7 февраля съезд одобрил предложения о конституционных изменениях, а также о создании конституционной комиссии из 31 члена ЦИК. В комиссию вошли, в частности, Сталин, Жданов и Енукидзе. Однако, как отмечал Ю. Жуков, уже в это время началось расследование дела, получившее условное название «Клубок». Оно началось «с уведомления Сталина одним из его ближайших родственников о существовании заговора во главе с Енукидзе и комендантом Московского Кремля РА. Петерсоном с целью устранения узкого руководства». Однако расследование открылось допросами «трех уборщиц кремлевских зданий, которые вели „клеветнические разговоры“». В ходе таких разговоров перемывали косточки Сталину и другим членам Политбюро, прибегая к возможным обывательским байкам и сплетням.
Постепенно круг участников «клеветнических разговоров» расширился. В результате помимо уборщиц были арестованы помощник коменданта Кремля В. Г. Дорошин, начальник спецохраны и помощник коменданта И. Е. Павлов, комендант Большого Кремлевского дворца И. П. Лукьянов, начальник административно-хозяйственного управления Комендатуры Кремля П. Ф. Поляков. А уже 14 февраля Политбюро по представлению Г. Г. Ягоды утвердило решение «Об охране Кремля». В соответствии с этим решением школа ВЦИК, охранявшая Кремль и насчитывавшая 1500 человек, была выведена из Кремля. Охрана была поручена НКВД.
Позже, на допросе 26 апреля 1937 года, Ягода показал о том, что переход контроля над Кремлем позволял ему захватить власть. Он говорил: «Имелся в виду арест моими силами членов советского правительства и руководителей партии и создание нового правительства… В 1935 году это было вполне реально, охрана Кремля, его гарнизон был в наших руках и я мог бы это совершить. В этом направлении мною были приняты и соответствующие меры».
Тем временем к расследованию дела «Клубок» подключился Комитет партийного контроля. С 1 февраля председателем Комитета вместо Л. М. Кагановича стал его заместитель Н. И. Ежов. 11 февраля ему и его заместителю З. М. Беленькому Политбюро поручило «проверить личный состав аппаратов ЦИК СССР и ВЦИК… имея в виду наличие элементов разложения в них и обеспечение полной секретности всех документов».
К этому времени расследование установило наличие интимных связей Енукидзе с некоторыми из арестованных. Одновременно выяснялось социальное происхождение арестованных. В частности, оказалось, что арестованная Муханова была из древнего дворянского рода. Дворянкой оказалась арестованная Бураго. Арестованная Розенфельд была урожденной княжной Бебутовой. Ее бывший муж был братом Л. Б. Каменева (Розенфельда). Муханова на допросе сказала: «Розенфельд мне сказала, что на Ленина было покушение, совершенное Каплан, а на Сталина вот никак не организуют. Она сказала, что нужна русская Шарлотта Корде для спасения русского народа. Мои контрреволюционные убеждения приводили меня… к мысли о необходимости убить Сталина». Из этих показаний был сделан вывод, что сам Л. Б. Каменев подстрекал бывших дворянок к совершению теракта. Находившегося в заключении Л. Б. Каменева вновь стали допрашивать: 3 марта было объявлено об удовлетворении просьбы ЦИК ЗСФСР о выдвижении Енукидзе А. С. на пост председателя Центрального исполнительного комитета ЗСФСР и его освобождении с поста секретаря ЦИК СССР. Через два дня на состоявшейся в Тифлисе сессии ЦИК ЗСФСР Енукидзе был избран председателем ЦИК Закавказья.
К концу марта комиссия Ежова завершила свое расследование. Из 107 сотрудников аппарата ЦИК СССР были оставлены на работе лишь 9. Под следствием находилось 65 человек. Из них 35 было арестовано.
На основе справок Ежова был подготовлен документ «Сообщение ЦК ВКП(б) об аппарате ЦИК и тов. Енукидзе». В нем говорилось о раскрытии сети контрреволюционных групп, орудовавших в Кремле. Утверждалось, что, помимо контрреволюционных разговоров, некоторые группы ставили целью «организацию террористических актов в отношении руководителей советской власти и партии и в первую очередь в отношении товарища Сталина».
В «Сообщении» говорилось: «Многие из участников и в особенности участниц кремлевских террористических групп (Нина Розенфельд, Раевская, Никитинская и др.) пользовались прямой поддержкой и высоким покровительством тов. Енукидзе. Многие из этих сотрудниц тов. Енукидзе принял на работу и с некоторыми сожительствовал». Правда, далее говорилось: «Само собой разумеется, что тов. Енукидзе ничего не знал о готовящемся покушении на товарища Сталина, а его использовал классовый враг как человека, потерявшего политическую бдительность, проявившего несвойственную коммунисту тягу к бывшим людям».
Вскоре «за отсутствие большевистского руководства подчиненной комендатурой, слабую политико-воспитательную работу среди сотрудников и неудовлетворительный подбор кадров» был освобожден от своих обязанностей Петерсон. Ему был объявлен строгий выговор.
