Во время войны Бёрджесс работал в спецслужбе, которая называлась Управление специальных операций (УСО), и, являясь начальником Филби, поручил ему подготовить для руководства секции «Д» предложение, в котором тот сумел доказать необходимость создания школы по подготовке агентов. Разведшколы в Англии существовали еще в период Первой мировой войны. Известно, в частности, что одна из них располагалась в Девоншире. Ничего удивительного не было в том, что идея Филби вскоре была реализована руководством УСО - в Хартфорде, неподалеку от Лондона, было приобретено старое школьное здание с большим участком земли. На этой базе и было создано учебное подразделение МИ-6 по переподготовке и обучению сотрудников и спецагентов разведки методам подрывной работы. Первый набор слушателей состоял из 25 мужчин и женщин из оккупированных Германией стран Европы. Здесь квалифицированные инструктора, в основном специалисты-подрывники и мастера по взрывчатым веществам, обучали их приемам саботажа и подрывных действий. В числе преподавателей был кадровый разведчик с практическим опытом работы в России, друг Сиднея Рейли — Джордж Хилл, который входил в состав группы Локкарта, готовившей знаменитый «заговор послов» в Петрограде в 1918 году. Ставшие на время преподавателями спецшколы, Бёрджесс и Филби обучали будущих диверсантов приемам саботажа и подрывных действий, однако школа не прижилась, и ее стали покидать лучшие кадры, а вскоре и неразлучные члены «кембриджской пятерки» были отозваны в распоряжение центрального аппарата Управления специальных операций, где Бёрджессу было объявлено об увольнении. Английской разведке было известно коммунистическое прошлое Бёрджесса, и риск утечки информации о спецагентах был явно нежелателен. К тому же в этот период умер начальник МИ-6 Синклер, после чего был уволен его протеже Гранд. Начиналась обычная и как всегда болезненная ротация кадров. Бёрджесс чувствовал, что ему оказано молчаливое и скрытое недоверие, раздражающее гораздо больше, чем недоверие, высказанное вслух.
Однако с уходом из разведки его связь с английскими спецслужбами не прервалась, и в 1944 году Бёрджессу предложили временную работу в информационном департаменте Форин офиса. В январе 1947 года Бёрджесс стал секретарем и личным помощником Гектора Макнила, руководителя информационного департамента Форин офиса. Макнил являлся правой рукой министра иностранных дел Эрнеста Бевина, отвечая за обеспечение координации политических мероприятий с операциями МИ-6. Это означало прямой доступ Бёрджесса к дипломатической почте. В этот период Макнил располагал полной информацией о взаимодействии британских и американских спецслужб. Следует сказать, что Макнил не пользовался популярностью у сотрудников британской разведки, которой было известно о «социалистических взглядах Макнила еще с его студенческих лет». Кроме того, Макнил был известен своими «пьянками» в компании с Бёрджессом. Тем не менее, к июню 1948 года Бёрджесс дослужился в Форин офисе до чиновника по особым поручениям.
В этот период Бёрджесс имел доступ к так называемым «желтым ящикам», в которых МИ-6 пересылал свою информацию во внешние ведомства. Тогда же Бёрджесс сумел сделать копию ключа от сейфа, где хранилась секретная информация, предназначенная только для особо посвященных — Бевина, Гектора Макнила и Орме Сарджента. Кроме того, источниками политической и разведывательной информации Бёрджесса являлся широкий круг его связей, установленных им как за время учебы в Кембридже, так и в более поздний, «лондонский», период. Большинство этих лиц не были прямыми советскими агентами, но использовались Бёрджессом и его друзьями из «кембриджской пятерки» в их работе на резидентуру для получения необходимой информации на доверительной основе. При этом одни не догадывались, что работают на советскую разведку, другие делали вид, что не понимают, кому и для чего нужна их информация.
Так, Гай де Монси Бёрджесс в последние шесть лет своего сотрудничества с лондонской резидентурой советской разведки стал для Москвы источником важной документальной информации по политическим вопросам, в том числе основанной на документальных материалах британского правительства и английских спецслужб.
Именно в этот период лондонская резидентура НКВД распорядилась дать Бёрджессу 400 фунтов стерлингов на приобретение автомобиля, с тем, чтобы Гай смог обезопасить себя и более эффективно осуществлять выявление возможной слежки со стороны Спешиал бранч Скотланд-Ярда. Через неделю Бёрджесс приехал на встречу со своим советским контактом Юрием Модиным в роскошном автомобиле. Модин вспоминает, что Бёрджесс вел автомашину на огромной скорости, не притормаживая на поворотах и не останавливаясь на перекрестках. В будущем советский разведчик наотрез отказался ездить с агентом в качестве его пассажира.
