Практически к 8 часам утра 21 мая операция "Хвойный аромат" была завершена. Десантные части полностью заняли все морские базы и аэропорты на побережье Прибалтики, во всех городах трех республик были полностью разоружены воинские и полицейские подразделения. В результате тщательной подготовки операции, скрытности и внезапности удалось избежать больших потерь. В российских войсках было убито и подорвались на минах 16 десантников и 3 офицера. Более 40 человек ранено. Численность жертв с противоположной стороны достигла 187 человек, в том числе: при известии о вводе войск умер от инфаркта президент Эстонии. А премьер-министр, один из его заместителей, два депутата и несколько лидеров профашистских партий Эстонии покончили жизнь самоубийством. При аресте под Таллинном боевой группы ополченцев Эстонии, возглавляемой бывшим эсэсовцем Урно Сепиласту, служившего в карательных частях СС во время второй мировой войны, был застрелен капитан Нефедов. Разгневанные десантники расстреляли всех 68 националистов отряда "Свободная Эстония", которые не только занимались этническими чистками, контрабандой оружия, но и увлекались рэкетом.
Одно крупное столкновение произошло на южной окраине Тарту, где на улице Сепо внутри квартала была расположена бетонированная казарма, в которой тренировались снайперы и боевики из отрядов самообороны. По данным ФСБ, именно отсюда шел поток снайперов к Дудаеву. Здесь же был и штаб по транспортировке оружия чеченским боевикам. Командир штурмовой группы приказал не рисковать, в плен никого не брать, огонь вести на поражение. И тем не менее от взрыва гранаты погибло три десантника и один офицер, шесть человек было ранено. Десантники напрочь выжгли это бандитское логово. Потом насчитали 53 обгоревших трупа. Все остальные жертвы были одиночного характера, где противная сторона применяла оружие скорее от испуга, чем от желания защищаться. К сожалению, еле удалось предотвратить массовые погромы эстонских националистов русскоязычным населением. Вся боль, все унижения и оскорбления прорвались в людях в одно мгновение. Нашим солдатам устраивали овацию, целовали, дарили цветы. Но, безусловно, были и лица злобные. Все попытки организовать какие-нибудь митинги протеста были жестоко пресечены. Тем более что националисты фашистского толка лишились своих лидеров и вожаков. Арестованные ранним утром фашиствующие депутаты, министры и чиновники, лидеры реакционных партий и движений, журналисты, травившие русскоязычное население, полицейские чины и военные, замеченные в насилии против народа, были этим же утром погружены в разгрузившиеся от техники эшелоны и вывезены в Пермь, Тамбов, Тюмень.
В Таллинне, Риге и Вильнюсе в 9 часов утра прозвучали совместные выступления президентов республик и заместителей министра иностранных дел России. От Эстонии, оставшейся без руководителей, выступал первый вице-премьер. Были распущены все реакционные партии и движения, а их имущество реквизировано. Закрыты газеты и журналы, провоцировавшие межнациональные конфликты. Сделана серьезная перестановка в кадрах и программах на телевидении и радио.
Все попытки западных посольств выразить протесты и даже сделать угрожающие заявления, особенно посла США в Эстонии, были пресечены. Все они были объявлены персонами нон-грата и обязаны покинуть пределы Прибалтики в 24 часа во избежание ареста. В тот же день были высланы все иностранные журналисты и телевизионщики. Таким образом, устранялась сила, способная вести подрывную работу против России.
В то же время было заявлено о полных государственных гарантиях иностранной и частной собственности в этих республиках. Сообщалось и о тех капиталовложениях, которые Россия собирается сделать в республики Прибалтики, об отмене эмбарго. Командующие группами российских войск объявили о немедленной сдаче всех видов огнестрельного оружия, находящегося у населения и различных организаций. Был установлен семидневный срок, после которого любое лицо, задержанное с оружием или хранящее его, подлежало расстрелу. Мера жесткая, но необходимая и, как показала практика в России, эффективная.
В 9 часов 30 минут утра по московскому времени по радио и телевидению России и республик Прибалтики прозвучало заявление российского правительства, в котором была дана жесткая отповедь Западу, и в первую очередь США и НАТО, за расширение военного блока к границам России, за проведение ими политики двойного стандарта. Объяснялись и меры России по защите своих национальных интересов путем ввода войск на старую границу СССР в Прибалтике. Решение о вводе войск, как было сказано, окончательное и изменению не подлежит...
