В 1891 г. Э. Н. Берендтс назначается экстраординарным профессором Демидовского юридического лицея по кафедре государственного и административного права, читал курсы административного[1269]и государственного права, продолжал интересоваться проблемами финансов. Тема Скандинавии постоянно присутствовала в его трудах[1270], а его докторская диссертация по финансовому праву была защищена в 1894 г. по книге «Государственное хозяйство Швеции. Ч. 2» (Ярославль, 1894). После этого он занял должность ординарного профессора. С учетом того, что в лицее он подготовил и защитил докторскую диссертацию по финансовому праву подготовил наибольшее число публикаций по данной проблематике, его можно отнести к ярославской школе финансового права.
В эти годы он принимал активное участие в краеведении и архивном движении Ярославской губернии, в 1894–1900 гг. был председателем Ярославской ученой архивной комиссии (редактировал ее «Труды»). Также с 1896 г. ученый был товарищем председателя Ярославского юридического общества, изучал местные архивы, а еще ранее плотно занялся историческими аспектами государственного строительства. Примечательна его речь «Несколько слов о "Коллегиях" Петра Великого» (Ярославль, 1896). Принимал активное участие в общественной и научной жизни Ярославля: редактировал лицейский «Временник», был одним из организаторов юбилейных торжеств по поводу 150-летия первого в России театра (1899).
В 1900 г. как крупнейший в стране специалист по финляндскому праву Э. Н. Берендтс был назначен помощником статс-секретаря Государственного Совета и чиновником для особых поручений при министре – статс-секретарем Великого княжества Финляндского. Его перу принадлежит ряд глубоких исследований финансового управления и финансового права Великого княжества Финляндского, которые он подготовил или начал готовить еще в Ярославле[1271]. Его записка, составленная в декабре 1903 г., «О прошлом и настоящем русской администрации» была переиздана в 2002 г.
Одновременно с 1901 по 1903 г. Э. Н. Берендтс по совместительству был сверхштатным профессором по кафедре финляндского права Петербургского университета. В 1904 г. он возвращается в Ярославль уже на должность директора лицея. В связи с выходом 2 августа 1905 г. новых министерских правил, предусмотревших выборность должности директора, Э. Н. Берендтс 3 сентября 1905 г. избирается Советом и становится первым выборным директором Демидовского юридического лицея. Новый директор реформировал преподавание курса истории русского права, а сам на 1-м курсе начал читать историю русского государственного, административного и финансового права.
Его директорство в лицее было не долгим, но хлопотным. На этот период в связи с общим подъемом революционного движения в стране приходятся наиболее радикальные и массовые политические акции лицейского студенчества. Видимо, в связи с этим он подал прошение об отставке и 2 декабря 1905 г. был уволен с должности директора. В том же году в Ярославле была опубликована переведенная Э. Н. Берендтсом работа И. Н. Ланга «Промысловое право Великого княжества Финляндского». Сам ученый положительно воспринял Манифест 17 октября 1905 г., вступил в партию октябристов и был избран в ее ЦК.
После отставки действительный статский советник Э. Н. Берендтс издавал газету «Северянин», с 1906 г. стал ординарным профессором финансового права, истории русского права и финляндского права Училища правоведения в столице, преподавал законоведение в Николаевском кавалерийском училище. Кроме того, он был назначен членом Совета Главного управления по делам печати и членом Ученого комитета Министерства народного просвещения, продолжал активную публицистическую деятельность. Революцию 1917 г. он не принял, эмигрировал в Прибалтику, где некоторое время преподавал и занимался научной работой в Таллине. Последние из изданных им работ датируются 1924 г.[1272]