Собственная гипотеза Ницше о происхождении «нечистой совести» основывается на том, что инстинкты-регуляторы человека были сведены к мышлению, к сознанию, которые, с точки зрения философа, есть наиболее жалкий и промахивающийся орган. Теперь все инстинкты, не получающие разрядки вовне, обращаются внутрь, против самого человека: «Вражда, жестокость, радость преследования, нападения, перемены, разрушения - все это повернутое на обладателя самих инстинктов: таково происхождение
С изобретением «нечистой совести», по Ницше, началось страшное заболевание, от которого человечество не оправилось и по сей день, - страдание человека человеком, самим собой, как «следствие насильственного отпарывания от животного прошлого, как бы некоего прыжка... в новые условия существования». Таким образом, «нечистая совесть» вначале была вытесненным, подавленным инстинктом свободы.
Это дало возможность закрепиться морали рабов, так как только нечистая совесть, только воля к самоистязанию служит предпосылкой для ценности неэгоистической, такой как самоотречение, самоотверженность и т.п. Из подавления свободы вырастает страх. Вначале это страх перед прародителями рода, потом в усиленной форме - перед Богом. Чувство задолженности Божеству не переставало расти на протяжении всей истории человечества.
Как отмечал Ницше, восхождение христианского Бога повлекло за собою и максимум страха, и максимум чувства вины на земле. Философ раскрывает комизм христианства, показывая в то же время гений христианства: Сам Бог жертвует Собой во искупление человека, Бог, Сам платящий Самому Себе из любви к Своему должнику. На этой почве родилась воля к самоистязанию - свершился человек нечистой совести. Теперь орудием пытки для него становится мысль, что он виноват перед Богом. Естественные склонности человека породнились с нечистой совестью, а неестественные (все эти устремления к потустороннему, в основе своей «жизневраждебные») стали истинными.
Для того чтобы теперь возродить человека, нужно великое здоровье. Ницше ждет прихода человека-искупителя, человека великой любви и презрения. Этот человек будущего (Заратустра-безбожник, Сверхчеловек) избавит нас от великого отвращения, от воли к Ничто, от нигилизма, «этот антихрист и антинигилист, этот победитель Бога и Ничто - он таки придет однажды Ницше называет традиционно трактуемого священника переориентировщиком
Здесь Ницше как раз и находит действительную физиологическую причину
Итак, причину своего страдания больной должен искать в себе, в своей вине, а само свое страдание он должен понимать как наказание. В этом третьем рассмотрении Ницше дает ответ на вопрос о том, откуда происходит власть аскетического идеала, идеала священника, который на деле наносит порчу душевному здоровью человека, являясь воплощением воли к гибели. И дело вовсе не в том, что за спиной у священника действует Сам Бог, просто до сих пор это был единственный идеал. Самой страшной проблемой для человека было то, что его существование на земле было лишено всякой цели. Именно это и означает аскетический идеал: «Отсутствие чего-то, некий чудовищный пробел, обступающий человека, оправдать, утвердить самого себя было выше его сил, он страдал проблемой своего же смысла». Проклятием здесь было даже не само страдание, а его бессмысленность, которому аскетический идеал придавал некий смысл, единственный до сегодняшнего дня, что все-таки лучше бессмыслицы. Человек предпочитает хотеть Ничто, чем ничего не хотеть.
В аскетическом идеале было истолковано страдание, и чудовищный вакуум казался заполненным. Однако такое истолкование вело за собою новое страдание, которое связывалось с виной. Человек был спасен им, приобрел смысл, или, как пишет Ницше, спасена была сама воля. Но Ницше уже показал, чем для человека оборачивается такое спасение: еще большим страданием и утратой свободы.