Его преемники, охваченные реакцией против легких путей Ренессанса, перешли к политике, направленной на то, чтобы сделать жизнь евреев некомфортной. Старые канонические постановления вновь были приведены в исполнение. Павел IV (1555–59 гг.) обязал каждую синагогу в папских землях вносить десять дукатов (250 долларов?) на содержание Дома катехуменов, где евреи должны были обучаться христианской вере. Он запретил евреям нанимать христианских слуг или медсестер, принимать христиан в качестве медицинских пациентов, продавать христианам что-либо, кроме старой одежды, или вступать с ними в какие-либо недопустимые сношения. Они не должны были пользоваться никаким календарем, кроме христианского. Все синагоги в Риме были разрушены, кроме одной. Ни один еврей не мог владеть недвижимостью; те, у кого она была, должны были продать ее в течение шести месяцев; благодаря этому плану христиане смогли купить еврейскую собственность на 500 000 крон (12 500 000 долларов) за пятую часть ее реальной стоимости.63 Все евреи, оставшиеся в Риме, теперь (1555 г.) были заключены в гетто, где на квадратный километр приходилось 10 000 человек; несколько семей занимали одну комнату; низкая планировка квартала подвергала его периодическому разливу Тибра, превращая район в зачумленное болото.64 Гетто было окружено мрачными стенами, ворота которых закрывались в полночь и открывались на рассвете, за исключением воскресений и христианских праздников, когда они были закрыты весь день. За пределами гетто евреев заставляли носить отличительную одежду: мужчин — желтую шляпу, женщин — желтую вуаль или значок. Подобные гетто были созданы во Флоренции и Сиене, а также, согласно папскому эдикту, в Анконе и Болонье, где они назывались «Инферно». 65 Павел IV издал секретный приказ о том, что все маррано в Анконе должны быть брошены в тюрьмы инквизиции, а их имущество конфисковано. Двадцать четыре мужчины и одна женщина были сожжены заживо как еретики-рецидивисты (1556);66 а двадцать семь евреев были пожизненно отправлены на галеры.67 Для евреев Италии это были ужасные сумерки золотого века.
Горстка еврейских беженцев пробралась во Францию и Англию, несмотря на исключающие законы. Почти вся Германия была закрыта для них. Многие отправились в Антверпен, но лишь немногим разрешили остаться там больше чем на месяц. Диогу Мендеш, португальский маррано, основал в Антверпене ранчо банка, который его семья основала в Лиссабоне. К 1532 году он добился такого успеха, что совет Антверпена арестовал его и еще пятнадцать человек по обвинению в исповедовании иудаизма. Генрих VIII, нанявший Мендеса в качестве финансового агента, вмешался, и тринадцать человек были освобождены после уплаты крупного штрафа — «последнее дело» многих подобных арестов. Другие евреи перебрались в Амстердам, где они процветали после освобождения Голландии от Испании (1589).
Тем беглецам, которые искали убежища в регионах ислама, не контролируемых непосредственно турецким султаном, жилось не лучше, чем в христианстве. Евреи, пытавшиеся высадиться в Оране, Алжире и Бугии, подвергались обстрелу со стороны мавров, и несколько человек были убиты. Им было запрещено входить в города, и они построили импровизированное гетто из хижин, собранных из обрезков пиломатериалов; одна хижина загорелась, и все поселение, включая многих евреев, было уничтожено. Те, кто отправился в Фес, обнаружили, что ворота для них закрыты. Они сели на полях и жили травами и кореньями. Матери убивали своих младенцев, чтобы не дать им умереть от голода; родители продавали своих детей за крохи хлеба; мор уносил сотни детей и взрослых. Пираты совершали набеги на лагерь и похищали детей, чтобы продать их в рабство.68 Убийцы разрывали тела евреев, чтобы найти драгоценности, которые они, как считалось, проглотили.69 После всех этих страданий выжившие, проявляя невероятное мужество и испытывая бесконечные трудности, создали новые еврейские общины в мавританской Северной Африке. В Алжире Симон Дюран II неоднократно рисковал жизнью, чтобы защитить изгнанников и организовать для них хоть какую-то безопасность. В Фесе Якоб Бераб стал самым известным талмудистом своего времени.
При мамлюках и османских султанах испанские беженцы нашли гуманный прием в Каире и вскоре возглавили еврейскую общину. Селим I упразднил старую должность нагида или князя, благодаря которой один раввин назначал всех раввинов и контролировал все еврейские дела в Египте; теперь каждая еврейская община должна была выбирать своего раввина и решать свои внутренние проблемы. Новый раввин Каира, Давид ибн аби-Зимра, испанский иммигрант, покончил с селевкидским методом летоисчисления, которым пользовались евреи Азии и Африки, и убедил их принять (как это сделали евреи Европы в XI веке) календарь, отсчитывающий год от сотворения мира (anno mundi), предварительно установленный как 3761 год до нашей эры.