После полного изгнания язычества ситуация оказалась плачевной. Изначально с греческими текстами Аристотеля и Платона работали в основном еретики — несториане и монофизиты, — тесно сотрудничающие с местными философскими школами. Теперь же оказались запрещены и те и другие. Фактически в Империи шла борьба различных богословских группировок, во многом отражающая стремление отдельных регионов к культурной и экономической автономии от Константинополя. На определенный период победу одержала центральная власть, хотя все попытки силой посадить на церковные кафедры ортодоксальных (лояльных императору) патриархов приводили лишь к бунтам или возникновению обширных подпольных религиозных групп.
Противоречия так и не удалось решить в рамках единой конфессии, поэтому восточные и африканские регионы Византии в итоге выберут путь полного отпадения от Империи — путь ислама. Но это произойдет чуть позже, а пока изгнанные из Афин языческие философы вместе с покинувшими Эдессу сирийцами-несторианами осели в Персии, где Хосров I активно покровительствовал наукам и искусствам. Сасанидский император был большим поклонником эллинской учености и даже знал греческий язык. По его указанию многие труды по философии, математике, астрономии, медицине и ремёслам были переведены с греческого и сирийского на пехлеви (позже их переведут с пехлеви уже на арабский). Некоторые философы так и не смогли принять персидских порядков и вернулись обратно в Византию, однако зороастриец Хосров включил в мирный договор с Константинополем отдельное требование о безопасности этих людей. Тем не менее, многим грекам и сирийцам было некуда возвращаться, поэтому они продолжили работать под сасанидским покровительством.
Позже, к VIII веку византийцам все же потребовалось сформировать логичную и стройную систему для рационального изложения ортодоксального христианского мировоззрения. Эта задача возникла как из-за непрекращающихся внутренних религиозных конфликтов в Империи (которые всегда были неотделимы от политических), так во многом из-за необходимости противостоять исламской теологии. Вновь оказался востребован Аристотелизм (в полной мере использовавшийся магометанами), и его влияние в Византии несколько возросло, но выйти из тени неоплатонизма он так не смог. До самого конца Аристотеля толковали по Порфирию (а иногда даже по Боэцию) и воспринимали как автора, служащего лишь для введения в глубины учения Платона. Такж полагалось, что их взгляды вполне соотносятся с христианскими догматами. Западу этот путь еще только лишь предстоял.
Рассвет Римской Империи знаменовал начало ее неизбежного упадка. Еще задолго до начала кризиса общество становилось все более аграрным, число мелких и средних хозяйств сокращалось, а у крупных землевладельцев имелись и желание, и силы, чтобы отстаивать свою независимость от центральной власти. Эти тенденции лишь усилились, когда в результате непрекращающихся конфликтов многие города оказались разграблены и разрушены, торговля расстроилась, а ремесла пришли в упадок. Экономический крах и варварские нашествия завершили падение Западной части Империи, но для ее Восточной половины последствия оказались не столь печальными. Отбросив погибающие европейские провинции, она достаточно быстро восстановила свой военный и торговый престиж. Правда для этого потребовалось полностью поменять культурную среду, объединив в одной религии одновременно и воззрения на божественность единого монарха, и многие популярные античные традиции.
Со времен Юстиниана могущество Византии держалось на контроле плодородных земель и торговом посредничестве между Востоком и Западом, однако процветание Империи продлилось недолго. Сперва Хосров I отвоевал у нее часть восточных владений, а затем последователи пророка захватили Сирию, Египет и Северную Африку. Еще позже итальянские и французские торговые города отобрали у византийцев и контроль над морем, после чего падение бессильного Константинополя под натиском мусульман стало неминуемым.
