В сентябре 1917 г. он стал министром финансов в последнем составе Временного правительства. На этом посту он выступил сторонником всеобщего прогрессивного подоходного налога, повышения налога на наследство, налогообложения военных сверхприбылей, дальнейшей милитаризации промышленности. М. В. Бернацкий пытался бороться с инфляцией с помощью увеличения косвенных налогов и введения государственной монополии на чай, сахар и спички. В условиях нарастания финансового кризиса предложил прекратить вывоз ценностей за границу. 25 октября 1917 г. он был арестован в Зимнем дворце вместе с другими министрами.
После освобождения ученый уехал в Ростов-на-Дону, где примкнул к Белому движению. Впрочем, он успел сделать доклад (до мая 1918 г., когда комиссия была ликвидирована) «К вопросу об оздоровление денежного обращения» в рамках комиссии при Отделе внешней торговли Центрального народно-промышленного комитета. Этот доклад был опубликован в 1918 г. Он также выступил в прениях по докладу А. Н. Зака «Реформа денежного обращения и Государственный банк»[589], продолжил отстаивать свою позицию в печати[590].
В 1918–1920 гг. В. М. Бернацкий возглавлял управление финансов Вооруженных сил Юга России, был членом Особого совещания при главнокомандующем генерале А. И. Деникине. На этих должностях он руководил выпуском казначейских кредитных билетов, аннулировал хождение на территории, подконтрольной белым, советских денежных знаков. После эвакуации Белой армии в Крым весной 1920 г. возглавил последнее правительство А. И. Деникина. В новом правительстве барона П. Н. Врангеля снова занял пост министра финансов. В Крыму он ввел государственную монополию на вывоз зерна, разработал новый бюджет, сделав акцент на косвенное обложение при его формировании. В этом проявились его традиционные пристрастия к косвенным налогам, тем более что прямые налоги в условиях войны собрать было крайне сложно. Он также выезжал на переговоры в Париж по вопросу предоставления союзниками внешних займов.
Осенью 1920 г. П. Н. Врангель и премьер-министр его правительства А. В. Кривошеин пришли к выводу о необходимости отставки министра финансов как «теоретика» и замены его на «человека дела и практики». Однако в условиях наметившегося краха Белого движения такой замены найти не удалось. М. В. Бернацкий продолжил свою деятельность в правительстве. Примечательно, что даже такой волевой человек, как В. В. Шульгин, оставил о нем вполне благожелательный отзыв[591]. М. В. Бернацкий руководил закупкой угля для кораблей, на которых осуществлялась эвакуация из Крыма остатков белых частей и гражданского населения. При этом за весь период своего министерства он сохранил репутацию честного человека, что для того смутного времени было крайне редким явлением.
В эмиграции он занимался обустройством беженцев, затем стал председателем Финансового совета при Совете послов в Париже, в распоряжение которого были переданы заграничные фонды русского правительства. Он ведал достаточно крупными суммами денег, но при этом вел скромный образ жизни. Когда у него опасно заболел сын и потребовалась срочная госпитализация, то он не попросил даже пособия. Ему помогли только родственники и друзья.
Одновременно в эмиграции он продолжил заниматься научной работой. В 1922 г. он издал подготовленную совместно с
С 1924 г. Михаил Владимирович принимал участие в работе экономического отдела Русского института права и экономики, основанного при Парижском университете, в частности читал там лекции по финансовому праву. Также проводил занятия по финансовому праву в Русском коммерческом институте, Русском высшем технологическом институте, вел экономический семинар в Институте славяноведения (Париж). В 1927–1931 гг. Михаил Владимирович участвовал в экономических совещаниях представителей деловых и научных кругов эмиграции в Париже, являлся членом правления, а затем председателем Русской академической группы в Париже. Он также был вице-президентом объединения деятелей русского финансового ведомства, членом научно-исследовательского кружка «К познанию России», где работал совместно с П. П. Мигулиным и другими известными русскими финансистами. С 1938 г. М. В. Бернацкий был главой Русского национального объединения.
Умер ученый 16 июля 1943 г. и был похоронен в Париже[592].