Со своей стороны маркграфиню весьма огорчил тот факт, что свекровь её дочери сохранила за собой все преимущества царствующей императрицы. Даже заведование благотворительными и просветительными учреждениями целиком осталось за ней. Матери баденской наследной принцессы так хотелось, чтобы её дочь имела возможность проявлять активную деятельность и распространять щедроты и благодеяния, как это и подобает жене монарха.
В начале сентября Елизавете Алексеевне пришлось расстаться с родственниками. Она должна была ехать в Москву на коронацию, а родители с двумя детьми (старшая сестра осталась с Елизаветой, чтобы сопровождать её в Москву) отправились в Швецию навестить свою дочь Фридерику, шведскую королеву.
Торжественный въезд в Москву великого князя Александра с супругой состоялся 8 сентября 1801 года. На всём шествии процессии по обеим сторонам были выстроены пешие гвардейцы, а вдоль домов устроены возвышенные места для зрителей.
Погода была великолепная. Император ехал верхом на коне, сзади следовала свита. Императрица находилась в карете, запряжённой восьмёркой лошадей; каждую лошадь вёл под уздцы придворный конюх. В такой же карете с короной на империале ехала императрица-мать. Далее следовали члены императорской фамилии. Александр с супругой вошли в собор, над их головами шестнадцать генералов несли роскошный балдахин. Император и императрица поклонились святыням и заняли места на тронах. Успенский собор был освещён тысячью свечей. После прочтения молитвы государь взял из рук митрополита корону, которой сорок лет назад венчалась на царство его бабушка Екатерина, и возложил её себе на голову. По его знаку к нему приблизилась императрица. Он велел поднести малую корону и собственноручно возложил её на голову своей супруги, баденской принцессы. Все присутствующие поздравили новокоронованную чету троекратным поклоном. С кремлёвских стен послышалась пальба из орудий. Началась Божественная литургия. По её завершении государь и государыня по разостланному от трона до алтаря красному с золотом ковру последовали к Царским вратам. Здесь состоялось миропомазание на царство. Весь ритуал помазания святым миром сопровождался колокольным звоном.
Императрица Мария Фёдоровна и другие члены императорской фамилии первыми поздравили новокоронованных и пожелали им счастья. В тот же день в Грановитой палате дворца состоялся парадный обед, на котором, помимо членов императорской фамилии, присутствовали иностранные послы, высшее духовенство, многие придворные, а также представители высшей светской и военной власти.
Больше месяца продолжались празднества в Москве. Нескончаемые церемонии, торжественные богослужения, приёмы, балы были утомительны, но такова уж русская традиция — венчание на царство превращать в общий большой праздник. Но тут из Швеции пришла страшная весть: скончался отец венценосной императрицы, наследный принц Баденский Карл Людвиг. Он погиб от несчастного случая: повозка, в которой он ехал, сильно накренилась, и при падении он получил серьёзную травму головы.
Можно представить то огромное горе, которое пришлось пережить Елизавете. Зиму она вместе с супругом провела в Петербурге в Зимнем дворце и, будучи в трауре, мало выезжала в свет. Кроме обычных церемоний в праздничные дни их величества вели самый скромный образ жизни. Государь почти ежедневно совершал утреннюю прогулку верхом или пешком по улицам столицы в сопровождении одного из генерал-адъютантов. Елизавета Алексеевна ездила в экипаже с фрейлиной Шаховской или прогуливалась с ней же пешком по набережной Невы и в Летнем саду.
