакий нередко выказывал нежную отеческую заботливость.
Впрочем, особенной любви к кому-либо старался не выказывать, дабы не возбудить зависти в других, а отличаемого брата не привести в гордость. Оценивая столь мудрое и любвеобильное отношение к себе старца-настоятеля, братия, в свою очередь, питала к нему нелицемерную любовь и уважение как к строгому начальнику и любвеобильному отцу, называя его в домашних беседах не иначе как «дедушкой». Веря в благодатную силу молитв своего «дедушки», некоторые иноки случавшийся благополучный исход из тесных обстоятельств приписывали ей. Так, один монах, будучи в опасности погибнуть при переправе через реку осенью, когда лед был еще не крепок, призвав на помощь молитвы своего «дедушки», избавился от опасности. Многие признавали силу действенности его слова, по которой иноки, входя к нему часто очень расстроенными, выходили вполне покойными, забыв все свои скорби. «Какие у нас скорби? — говорил при этом преп. Исаакий, — у нас не скорби, а скорбишки. Вот в миру так скорби: жена, дети, обо всем забота, а у нас что? Полно Бога гневать, надо только благодарить Его — живем на всем готовом».