Было совершенно очевидно, что лидеры коммунистов вернулись в джунгли. В 1948 году они начали вооруженную борьбу, убивая плантаторов-малайцев и англичан. Колониальные власти объявили чрезвычайное положение и начали военные действия против партизан. Поначалу война велась не слишком успешно, ибо среди китайского населения имелось множество сочувствовавших коммунистам и их активных сторонников. Чтобы прекратить снабжение партизан продовольствием и деньгами, пришлось ввести комендантский час и переселить китайских фермеров, незаконно занимавшихся сельским хозяйством на участках, прилегавших к джунглям, в так называемые укрепленные "новые деревни". ("New Villages")
Принимая решение работать совместно с МКА и предоставить гражданство китайцам, ОМНО пыталась изолировать коммунистов от большинства китайского населения. Эта стратегия оказалась успешной, потому что большинство китайцев оценило великодушие, проявленное ОМНО в вопросе о предоставлении им гражданства и поддержало борьбу с коммунистами и борьбу за независимость. Поэтому первое в истории малайских государств демократически избранное правительство смогло добиться предоставления независимости и объединить малайцев и китайцев в борьбе против коммунистических повстанцев, что, в конце концов, позволило разгромить партизан. Правительство также признавало особое положение малайского большинства, тем не менее, в течение первого десятилетия после провозглашения независимости, после того как малайцы столкнулись с реалиями, эйфория улетучилась. За исключением того, что малайцы сменили англичан в государственной администрации, в их статусе не произошло значительных изменений: по сравнению с китайцами они оставались бедными. Малайские лидеры в тот период пришли к выводу, что пределом мечтаний для малайца была карьера государственного служащего, а для китайца - карьера бизнесмена. Возможно, в большинстве случаев так оно и было, тем не менее, значительное число малайцев стремилось к тому, чтобы разбогатеть, что, как они видели, было возможно в сфере бизнеса, а некоторые китайцы считали, что и у них было право работать в государственной администрации, где после ухода англичан появились вакансии. По мере того как малайцы и китайцы все яснее заявляли о своем желании работать в традиционных сферах влияния друг друга, напряженность в обществе нарастала, а отношения между ОМНО и МКА становились все более напряженными. К примеру, попытки правительства выделить некоторым малайцам лицензии на торговлю сигаретами натолкнулись на фактический бойкот со стороны китайцев.
Малайцы начали повнимательнее присматриваться к распределению национального богатства, и пришли к выводу, что они были обречены жить в бедности до тех пор, пока не обеспечено их активное участие в деловой жизни страны. В то время еще не были известны какие-либо точные цифры и факты относительно распределения национального богатства между расовыми общинами Малайзии, но то, что малайцы не имели своей доли в экономике страны, было ясно любому. В Куала-Лумпуре, практически, не было ни одного малайского магазина, все вывески были написаны китайскими иероглифами, а надписи на малайском языке - отсутствовали.
Как это ни парадоксально, но китайские школы также постепенно исчезали, так как все большее число китайских учеников стремилось учиться в английских школах. Это не особо радовало малайцев, потому что китайских учеников в малайских средних школах не было вообще. Малайцы считали, что следовало заставить китайцев и индусов учиться в малайских средних школах, но правительство не желало насильно насаждать национальный язык. Среди малайской молодежи росло разочарование в правительстве Альянса во главе с ОМНО. Одновременно, китайцы были недовольны МКА, считая, что эта партия делала слишком много уступок малайцам и ОМНО.
В правительстве считали, что экономические и финансовые проблемы были недоступны для понимания малайцев, поэтому с самого начала портфели министра финансов и министра по делам коммерции и промышленности выделялись членам МКА. Эти министры-китайцы едва ли поддерживали стремление малайцев пробиться в сферу бизнеса и промышленности, поэтому малайцам не удавалось добиться серьезного прогресса в этих областях.
