Человек умеренных взглядов, Каподистрия при этом был решительным противником «австрийской системы» вооруженной контрреволюции, к которой с 1820 года все более склонялся Александр I. Свое несогласие с политикой царя Каподистрия смело высказывал на конгрессах Священного союза. Никогда не перечивший царям Нессельроде злорадно сообщал жене из Лайбаха: «Доверие к „восьмому мудрецу“ значительно уменьшилось, и расположение к нему уже не прежнее… Каподистрия сам вызвал перемену настойчивостью и неосторожностью, с которыми он выражал мнения, по совести, ошибочные».
Революционные события в Испании и в Италии, начавшееся восстание греков против турецкого господства занимали, конечно, не только дипломатов. Известно, что Пушкин мечтал отправиться в Грецию и, подобно Байрону, сражаться за свободу эллинов. «Уведомляю тебя о происшествиях, которые будут иметь следствия, важные не только для нашего края, но и для всей Европы, — писал Пушкин одному из друзей в начале 1821 года. — Греция восстала и провозгласила свою свободу… Важный вопрос: что станет делать Россия… Перейдем ли мы за Дунай союзниками греков и врагами их врагов?»
Отношение к греческому восстанию на некоторое время стало центральной проблемой русской внешней политики. Именно греческие дела окончательно развели царя и графа Каподистрию. Надо сказать, что Каподистрия пытался удержать соотечественников от восстания, опасаясь неудачи. Но когда восстание все-таки началось, он счел, что Александр I обязан выступить в защиту греков. Царь, однако, не склонен был поддерживать бунтовщиков — даже когда речь шла об освобождении единоверцев от чужеземного господства. Весною 1822 года отставка Каподистрии была решена. Несколько лет граф провел в Италии. В 1827 году, в разгар войны за независимость, его избрали первым президентом Греческой республики…
А во главе российского иностранного ведомства остался один Нессельроде. При Николае I ведомство иностранных дел было реорганизовано. Нессельроде стал именоваться вице-канцлером. Оставался он в этом звании до 1856 года.
Вице-канцлер, управлявший министерством, имел собственную канцелярию: при нем состояли три советника и пять «чиновников особых поручений». Текущие дела вели четыре департамента. Департамент внешних сношений имел три экспедиции и литографию для изготовления дипломов и грамот. Азиатский департамент включал в себя два отделения и семь драгоманов (переводчиков). В его ведении находились Оренбургская и Троицкосавская (в городе Кяхте, на границе с Китаем) пограничные комиссии. Департамент хозяйственных и счетных дел подразделен был на два отделения. Департамент церемониальных дел состоял из обер-церемониймейстера и семи церемониймейстеров.
В ведении министерства находились также архивы: Государственный, Главный Санкт-Петербургский и Главный Московский.
Министерство должно было следить за «торговыми и прочими делами» русских подданных в других странах, наблюдать за «азиатцами» в империи, хранить государственные акты, конвенции, трактаты и все договоры, заключенные с другими державами. Но главной его задачей было, разумеется, проведение внешней политики посредством постоянных дипломатических сношений с иностранными правительствами — и через русские заграничные миссии, и через иностранные представительства в Петербурге.
Уже в начале XIX века Петербург получал регулярные дипломатические донесения из Европы, Азии и Америки. Конечно, самые тесные связи существовали у Петербурга с европейскими правительствами. Но интересы России пересекались также с интересами Турции, Персии, Китая. С первыми двумя странами Россия в начале XIX века неоднократно воевала, а потом вела дипломатические переговоры и заключала соглашения. В Тегеране и Стамбуле Россия имела своих послов. Время от времени русское правительство посылало миссии в китайскую столицу.
Известно, что в 1829 году Пушкин безуспешно просил Николая I причислить его к русскому посольству, отправлявшемуся в Китай. С этой миссией в Пекин направлялись знакомые Пушкина — известный востоковед-синолог Н. Я. Бичурин (в монашестве отец Иакинф) и дипломат, ученый-изобретатель П. Л. Шиллинг.